基因组大概10G左右，按照课程的流程，repeatmodeler这步太慢了，能不能分割基因组最后把结果合并在一起呢
老师用kegg官方的KofamKOALA进行组装后cds.fa的kegg功能注释和kegg 2000刀收费版下载下来的kegg注释有啥区别。课程里的eggNOG里的KEGG注释和收费的KEGG注释差距大吗，对富集结果影响大吗？
...iptsdir/merge_SV_fpkm.r WRKY_gene_fpkm.filter.xls SV_vs_NOSV.gene.list。 结果输出如图所示：同一个ID对应基因组重复出现。这是不对的吧，我检查了输入文件也没啥问题啊，问题可能出现在哪一步？
我看人家文献中都单独测了sRNA,然后用sRNA测序结果做后续预测分析。但我先只有total rna测序数据，不知道还能比能做miRNA预测分析？
做的是NBS-LRR基因家族的鉴定，把CNL亚家族和RNL亚家族一起建树，结果图上分不成CNL和RNL两个独立的分支，外类群找的是TNL亚家族的两条序列，有人可以帮解答一下吗，会非常感谢
我这边有一株杂倍体酵母（出发菌株），以S288C作参考基因进行了重测序。还有一株它的突变体。那么突变体进行重测序的时候是以S288C为参考，还是以出发菌拼接后的基因组为参考呢，哪种测序结果更准确呢？
....txt" or die "$!"; #这个文件是blast输出并经过筛选的结果。 my @read=<IN>;foreach (@read){ $count++; if(/^[^#]/){ my @a = split /\t/,$read[$count]; $ID{$count}{$a[0]}=1; $ID{$count}{$a[1]}=1; }}close (IN);#print Dumper(\%ID);for my $con(keys %ID){ whi...
...s://study.omicsclass.com/index BIOM格式是微生物组领域最常用的结果保存格式，优点是可将OTU或Feature表、样本属性、物种信息等多个表保存于同一个文件中，且格式统一，体积更小巧，目前被微生物组领域几乎所有主流软件所支持 ...
...-indels |gzip - > clean.vcf.gz这里的参数调整以后，直接影响结果的大小比较，比较迷茫，如何根据自己的数据去调整合适的参数大小
...查询不同物种之间的分化时间。以单子叶和双子叶的查询结果为例子展示该网站的结果。 ① 一个中位时间和矫正之后的时间，都是160百万年，这里还给了个范围，就是142.1-163.5百万年，自己标定的话在这个时间范围内都可以 ...
...据在各个数量级上的分布更加均匀，便于观察和分析。 结果如下： 2. 特定尺度变化——自己写一些简单函数进行转换 原始数据： 代码： # 自定义正向变换函数custom_transform <- function(x) { ifelse(x <= 100, x, ifelse(x <= 150...
...达基因、非表达基因和假基因在牡丹的基因和基因间区域显示出不同的甲基化模式，且甲基化影响基因的表达类型；ChIP-seq分析表明，特异性组蛋白主要富集在基因间区的启动子上，这说明凤丹牡丹大多数基因的结构和功能不受...
...izhi，得到gene_weizhi.txt文件，如下图 一共得到了2万多个结果，我的基因一共才六十几个，我查看了一下GFF文件（下图），发现这2万多个结果（就是NW开头这一栏）是GFF里面所有注释的gene，也就是说不是按照我的基因ID来提取的...
...就可以了。 可以将该网页添加到收藏夹，方便以后查看结果。
...*\-[A-Z]*//'|sed 's/length=[0-9]* /\n/'>cDNA.fa 原始序列文件： 结果序列文件：