5 请问关于转录本拼接整合的问题

使用stringtie merge -G参考注释,得到合并的gtf文件后,用这个gtf去算fpkm,结果里有的trans id 是MSTRG。有人说是参考注释有问题,我是在ensembl plant上下载的gtf文件,好像没什么问题。

还有请问lncRNA分析,注释文件的gene id和trans id是自己预设,请问具体怎么操作呢,没看到有资料提到这个的

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

MSTRG 开头的基因是新组装的基因,如果不关系新基因,这些可以忽略

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  • dd 提出于 2020-04-29 09:28

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