文章 GEO 数据介绍及在线下载

...库全称Gene Expression Omnibus database，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。 它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的...

问题 基因家族分析问题

...，在进行基因家族鉴定分析时，提取基因家族成员的位置信息后发现，发现有些基因的基因名称不同，但其位置信息完全相同（比如下图中的3个不同基因的在基因组中的位置信息完全相同），请问这种现象正常吗？还是基因组...

问题 各位老师好，我想问一下为什么这两个步骤结果对不上，第一个结果里面没有cds的信息。而第二个都是cds的序列。基因文件是在ncbi上下的

文章 采用traceback 进行R语言报错信息的调试

R语言中的函数调用报错，一般不是很精确，很难查找到出错的具体原因。但是在R中可以采用traceback 进行初步的判断。 以下是一个示例：在运行gdcCEAnalysis 这个函数时，报错“names' attribute [11055] must be the same length as the vector [2777...

文章 GEO数据库之芯片数据下载

...同一平台的数据集； 一个GSM Accession对应单一样品的数据信息，它只能是单一平台的数据，往往，GSE 和GDS中会包含多个GSM数据； 一个GPL Accession，则对应一个platform信息。 R包安装与加载 GEOquery ## try http:// if https:// URLs are not sup...

问题 关于fasfa格式文件问题？在一些物种序列文件里除去染色体以外的信息其他的分别代表什么意思？比如高粱的super，水稻的sy和un，玉米的scoffold

比如高粱的super，水稻的sy和un，玉米的scoffold

文章 蛋白序列亚细胞定位 WoLF PSORT

...细胞的特定位置才会发挥其作用。蛋白的亚细胞定位注释信息可以为科研工作者们对蛋白的功能分析，蛋白互作等提供参考与支持。研究未知蛋白生物学功能的第一步通常便是获得其亚细胞定位信息，亚细胞定位在细胞分子生物...

问题 老师，我在提取gene_exon_info.gff文件提取时运行正常，但是提取的结果不完整是为什么？有200多个基因但只提取出来几十个基因的信息

问题 请问老师SNP注释报错这个信息怎么办解决.

NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  snp.refGene.exonic_variant_function.orig /data/SNPINDEL/unknown_refGene.txt /data/SNPINDEL/unknown_refGeneMrna.fa -alltranscript -out snp.refGene.fa -newevf snp.refGene.exonic_variant_function> Error: invalid notation found: <gene-Pdu...

问题 老师，比如hmmsearch 的输出文件WRKY_domain_new_out.txt只能筛选50个ID信息，而我想输出列表筛选显示更多的ID，将E值调大，怎么做

问题 老师，我看到我做的物种的全基因组WRKY基因家族生物学信息分析，已经有人做了，但我数据啥的都弄完了，我还能继续做这个课题吗

问题 老师您好，之前服务器系统重新装了一次，然后安装了最新版本的megacc，现在跑序列较多的进化树就会出现这样的报错信息，我想请教一下原因

问题 老师您好，之前服务器系统重新装了一次，然后安装了最新版本的megacc，现在跑序列较多的进化树就会出现这样的报错信息，我想请教一下原因

文章 jcvi微共线区域(Microsynteny)可视化

...因)共线性绘图需要准备三个文件： 记录各物种基因位置信息的bed文件包含感兴趣基因同源区块信息的block文件包含绘图参数的layout.csv文件 bed文件格式：(各列对应信息如下) block文件格式：每一列为各物种的同源基因ID(最佳...

问题 Mapchat导入文件不能作图

根据要求我准备的两个文件如下： 提取的染色体的位置信息文件为： 基因家族的染色体位置信息为： 所以，根据以上两个文件，我准备的mapchat文件为 但在Mapchat里面导入文件时，出现错误，说明位置信息不对？ 我把...