文章 PBJ：转录组揭示植物中磷再转运的分子机制

...题开展的实验(发在Plant Biotechnology Journal上），利用RNA-seq数据分析相关基因的表达情况及功能的。 材料与方法 材料培育：水稻（温室条件，特定处理的土壤条件，进行生长控制）。 磷含量测定：取开花后0、3、6、9、12、15...

文章 KM-plotter在线生存分析

...、18,674个癌症样本展开研究，涉及了乳腺癌、肺癌等等；数据类型有芯片数据、高通量测序数据，涉及mRNA和miRNA，并且在不断丰富之中。网站的使用，一般是对相关研究数据进行分析（譬如针对GEO数据库数据、TCGA数据库数据进...

问题 基因家族鉴定

...ER筛选出187个符合条件，但是将其fasta文件提交至SMART在线数据库有多达42个是no match，请问那是把找不到的删除掉吗？还有就是我所选择的基因家族包括两个亚族，两个亚族下面有分为12组，我怎么确定我筛选的一百多个基因分别...

问题 在做无参考基因组的基因家族分析时，我能否用hmm方法用pfam号筛选全长转录组的di19家族成员

问题 老师，学习了TCGA 生存分析，在筛选显著多因素时，multi_pvalue可以调大些吗，最后仅晒出1-2个预测分子，

文章 UALCAN--TCGA数据挖掘网站

... UALCAN （http://ualcan.path.uab.edu/index.html）是一个有效的癌症数据在线分析和挖掘的网站，主要是基于TCGA数据库中的相关癌症数据进行分析，它可以帮助医学科员人员对相关基因进行biomarker鉴定、表达谱分析，生存分析等等，还可...

文章 NCBI上下载参考基因组信息

有时候，常用的基因组收录数据库网站上没有收录我们要研究的物种的基因组，比如ensembl，JGI上都没有，这时候我们可以考虑一下NCBI上收录的基因组；但是NCBI上收录的不常见的物种注释信息往往不是很完整，而且基因和染色体...

问题 使用基因家族特异的隐马尔科夫模型筛选过蛋白质组库以后，发现含有该保守结构域的片段太多怎么办

问题 老师您好，我在做基因家族筛选时，有些基因的氨基酸数量相比较与其他基因的氨基酸太长或是太短，需要删除掉吗？

问题 代谢组进行差异代谢物筛选时，必须对t检验的p值进行fdr矫正吗？我看到大多数论文里都是p值哎

问题 老师您好，在经过您的2024转录代谢培训班后，我自己运行WGCNA是出现卡住的问题

...代码到这句的时候就卡住不动了，之前跑过样本量更大的数据都可以正常运行，我尝试过重启和减少数据量，最后都会卡在这块，请问老师这是什么原因啊，再有想请问老师如何筛选用来做WGCNA的转录组和代谢组数据啊，有具体...

问题 用无参转录组做基因家族分析

老师您好。我现在用一个无参的转录组筛选某基因家族，我看到您之前说只要有蛋白文件就可以用有参的方法来筛选。我有两个问题：1.无参转录组中有unigene的pfam注释文件，能不能直接搜索我要找的基因家族来确定？是否还需...

问题 串联重复基因定义

...对串联重复基因的定义有点疑问 但是我在视频中看到的筛选串联重复基因和计算kaks时看到 我也看了相关的文献应该是有具体的位置距离限制，但是我在想后面这个图是不是我理解有偏差？？？因为后面这个图是从我们组学家...

问题 请问一下，我按照问题社区里面的一个问题http://www.omicsclass.com/question/134 进行Hub基因筛选，为什么每个模块只出来一个基因？

因为有的文献给了五六个hub gene： http://www.omicsclass.com/question/134

问题 基因组立调出来序列与NCBI上下载序列有差别

...现，起初使用虚拟机进行筛选的，而后使用自己的转录组数据分析，相比之前多了几个基因，也就加进去了，使用虚拟机进一步分析了，在后期进行理化性质分析时发现虚拟机从基因组里调出来的蛋白质序列与NCBI上的蛋白质序...