...Baltico’的新鲜叶片进行了4种测序，将ul ONT、HiFi、和Hi-C数据投入到hifiasm这个软件中进行初步的组装。删除细胞器基因组和一些可能存在的污染情况。用3D-DNA和 JUICER借助hi-c数据将基因组挂载到染色体水平，之后发现两个单倍型...
...您好，我的基因组是1.37G的，目前我的298个重测序样本的数据平均覆盖度是7.76，平均比对率是96.21%，目前还有一些样本是平均覆盖度（18样本低于5X）和比对率（13低于85%、其中1个为68%）较低（见下图），想请教老师平均覆盖度...
...e并支持可视化结果图 (3)支持物种为人或者小鼠； CellChat数据库介绍： CellChat细胞通讯数据库通过整合KEGG和文献，构建了细胞通讯数据库cellchatDB，数据库主要包括三部分，（1）旁分泌、自分泌的信号互作Secreted Signaling。（2）...
...见，因为它们对可用内存有限制。即使在64位版本中，当数据集非常大时也可能遇到内存问题。解决这个问题通常需要优化代码以减少内存使用，使用更高效的数据结构（如data.table），或在硬件上增加内存。 Error: package ‘XYZ...
...个标记做分型，不同的遗传图构建软件，对于标记的分型数据记录是不一样的的； 例如用的最多的joinmap软件基因型编码如下： 这里介绍如何用SSR标记和SNP标记做分型： SSR标记分型 我们利用SSR标记扩增之后跑胶，就可以根...
一、测序数据比对到目标序列，并提取比对到的reads，得到fsatq文件 1.二代数据比对 bwa-mem2 #检索引并比对bwa-mem2 index reads.fabwa-mem2 mem -t 20 reads.fa 1.clean.fq.gz >alignment.sam#sam文件转化为bam文件samtools sort -@ 4 -O bam -o align1.sorted.ba...
我的数据： 一组差异表达分析结果，包括基因的名称，基因的表达量已经差异分析结果，上下调信息如下，所以我只需要第一列可以做venn图，最后一列做数量统计： 当然我的差异表达分组很多，有很多这样的文件，不同的...
...ndPvalue（注意提前加载WGCNA包，否则函数无法使用） 案例数据：dat1 > dat1 A B C D E F G H I J ...
...个循环中使用while和each遍历哈希，然而结果总是少了一些数据，后来将哈希改为数组，for循环数组后就没问题了。 网上查询原因才知道用 while 循环 + each 函数遍历哈希表的时候，如果提前跳出了while循环，那么下次再接着用 each...
... 式中， 为自变量的偏回归系数，它是须从样本数据作出估计的参数； 是当X向量为0时， 的基准危险率，它是有待于从样本数据作出估计的量。 由于 未知， 该公式是无法进行分析的，比较建立在一定的假设...
...是专门为iTOL生成所需的注释文件，只需准备表格形式的数据，包含配色方案的注释文件就会自动生成，极大提高了准备注释文件的效率。 table2itol地址：https://github.com/mgoeker/table2itol table2itol下载安装 对于习惯使用Linux系统的同...
...是mRNA信息直接用于基因信息，方便我们的分析流程处理数据： 可以用awk命令批量添加gene行，把mRNA的ID作为基因ID，并且在mRNA行添加Parent信息： awk -F"[\t=]" 'BEGIN{OFS="\t"}{if($3=="mRNA"){print $1,$2,"gene",$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10 ; print $...
...Directory, "_","methylation",".rda") > # 查询需要下载的甲基化数据（本次分析只下载肿瘤样本） > query.met <- GDCquery(project = tcga_project, + legacy = legacy, + data.category = data_category, ...
...CGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)getGDCprojects() 截止2019.10.17，TCGA数据库中，最新的癌种中文与英文对照表如下： Study Abbreviation Study Name 翻译 TCGA-LAML Acute Myeloid Leukemia 急性髓性白血病 TCGA-ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质...
数据下载 wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE145370&format=file" -O GSE145370_RAW.tar#解压tar xvf GSE145370_RAW.tar 准备map.txt 文件： #accession SampleID gender age pathological_stage tissue_type patient GSM4317409 S133A Male 60 IIIB T S133 GSM4317410 S13...