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文章 SNP分析中由于基因组序列过长导致报错解决方法

SNP分析过程中，由于基因组序列长度过长，会导致GATK软件报错。如下所以： Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMException: Exception when processing alignment for BAM index A00253:355:H75GLDSX2:2:1334:20989:8625 1/2 150b aligned read.        at htsjdk.samtoo...

文章 GGEbioplot分析种质资源在不同环境下的丰产性与稳定性

# install.packages("GGEBiplotGUI") library(GGEBiplotGUI) data(Ontario) head(Ontario) GGEBiplot(Ontario) GGE 双标图定义 GGE 的意思是在主成分分析时， 分解的是G+GbyE，然后根据PC1和PC2作双标图，称为GGE Biplot。 1. 几种不同类型的GGE双标图 1.1 基本图...

文章 三代数据SV检测软件安装与使用——cuteSV

...件—cuteSV。该软件同时支持目前三代测序领域的两大平台PacBio和ONT的数据，此外，还兼顾了PacBio测序平台的两种测序模式：CLR模式和CCS模式。最重要的是用户体验很好，速度快，性价比高。一、软件安装软件可以直接从GitHub上下...

问题 在您的课程《基因组重测序数据分析实操课程》中：变异结果注释ANNOVAR，在运行table_annovar.pl 如何解决报错：Died at /data/home/sft/pkg/annovar/coding_change.pl line 677

具体报错信息如下： NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  ./indel_AT899.refGene.exonic_variant_function.orig /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGene.txt /data/home/zhangzhi/genome-9-8//unknown_refGeneMrna.fa -alltranscript -out ./indel_AT899.refGene.fa -newevf ....

文章 植物学家奇思妙想-改造基因组培育辣味番茄！

...小编有幸吃到了这样一款火锅，味道棒极了！ 据说这个番茄辣是新疆番茄与清新线椒激情碰撞而成的，才能集酸、辣、甜、香于一体。 吃着火锅，不禁让小编想起了最近看到的一篇关于培育辣味番茄的文章，或许在不久的...

问题 请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联准确性的影响进行GLM和LLM时，识别到四个协变量，删除第一行截距后，仍旧识别到四个协变量，这是为什么啊

 /data/soft/gemma/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile /wtmp2/user049/yushiyan/prune_/alleledphwemafmissing_LDfiltered.snps -p /wtmp2/user049/yushiyan/phenotype/pheno.txt -c /wtmp2/user049/yushiyan/pca/cpca_no1.txt -lm 1 -n 1 GEMMA 0.98.5 (2021-08-25) by Xiang Zhou, Pjotr Prins and team (C) 2012...

文章 NCBI下载物种叶绿体或线粒体基因组fasta，gff3，gtf，gb文件等

...槭(Acer yangbiense)叶绿体和线粒体基因组为例：打开NCBI("https://www.ncbi.nlm.nih.gov")，选择基因组数据库(Gneome)数据库搜索物种名:"Acer yangbiense"                                                                              ...

文章 技巧总结：Annexin V/PI法测细胞凋亡中的注意事项

...优异的实验结果; 6、专业的售前售后技术支持，帮助您更好完成凋亡实验。 实验效果图如下： 图：Jurkat细胞用1μM喜树碱(Camptothecin) (左) 或未加药 (右) 处理4 h，Annexin V-FITC/PI检测试剂盒染色后FCM检测。Annexin V-FITC单阳为早期...

文章 R语言用tidyr包进行长宽数据转换

...如下图：之前我们进行长宽数据转换使用较多的包是reshape或reshape2，而tidyr包可以看作是reshape2包的进化版本，该包的作者依旧是Rstudio的首席科学家，R语言界的大神Hadley Wickham。tidyr包往往与dplyr包结合使用，目前渐有取代reshape2...

问题 单细胞测序FindAllmarkers

执行此代码后Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds subset.Epithelial.cells.0.2.rds \ &gt;  -p subset.Epithelial.cells.0.2.FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25，报错，FindAllMarkers Calculating cluster 0 converting counts to integer mode Calculating clu...

文章 进生物实验室之前，这本生存指南请拿好!

每一个小萌新对于进实验室应该都是非常期待的， 想到那些形形色色的实验仪器， 想到自己就要养各种细胞什么的， 是不是感觉马上要大展身手了！ 先别急， 这个时候有些同学可能会好奇：进入实验室之后，首先要学会...

文章 植物科学常用数据库和生物信息学工具

...源和分析平台，调查其使用频率和应用程度，可以为大家更好地开展科研工作提供便利。 News 通用数据库 http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/ 国家基因库下属数据库，涵盖各种生物的全面公开可用的数据信息 https://www.ncbi.nlm.ni...

文章 生命大数据

...程涵盖三大主题：Big Data for Life （生命大数据）、Cloud Computing for Omics（生物信息云计算）、Artificial Intelligence &amp; Bio-Intelligence（人工智能与生物智能）。各大主题下又将有哪些不可错过的精彩演讲？会议的详细日程供您参考。 ...

文章 项目管理实践｜项目管理到底该怎么做？

...者弄清项目的剩余时间，评估工作进度，调整工作任务，更好地把握项目的整体。 五、项目管理的意识 所以总结起来，我们形成了一套完整的方案： 第一步，确认项目的三大角色，记好每个角色的职能范围和需求； 第...

文章 这本SCI期刊的录用率高达100%！！真相是......

...cular Histology对的，你没有看错，就是100%！数据来源于LetPub，What，这是本来者不拒的杂志吗???该不会是野鸡期刊吧？仔细一看，影响因子居然有2.937分!妥妥的正规SCI期刊，Springer Nature旗下的一本细胞生物学期刊，在190种细胞生物...