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问题 survey图

我做的是异源四倍体，我用的GenomeScope1.0 基因组评估（没用2.0），出来的图有两个峰，这是测序数据有污染吗？

文章 sankey_plot.r绘制桑基图

... inches [default 5] 参数说明： -i    包含具有对应关系的数据 Immune_Subtypem6aclustergroupC1C2highC2C1low -g    输入所要绘制桑基图的三列数据的列名 -c    决定分流所填充颜色的列名 使用举例： Rscript script/sankey_plot.r -i /share/nas1/f...

文章 SRA Toolkit 工具首次使用提示“This sra toolkit installation has not been configured”

...Information) 开发的软件工具，用于从 SRA (Sequence Read Archive) 数据库下载和处理生物序列数据。 在首次使用该工具包中的fasterq-dump将srr转换成fastq格式的文件时，出现了如下提示信息： 这提示需要进行配置。可以使用vdb-config –in...

问题 重测序比对

老师好，想问下用华大平台测的二代数据，用bwa mem比对到参考基因组上时，-R参数里的tPL后面该写什么？

问题 aspera下载报错

docker中用aspera下载ENA中的数据，提示授权失败，请教原因和解决方法。

文章 bugbase指定表型预测

.../ampliseq-q1:v1.2 2.生成指定表型的预测文件（运行默认为16S数据） make.user.table.r -i costom_pathway/ 参数说明 -i    准备好指定表型的文件目录 运行成功后，目录下会出一个过程文件intermediates（红色）和需要的指定表行预测文件...

文章 非小细胞肺癌 （GSE139555）

数据下载与整理： wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE139nnn/GSE139555/suppl/GSE139555%5Fall%5Fmetadata.txt.gzwget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE139555&format=file" -O GSE139555_RAW.tartar xvf GSE139555_RAW.tarcat map.txt|while read g s p;do  m...

文章 GATK Hard-filter 过滤变异结果推荐阈值

...esholds based on what the distributions look like for the truth set 评估数据来源：1000Genomes 中的 whole genome trio 基因组重测序数据分析视频课程：https://study.163.com/course/introduction/1210221805.htm?share=1&shareId=1030291076或者扫码二维码：

问题 重测率，比对率

在做重测序中，得到了每个样本的比对率，测序深度，覆盖度。怎样才能合并这些样本，一次可以得到几百份的数据。因为有几百个样本。

问题 segentation fault

我的linux是win10子系统ubuntu,运行PopLDdery就出错，并且我的数据及代码没问题，我用云服务器跑着测试过。

文章 基因ID 转换

经常遇到不同的数据库，采用不同的基因ID ，要想联合分析，需要统一ID，这就涉及到到ID的转换，介绍几个ID转换的网站:    1. UniProt ID mapping      2. DAVID     3. bioDBnet

文章 芥菜生长素受体蛋白基因家族分析文章解读

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 有参转录组分析第五步5.deg Error in newCountDataSet报错

老师，您好： 我在做有参转录组的数据分析的过程中，第五步发现一个问题。请老师帮忙解答一下，万分感谢。  [ reached getOption("max.print") -- omitted 4 rows ] [1] "create DEG_list object is over" [1] "the number of origin gene is 27781" [1] "the numb...

问题 PASA更新与过滤

老师好，我用的sqlite 数据库 DATABASE=../04.PASA_assembly/${species}.sqlite  在进行第一次比较时报错。

问题 WGCNA中运行代码不出图

麻烦老师解答一下，这个跟数据量有关系吗？