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文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

...检查五个果实。 蛋白质组学分析 通过与猕猴桃基因组比较，共鉴定出2487个蛋白。按照P<0.05、上调>1.33倍、下调<o.75倍的差异标准，共鉴定出292个差异蛋白，其中196个上调，96个下调。 将鉴定出来的差异蛋白与KEGG、GO...

问题 合并gvcf时程序终止

...程序刚运行一会就会自行终止，以下是出现的代码。请问如何解决？谢谢！         at htsjdk.samtools.util.BlockCompressedInputStream.read(BlockCompressedInputStream.java:257)        at htsjdk.tribble.readers.PositionalBufferedStream.fill(PositionalBufferedStr...

文章 挖掘公共基因大数据的时代已经到来

...基因研究的不同时代及其特点，文章的最后我们也提供了如何修炼自身以紧跟趋势的途径。 单基因时代 20多年前，人类研究基因，主要是研究单个基因，定位一个性状关联的基因，克隆一个基因，定量一个基因的表达情况，当...

问题 PASA update 报错

...在运行 PASA update 这步时，一直报如下错误，请问老师该如何解决 DBD::mysql::db do failed: Data too long for column 'model_id' at row 1 at /share/work/biosoft/PASApipeline/PASApipeline-v2.5.2/PerlLib/DB_connect.pm line 223.Thread 4 terminated abnormally: failed query: <inse...

文章 docker 容器退出技巧，退出容器而不中断停止容器的运行

...it 命令退出容器后，使用 docker ps 查看发现容器已经退出,如何避免这种情况呢？一、环境说明Docker：17.09.1-ceDocker Image: CentOS 7二、问题重现1. 创建并运行容器➜ docker images REPOSITORY TAG I...

文章 PBJ：转录组揭示植物中磷再转运的分子机制

前言 只针对一个具体的小问题，利用RNA-seq进行分析也能发高分文章？当然可以！ 这次跟大家分享的文献就是针对水稻旗叶中磷的再运转问题开展的实验(发在Plant Biotechnology Journal上），利用RNA-seq数据分析相关基因的表达情...

文章 gff文件格式不标准的修改脚本

...表达式是一个非常强大的工具，但是对于一些人来说可能比较难以理解和掌握。字符串操作：这个脚本涉及到了多个字符串的操作，包括分割、替换、拼接等等。对于字符串操作不熟悉的人来说，可能需要花费更多的时间来理解...

文章 CDS、ORF、cDNA、mRNA、外显子、内含子等区别与联系

...CDS、cDNA、ORF、外显子、内含子等等的概念和关系，今天小编就梳理一下，希望对您的科研有所帮助！ 真核生物： 下面先从真核生物开始，小编在网上找了个图片，希望原作者不要见怪。 大多数真核基因都是由蛋白质编码序...

文章 浅谈几种常用的蛋白互作实验研究方法!

...否互作，因为前两种方法相较与免疫共沉淀和Pull down技术比较容易实现而且所需要的试剂也便宜，酵母双杂跟Bifc的缺点就是假阳性高，如果只用这两种方法验证蛋白互作，你在发表文章时编辑也不太认可，因此想要发高分文章...

文章 Treemix 软件：群体基因交流分析的得力工具

...似然树，并计算协方差的估计值。 3.判断基因流：通过比较实际值与估计值之间的差异，判断两个种群之间是否发生基因流。如果实际值小于估计值，则说明种群之间有基因交流，因为基因流会减少种群之间的差异 Treemix 输入...

文章 Windows远程桌面设置及使用方法

...题，则可能是因为防火墙阻止了远程桌面连接。下面介绍如何在 Windows 电脑上更改该设置。如果正在使用其他防火墙，请确保远程桌面端口（通常为 3389）已打开。 在远程计算机上，单击“开始”菜单，然后选择“控制面板”...

文章 大数据挖掘解决老年痴呆症百年难题

...在生命医学中的重要性。下面我们来简单看看这篇文章是如何做的。 研究思路 作者选取了944个大脑样本进行了分析，其中622个样本来自阿兹海默病患者，322个样本来自健康捐献者，分别从基因组，转录组，蛋白质组等不同的...

文章 时隔4年，四川大学华西医院全球首个CRISPR人体实验结果出炉！

...Nature 报道了这一新闻：四川大学华西医院卢铀教授研究小组计划利用 CRISPR 技术编辑的T细胞（敲除 PD-1 基因）治疗转移性非小细胞肺癌患者。 全球首例，国际领先，一时，报道铺天盖地，实验结果更是令公众翘首以盼；不过...

文章 R语言数据筛选整理包dplyr 分类汇总

..., 2, 4)percent_rank(x)# [1] 1.00 0.00 0.50 0.25 0.75# 这类函数比较适用于 ，需要排名次的场景。比如考试、比赛...#  比如根据iris中的Sepal.Length，进行百分比表示, 其中 %>% 管道的标识符，select函数中，everything()可以用来更换变...

文章 10X Visium空间转录组图像

空间转录组分析正在重新定义我们如何看待生物科学。与传统的单细胞转录组分析相比，它不仅能告诉我们哪些基因正在表达，还能告诉我们这些基因在组织或样本中的具体位置，为生命科学的研究提供了一个更全局、更立体的...