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文章 阿里云短信发送API笔记

阿里云短信python版本API开发示例包： https://help.aliyun.com/document_detail/55491.html?spm=a2c4g.11186631.6.578.161d5a6dfJUt8X 下载SDK  python短信发送包：https://help.aliyun.com/document_detail/55359.html?spm=a2c4g.11186623.2.16.39c06e44yEn8JH 然后就可以安装python...

文章 蛋白质组和转录组相关性图绘制

...组相关的分析。 deg_file <- 'S-1_S-2_S-3_vs_R-1_R-2_R-3.all' dep_file <- 'S-1_S-2_S-3_vs_R-1_R-2_R-3.DEP.all.xls' # 设置筛选参数 dep_fc <- 1.5 dep_fdr <- 0.05 deg_fc <-1.5 deg_fdr <- 0.05 # 读取文件 deg <- read_delim(deg_file,delim = '\t') dep <- read_deli...

文章 使用 mygene.info 获取基因注释信息

...面、准确和最新基因注释信息的在线服务。该服务由Scripps研究所提供，并以RESTful API的形式开放给公众。在本文中，我们将探讨如何使用mygene.info的Python包来快速获取基因的相关信息。 特点 多物种支持: 包括人、小鼠、大鼠、...

文章 使用Dockerfile制作生物信息分析基础镜像

... about.documentation=" " \ license=" " \ about.tags="Genomics,Proteomics,Transcriptomics,General,Metabolomics" ################## MAINTAINER ###################### MAINTAINER huangls <huang2002003@qq.com&gt; #COPY Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh /tmp/miniconda.sh #ENV LANG=C.UTF-...

文章 如何处理矫正GEO数据批次效应（batch effect）

...合分析吗？如果贸然混合，会有什么问题？这个问题就是batch effect。 什么是batch effect？ 不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同一个样品不同试剂的数据，以及同一个样品不同时间的数据等等都会产生一种batch effect...

文章 Samtools截取基因组序列（Docker篇）

Samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具软件，能够对比对文件进行二进制查看、格式转换、排序及合并等，结合sam格式中的flag、tag等信息，还可以完成比对结果的统计汇总，是处理sam和bam文件（例如：转录组Tophat分析软件输出...

文章 Uniprot蛋白数据库介绍及使用详解！

...组成： 以上子数据库间的关系如下：uniprot会收集EMBL，GenBank，DDBJ等公共数据库中的蛋白质序列及功能信息等原始数据，处理后存入UniParc的非冗余蛋白质序列数据库；UniPrc作为数据仓库，再分别给UniProtKB，Proteomes，UNIRef提供可...

问题 得到INDEL,在做注释的时候报错。

NOTICE: Running with system command <coding_change.pl  /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//5.var_ann/indel.refGene.exonic_variant_function.orig /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unknown_refGene.txt /public/home/majieyu/perl5/ppgwas/reseq/reseq_demo//ref/unkn...

文章 热门方向：AnnexinV/PI联合检测细胞凋亡

...亡的方式主要有两种，包括细胞坏死(necrosis)和细胞凋亡(apoptosis)。细胞坏死是早已被认识到的细胞死亡方式，而细胞凋亡是近年来逐渐被认识且越来越受到重视的细胞死亡方式。两种死亡方式最重要的区别是细胞坏死会释放出细...

文章 linux命令详解之ls

...kets套接字。当文件为普通文件时，不输出任何标识符； -b：将文件中的不可输出的字符以反斜线“”加字符编码的方式输出； -c：与“-lt”选项连用时，按照文件状态时间排序输出目录内容，排序的依据是文件的索引节点中的ct...

文章 perl中的列表与数组

...数组是存储列表的变量。 举例子： （1，2，3，4）是一个列表 可以赋值给一个数组@array=（1，2，3，4） （5，6，7，8）是一个列表 也可以赋值给数组@array=（5，6，7，8） 上面两个@array是同一个数组，但是（1，2，3，4）和（5...

文章 qiime1 matplotlab绘图报错解决：_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Command run was: plot_taxa_summary.py -i /share/nas1/huangls/test/ampliseq-q1/16s2/4.Qiime_analysis/taxa_summary_plot/otu_table_no_singletons_rare_sorted_L2.txt,/share/nas1/huangls/test/ampliseq-q1/16s2/4.Qiime_analysis/taxa_summary_plot/otu_table_no_singletons_rare_sorted_L3.txt,/share/nas1/huangl...

文章 CAR-T质量检测ELISA试剂盒常见问题解析

...验室ELISA实验做的较多，还是建议使用洗板机洗板，效果更好，也更方便控制。如果没有洗板机，在洗板过程中，需要注意洗板液添加后不要从孔中溢出，在加洗板液后，静置1-2min，甩干液体后，在吸水纸上大力拍干；重复三次...

文章 hclust_analysis.r 转录组数据层次聚类分析

...method] [-T top]                         [-S] [-M max.nc] [-k bestk] [-s size] [-a alpha] [-e]                         [-L] [-X label] [-Y label] [-t label] [-o path]                         [-H number] [-W number]Hierarchical Clustering andplot：https://clinc...

文章 分离NR NT库，快速blast本地比对同源注释基因

...数据库将数据库分开，可下载如下文件，然后利用下面的perl脚本就可以把NR或者NT库分开成小库： wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nr.gzwget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/nt.gzwget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/gi_taxid_n...