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问题 下载srr文件

https://www.omicsclass.com/article/1703      用链接的方法下载srr, “data assess下面的数据可以直接复制链接到迅雷下载”,但是那个链接用迅雷和edge浏览器根本打不开,是什么原因呢?

文章 GWAS分析哪个模型最优

...了这些模型优劣。 假阳性与假阴性控制比较 介绍模拟数据之前先介绍几个概念: 遗传力(Heritability H) 又称遗传率,指遗传方差在总方差(表型方差)中所占的比值。遗传力表明某一性状受到遗传控制的程度。它介于0到1之间...

文章 轻松搞定Krona图

...视化可交互式的,他采用多图层饼图,可交互式探索层级数据,可动态的显示物种各水平的丰度信息。KRONA图看起来会很复杂,但其实绘制并不麻烦,通过安装插件在Windows当中完全可以自己搞定。话不多说,我们直入正文。 Kron...

问题 bwa比对

单个样本有加测数据,bwa比对时候代码也能直接用吗?$BWA_INDEX  $workdir/data/clean/W${i}A/*1.fq.gz \         $workdir/data/clean/W${i}A/*2.fq.gz -t ${THREADS} -M \

文章 2020考研340万人:研究生毕业这么难,你们为啥还要考研?

...究生考试只剩26天了。。。 而你还在刷手机。。。 据数据推测,2020考研将难到吓人! 2019年考研人数是290万,增幅21.8%, 根据这一数据,有网友推断2020年考研人数将增至340万,比2019年多50万人, 考研人数增加,但是招生...

问题 重测序

我在做重测序分析中的call SNP, 我发现一个山羊的测序数据call snp 运行了两天还没有结束,是不是我给的内存太小了,我的服务器的内存是128G, 我给了100G, 是不是太小,请问给多大合适,需不需要加大内存?

问题 过度均一化?

...并之前一般我都会normalizeBetweenArrays矫正一下,每个芯片数据矫正后merge在一起,然后用combat的批次矫正,批次矫正后,在做差异分析前我又用normalizeBetweenArrays矫正一遍,这样行吗?

问题 有参转录组

我运行单个样品数据,导致出现红色部分。后来我把多个样品合并在一起再运行,则运行成功。所以出现红色部分的原因因为只有一个样品。如果是一个样品又该如何修改脚本内容。难道是下面一个参数?,但是修改了结果一样...

问题 wgd解析运行不了??

解析之前,按照课程的和脚本的要求准备了相应的数据。然后,wgd命令输进去后,显示未找到命令?到底是什么情况呢??是服务器上没有安装相关的脚本或软件嘛??

问题 http://peppersequence.genomics.cn/

请问一下,为什么辣椒基因组数据库打不开?

问题 关于BLUP值计算的问题

只有一个性状的两次重复数据,如何计算BLUP值,以及能计算出遗传力,不会后续的工作了。

文章 hclust_analysis.r 转录组数据层次聚类分析

使用说明: usage: hclust_analysis.r [-h] -i filepath [-d distance] [-m method] [-T top]                         [-S] [-M max.nc] [-k bestk] [-s size] [-a alpha] [-e]                         [-L] [-X label] [-Y label] [-t label] [-o path]                    ...

问题 genome

我想问一下,下载山羊基因组的时候,gff文件有两个一个Capra_hircus.ARS1.113.chr.gff3.gz, 一个是Capra_hircus.ARS1.113.gff3.gz, 我想问一下这个两个有什么区别,我如果比对重测序数据的话,下载哪个比较好?

问题 转录组自主分析的差异基因分析和KEGG富集分析时发生错误,求老师解答。

...mo中的基因数量不同,demo中319个基因,而自己练习生成的数据是92个,为了排除bug原因,尝试使用demo中normal_vs_tumor.DEG.final.tsv 进行KEGG富集,发现依然如上报错。使用chatgpt查询代码错误,提示检查输入ID和处理未映射的基因ID。...

问题 GATK硬标记过滤速度慢

老师好,请问如果加快GATK硬标记过滤的速度,发现一天几乎是只生成1-2G的数据,太慢了