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文章 鉴定domain同时分析蛋白互作

...存在紧密联系。譬如：以人的ANLN基因编码的蛋白ENSP00000265748（ensembl 蛋白ID）为例输入，获得的互作关系结果见下图B。 ANLN是一个与癌症相关的基因（可戳此了解），输入对应的ID，在domian分析界面选择Interactions将直接显示STRIN...

文章 gbff 格式注释文件转换成gff3注释文件格式

...行了gb→gff 之间的相互转换。 方法有很多，我只测试了2种： 方法 1： 脚本如下：这个脚本实在太多行了，2300多行，大家直接进网站自行复制吧! https://github.com/bioperl/bioperl-live/blob/master/bin/bp_genbank2gff3 #将复制的代码贴到以...

问题 docker虚拟机安装失败

...mum >containers.txtfor /f %%i in ('findstr /i . containers.txt 2^>nul') do dism /online /norestart /add-package:"%SystemRoot%\servicing\Packages\%%i"del containers.txtDism /online /enable-feature /featurename:Containers -All /LimitAccess /ALLpause

问题 TCGA生存分析cut off值疑问

TCGA COX教程里的cut off值是2500， 请问老师 1、这个值是怎么计算出来的？ 2、文献里一般都用risk score中位值作为cut off进行高低风险分组，然后再通过ROC曲线确定最佳cut off再进行高低风险分组。教程里的这个cut off是否恰当？为...

文章 TCGA数据处理流程中各种组织机构介绍

...后送交给Biospecimen Core Resources(BCRs)生物标本核心资源。 2.BCRs提交临床数据和元数据到Data Coordinating Center(DCC)数据整理中心，并把分析物送交给Genome Characterization Center(GCCs)基因组鉴定中心和Sequencing Center(GSCs)测序中心，在这里生成...

问题 circos不能正常生成配置文件

...rity： 生成配置文件的命令如下： perl ../script/colline_v2.pl -gff CM.gff -list CM_WRKY.collinear.pairs -colline CM.collinearity -od data -name WRKY 生成的data目录里只有WRKY.txt的文件是正常的 align文件只显示第一列 其余三个文件都是空的。

问题 无法下载GPL平台的包

>  BiocManager::install(c("hgu113plus2.db"),ask = F,update = F)Bioconductor version 3.10 (BiocManager 1.30.10), R 3.6.3  (2020-02-29)Installing package(s) 'hgu113plus2.db'Error in readRDS(dest) : 读取链结时发生了错误此外: Warning messages:1: package ‘hgu113plus2.db’ is not a...

文章 ggplot2几何设置——geom

...）geom_bar ----------------------------条形图（柱状图）geom_bin2d----------------------------栅格图geom_blank----------------------------空白图形（仅含坐标） geom_boxplot----------------------------箱线图（盒形图）geom_contour----------------------------等高线...

文章 蛋白信号肽预测—SignalP使用详解

...可以点击选择文件直接上传FASTA文件，每次上传最多提交2000个序列和200000个氨基酸，每条序列不超过6000个氨基酸。 提交完蛋白序列，接下来进行一些简单设置，如下图，由于示例基因来源于动物，所以物种选择真核生物；D-cu...

问题 structure_plot.r 停止调用

...调用：＜Anonymous＞->parse_args_output->.stop 执行已停止 2.Error in `[.data.frame`(groupfile, , opt$group, drop = FALSE) :undefined columns selected Calls: [ -> [.data.frame Execution halted  执行已停止 structure 运行显示版本停止运行，怎么修改?

问题 verkko组装后怎么生成.hic和.assembly文件

通过verkko v2.2.1版本进行基因组组装后，直接生成了挂载好的genome.fa文件，但是里面有些染色体需要手动调整，我如何区生成.hic和.assembly文件，我看教程里似乎要组装后genome.fa文件进行与hic数据的比对，但是verkko的组装结果文件...

问题 合并CNV结果失败

...a5186b8  14:51:56 /work/my_reseq/7.cnv]# SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 1 0 30 all_sample_cnv.vcf merging entries: 0 merging entries: 0 merging entries: 0 merging entries: 0 # ee all_sample_cnv.vcf后什么都没有，文件大小0kb。原本echo  $REF显示空路径，我自己重新...

文章 IF=8.7 | T2T康乃馨基因组揭示了相同基因在不同单倍型基因组中的表达差异

2024年1月 Horticulture Research杂志在线发表了一篇题为“The haplotype-resolved telomere-to-telomere carnation (Dianthus caryophyllus) genome reveals the correlation between genome architecture and gene expression”的基因组组装+基因表达水平相关性分析的文章 研究背...

文章 Linux里安装Maxquant

...ownload.mono-project.com/sources/mono/ ./configure --prefix=mono/mono-v6.12.0.199makemake install 2.安装Maxquant 下载地址：https://www.maxquant.org/ 下载后解压。 chmod 755 MaxQuant.exe 3.安装SDK 下载地址：https://dotnet.microsoft.com/zh-cn/download/dotnet/thank-you/sdk-3.1...

文章 快速解读：3-5分的蛋白质组学文章思路

...组具有时间特异性、组织特异性、空间特异性等特点。 2、无参转录组和有参转录组的区别？ 如果所研究的物种有组装注释质量较好基因组序列，且和该基因组序列比对效率较高，那么可以采用有参转录组的分析策略，直接进...