...ndPvalue（注意提前加载WGCNA包，否则函数无法使用） 案例数据：dat1 > dat1 A B C D E F G H I J ...
...是mRNA信息直接用于基因信息，方便我们的分析流程处理数据： 可以用awk命令批量添加gene行，把mRNA的ID作为基因ID，并且在mRNA行添加Parent信息： awk -F"[\t=]" 'BEGIN{OFS="\t"}{if($3=="mRNA"){print $1,$2,"gene",$4,$5,$6,$7,$8,$9"="$10 ; print $...
...是专门为iTOL生成所需的注释文件，只需准备表格形式的数据，包含配色方案的注释文件就会自动生成，极大提高了准备注释文件的效率。 table2itol地址：https://github.com/mgoeker/table2itol table2itol下载安装 对于习惯使用Linux系统的同...
...Directory, "_","methylation",".rda") > # 查询需要下载的甲基化数据（本次分析只下载肿瘤样本） > query.met <- GDCquery(project = tcga_project, + legacy = legacy, + data.category = data_category, ...
数据下载 wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE145370&format=file" -O GSE145370_RAW.tar#解压tar xvf GSE145370_RAW.tar 准备map.txt 文件： #accession SampleID gender age pathological_stage tissue_type patient GSM4317409 S133A Male 60 IIIB T S133 GSM4317410 S13...
...CGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)getGDCprojects() 截止2019.10.17，TCGA数据库中，最新的癌种中文与英文对照表如下： Study Abbreviation Study Name 翻译 TCGA-LAML Acute Myeloid Leukemia 急性髓性白血病 TCGA-ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质...
两款计算肿瘤纯度的R包， ESTIMATE： 利用表达数据计算基质与免疫评分，预测肿瘤纯度； ABSOLUTE ：是能够定量肿瘤细胞纯度、倍性、绝对拷贝数的包； ESTIMATE就是一种预测肿瘤纯度的工具，使用表达数据估计恶性肿瘤组织中...
参考文章来源 通过分析 100 多个玉米近交系的转录组数据，文章对基因组中热胁迫表达响应的相关顺式(cis)和反式(trans)作用的 eQTLs进行了鉴定。并在热胁迫差异表达基因以及仅在热胁迫下表达的基因中，发现了引起热胁迫响应...
...t PCA_out --threads 10 \ --maf 0.05 GCTA主要是分析人的数据，如果分析其他动植物需要对染色体体进行重新编号，不然会报错： --bfile all.LDfilter -autosome--make-grm--out GANote: GRM is computed using the SNPs on the autosome.Reading PLINK FAM file fro...
...取码：0v4g。https://pan.baidu.com/s/18Nq6-kJUgJiCr_BV3qAtRQ 示例数据说明 某研究对三种环境中的土壤进行了采样（环境A、B、C，各环境下采集9个土壤样本），结合二代测序观测了土壤细菌群落物种多度，并对多种土壤理化指标进行...
您好我用的csv文件 文件格式如下 ，这个是包里自带的数据集我转成csv了 源数据是cel我该怎么办 > library(rbsurv)> setwd("C:/Users/Administrator/Desktop")> Mydata<-read.table(file = "C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\gliomaSet.txt",header=TRUE)>...
老师您好，有一个问题请你帮忙看看。为啥同样一组数据共线性的对数不一样？文件都是一样的。
用docker镜像下载TCGA数据，只得到临床信息， 代码报错
在分析重测序数据时，该命令没有运行。
我想知道你们在山羊 数据进行call snp 的时候都是设置多大的内存和几个并行任务？