文章 deepseek绘图之--多组学瀑布图

...分析中，经常需要绘制多组学瀑布图，用于展示不同组学数据(如转录组学、蛋白组学、代谢组学等)在同一通路内不同类型分子的贡献差异。这种瀑布图可以直观呈现同一通路内各差异特征对组间差异的贡献强度，为快速锁定核...

文章 IF=11.8| 钟花樱的端粒到端粒基因组揭示了樱花亚属的基因组进化

...umina短读长和Hi-C染色质构象捕获技术，生成高质量基因组数据。最终的基因组大小为 266.23 Mb，锚定在8个染色体上，N50=31.6Mb，BUSCO完整度为98.9%，QV序列一致性打分为48.75。 02. 基因组注释 （1）重复序列注释 方法： LTR_Finder和 ...

文章 ai助手帮我构建新的qiime2分类器

在挖掘数据的时候发现有的数据用的是v2版本的,我手里只有全长的和v3-v4的,全长效果没那么好感觉,但是我好久没有看过qii2相关的东西了,有点忘了,刚好最近ai很火,我就尝试用ai帮我构建,过程如下 这里是完整的链接   https://w...

文章 中国学者揭示:不运动不吃药也能瘦！

...7 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，...

文章 ProteoWizard工具的安装与使用

ProteoWizard 是一套用于蛋白质组学数据分析和转换的开源软件工具，它支持多种质谱数据格式转换、可以用于谱图查看、质谱仪器参数查看、还可以用于蛋白序列模拟酶切…… ProteoWizard官网：https://proteowizard.sourceforge.io/ 一、软...

问题 请教老师，用自己的hmm文件，进行了domain的二次搜索，结果如下图所示。结果显示仍然会有很多只是匹配了一部分序列片段。我用这些部分比对上的结果截取序列后，再三大数据库对比发现也存在我想要的domain. 现在的问题是，如果要这些部分的结果截取序列，做进化树就会差异太大。如果不要部分比对上的，又怕少了家族序列。只有一部对比上的，到底如何取舍呢？这样的情况如何处理，有没有相关的标准？谢谢

问题 ls ../data/*.fa. |sed -e "s/.fa.//g" -e "s#../data/##g" > ../id.txt执行这条命令的时候，未能得到id.txt文件；2.想问一下：每次关掉putty的时候，都需要重新dockers run进入吗？3.软连接之后发现01.data prepare里面有玉米的数据了如何删除此01.data prepare？4.现在发现需要上传id.txt文件，将11个样本名输到txt文件里面，通过filezilla上传到data，再进行docker run？

文章 组学大讲堂征稿通知

...突出文章亮点； 2. 生物信息分析类 自研算法、流程、数据可视化软件等； 3. 分子实验类 高通量测序、蛋白质组代谢组等上/下游实验技能等； 4. 科研笔记类 科研项目经验、论文写作技巧、生信学习心得等； 5. 资讯类 生...

文章 生物汪看《疯狂的外星人》，心真累！

...群体规模的测序项目；每台HiSeq X仪器三天可产生1.8 Tb的数据，即每天600 Gb；若同时运行10台仪器，每年可测序>18,000个人类基因组。 2. NovaSeq测序仪：NovaSeq 5000和6000系统的售价分别为85.0万和98.5万美元，可单台购买，相比HiSeq 25...

文章 GenomicsDBImport 的多样本变异检测

 Genomics Database 对于群体数据来说，多样本同时时行 SNP Calling 的准确度要优于单个样本的 SNP Calling. GATK3 的多样本 SNP Calling 功能是 CombineGVCFs，GATK4 新出了 GenomicsDBImport功能，官网建议它适合1000个样本以上的 SNP Calling，但是它的...

文章 利用Python matplotlib库对基因组同源区域和进化速率进行可视化展示！！！

...析流程： 1、下载人类、猕猴、树鼩（参考物种）基因组数据，利用Python语言对基因组数据进行处理。 2、利用BLAST进行序列比对，或者基因组之间的同源信息。 3、利用强大的ColinearScan共线性分析软件获取共线性区段。 4、利...

文章 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

...单，在命令行直接运行下列命令： pip install jcvi 2. 数据下载 运行MCscan需要序列以及坐标文件，分别是fasta格式以及BED格式的，例如，可以从Phytozome下载cds的序列文件以及gff文件，再由gff文件生成BED文件。当然JCVI有相应的...

问题 基因家族表达量热图的时候没有找到合适的FPKM文件

...合适的FPKM文件。我做的物种是草莓A种的HSP70基因家族，数据库上有B种草莓的转录组数据，这两种草莓的基因注释的ID不一致，这个时候我可以利用blast本地建库来匹配A种草莓与B种草莓的基因吗？也就是X基因在A草莓有一个ID，B...

文章 蛋白信号肽预测—SignalP使用详解

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，...

文章 前沿科普：间充质干细胞的研究为什么这么火？

...治疗中的巨大潜力。 间充质干细胞的研究有多热门？数据告诉你！ LetPub数据显示，2019年国家自然科学基金项目中，关于间充质干细胞的项目共132项，总资助基金达5564.7万； Pubmed 数据库中有关间充质干细胞的相关的文献累...