问题 老师你好，我做的是野生稻，栽培稻的某个基因家族对比分析，如果在进行共线性分析时，我要不要选取一个中间物种，比如拟南芥，然后分别与拟南芥绘制两个共线性图谱分析，还是就拿野生稻和栽培稻绘制一个图谱进行共线性分析好呢？

文章 rsync 介绍

...络带宽的使用。"--delete": 这个选项用于删除目标服务器上不存在的文件和目录。这是非常有用的，可以确保源和目标之间的完全一致性。 以下是一个示例命令，用于同步本地目录 "/local/dir" 和远程服务器的 "/remote/dir" 目录： rsy...

问题 转录组自主分析的差异基因分析和KEGG富集分析时发生错误，求老师解答。

在进行有参转录组自主学习的《差异表达基因功能富集分析》这节内容的学习时，发现KEGG富集分析中断，报错代码如下： Warning message: In bitr(DEG_list, fromType = opt$idtype, toType = opt$totype, OrgDb = opt$ann.db) :   26.02% of input gene IDs are fai...

问题 TCGA的甲基化差异分析只分析配对样本，还是比较所有正常样本和肿瘤样本？

问一下为什么很多文献中TCGA的甲基化只分析配对样本，而不是比较所有正常样本和肿瘤样本？

问题 老师，我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域分析，

老师，我正在做泛基因家族分析中结构变异与基因结构和保守结构域分析，前面得到的结构变异表达量差异文件demo.ID_SV_t.test_and_wilcox.tsv如下图一，只有两个基因有差异，且表达量均很低（二图）。接下来，利用其中一个做保守...

问题 基因家族分析2.0，做基因结构分析时报错，完全按照提供指令做的

问题 泛基因组基因家族_PAV分析，核心和可变基因富集分析问题

问题 BSA分析算法中利用ED算法进行分析，发现没有计算出来初定位的区间

BSA分析算法中已经利用SNP-INDEX算法获得初定位区间，但是用ED算法进行计算时，没有获得初定位区间

文章 GDCRNATools一个TCGA数据分析的全能选手

GDCRNATools：软件是一个分析TCGA数据的全能选手，其功能覆盖了TCGA数据的下载，分析以及结果的可视化，具体的如下图所示 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析...

文章 免疫 侵润 分析 ESTIMATE分析

--- title: "TCGA数据库介绍与下载" author: "Omicsgene" output:   html_document:     toc: true     theme: united date: '`r format(Sys.time(),"%d %B, %Y")`' --- ![image](https://note.youdao.com/yws/api/group/92990402/noteresource/D0C43D04435648A4A5A9B36556716345/version/421?...

文章 TCGA-构建ceRNA网络的软件GDCRNATools

最近在研究ceRNA，本来是打算自己写程序进行分析的，后来无意间看到了GDCRNATools这个R包，该软件包，功能比较强大，能够完成ceRNA网络分析的所有分析内容。 该软件的主要功能可以概括如下：    1. 数据下载         1.1  ...

问题 GDCdownload(query = query, directory = DataDirectory,files.per.chunk=6, method='client')下载TCGA数据时出现In if (grepl("^https?://", url)) { : 条件的长度大于一，因此只能用其第一元素 错误，数据下载不下来

问题 老师好，请问一下为什么annovar注释完下图所示第1列与最后两列的突变信息不一致啊，网上很多教程我看也有这个问题似乎，所以比如第一行核苷酸到底是什么突变成什么了呢？谢谢！

问题 老师，图1是我用图2的代码实现的，现在我想仿照提取细胞亚类的方式，使用图3的代码单独提取TIP这个maker基因，不提取整个cluster3，这个代码可以实现吗，或者是否有其他代码可以使用

问题 基因家族分析中mcscanX共线性分析时，提取不了对应的蛋白序列

老师您好，在进行mcscanX共线性分析时，提取不了对应的蛋白序列，基因id和蛋白id好像没有对应关系，，，这是已提取的AT.gff文件转录本名称都是下面这样的。。。新人刚接触这个，麻烦老师了！可以通过修改get_fa_by_id.pl的脚本...