老师您好，我在ncbi下载来pacbio的h5文件，转换成了subread.bam，里面reads大概是100W，接着用CCS处理得到ccs.bam里面reads大概是4W，之后用lima处理ccs.bam得到的结果大概用1000条reads，请问reads变得这么少了是哪里出现了问题呢？
这是我的脚本 结果
...s <- gene_names Univar <- lapply(VarNames, Unicox) # 将单因素的结果汇总 Univar <- ldply(Univar, data.frame) 整理的结果如下： Characteristics Hazard.Ratio CI95 P.value 1 LINC01587 1.00 0.99-1.01 0.6771 2 XXbac_B461K10.4 1.01 1-1.03 0.0380 3...
我的是无参物种，做了个转录组实验，公司给的差异分析结果里，基因都是以trinity开头的ID，我在NCBI里找不到相关的信息，请问怎么知道这些基因对应的功能呢？
...ge -G参考注释，得到合并的gtf文件后，用这个gtf去算fpkm，结果里有的trans id 是MSTRG。有人说是参考注释有问题，我是在ensembl plant上下载的gtf文件，好像没什么问题。 还有请问lncRNA分析，注释文件的gene id和trans id是自己预设，请...
...91960330419606076+Zm00001eb376300_T001这是玉米26Pan-genes.list的部分结果。下面的是我自己物种的部分结果 PangeneIDgeneIDSpiecesChromStartEnd Baxijiao_BXH1_0002595300025953BaxijiaoBaxijiaochr01.168647074
...然每一个池只有十来个样品的实验，是否能够得到满意的结果，是存在一定风险的。 Q6：提取子代DNA时应当先混后提，还是先提后混？ A6：理想状态是将每个子代样品都单独提取DNA，然后根据DNA的浓度，等量均匀混合成一份DNA...
...p3处理过的序列quercus(里面有418contigs)，不是应该出现产生结果文件序列名quercus.fasta.misa（以表格的形式列出微卫星的类型和位点）和quercus.fasta.statistics（统计微卫星的类型和频数），而是出现一堆txt格式的，contig1，contig1等等和q...
在用cafe的时候总是在最后一步报错，然后无法生成运行结果，如下图： 这个物种在我的输入文件和时间树里都是存在的。。。 我的脚本如下图
ka/ks和种内做圈图都是计算种内串联复制和片段复制的方式，它们俩的计算结果是不是应该一样的，近日发现KA/KS算出的和圈内表示出的，差别很大。
...据的全能选手，其功能覆盖了TCGA数据的下载，分析以及结果的可视化，具体的如下图所示 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析》《TCGA-基因差异表达分析》《TCGA-转录因子调控》《TCGA-ceR...
...分析具体功能基因，这一点更是重要，泛泛地介绍转录组结果发文章时代早就过去了。所以这篇文章看起来比较短小，但是结构却是相当紧凑，值得参考！由于篇幅所限，更多细致内容请下载原文查看。日常科研中你我经会常遇...
这是我提取出来的结果，不知道接下来如何分析
这是我的代码 这是运行结果，我都觉得奇怪了
...释，但是在参考书里没有找到这个词或相关章节。 通过搜索找到了： 1.分子连接性：指一个分子中各个骨架原子排列或连接的方式，它反映了分子结构的信息。分子连续性是研究分子结构和理化性质与生物活性之间定最关系(...