...x系统下构建进化树软件推荐，Linux有非图形化的mega吗？ 2. 怎么在没有root权限情况下安装perl模块？如果有基因家族分析的脚本中需要的模块有个名称汇总就更好了
...、 MinION测序技术简介 MinION纳米孔测序仪的核心是一个有2,048个纳米孔，分成512组，由专用集成电路控制的flow cell。测序原理见图1a所示：首先，将双分子DNA连接lead adaptor（蓝色），hairpin adaptor（红色）和trailing adaptor（棕色）；...
看了GEO芯片数据标准化的视频，关于affy包，请问如果后续分析需要未进行log转换数据，那我可不可以对rma处理的数据进行2^x进行反对数转换？还是应该直接用mas5.0标准化？
1 :s/A/B/ #替换当前行第一个 A 为 B 2 :s/A/B/g #替换当前行所有A 为 B 3 :n,$s/A/B/ #替换第 n 行开始到最后一行中每一行的第一个A 为 B 4 :n,$s/A/B/g #替换第 n 行开始到最后一行中每一行所有 A 为 B, n 为数字，若 n 为 ...
在用SURVIVOR进行多样本SV合并时，生成的合并vcf里只保留了两个样本的信息，命令如下SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 -1 -1 -1 group_merged.vcf，sample_file里包含manta和delly鉴定出来的SV
...定位置即可。然后搜索SRA数据，例如，我们要下载SRP108428（阅读文献可以找到公开数据的project号）下的所有数据，打开NCBI网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP108428（此处为project号），点击"Accession List"键，下载得到SRR Li...
...文章是17年发表的与肺鳞癌相关的lncRNAs研究，影响因子3.026，文章虽然比较早，但是对我们依然有参考价值。 数据来源 作者从TCGA下载所有肺癌的RNA-Seq数据（截至2017.4.5），共502个肺鳞癌样本数据，其中原发性肺鳞癌样本数据45...
使用python2运行lefse软件的时候报错这是因为当前LEfSe依赖的R包rpy2的版本与你的R版本不兼容，你可以尝试更新一个rpy2的小版本，比如我更新了 pip2 install rpy2==2.8.6 随后就可以直接使用
ggplot2绘图结果往往X轴和Y轴的截距交点往往不是原点：譬如下图y轴就不是起始于0 调整坐标起始位点可以利用scale_y_continuous(expand = c(0, 0))或者scale_x_continuous(expand = c(0, 0)) expand的解释如下 expandA numeric vector of length two giving multi...
...Map、Stamen Maps 等）获取地图数据，并且由于它是基于ggplot2可视化地图的拓展包，可以和与ggplot2无缝集成。 1.1 地图数据的获取 map <- get_map(location = "New York City", source = "google", maptype = "roadmap", zoom = 10)#使用 get_map() 函数获取地...
...1）给出结果中95%和99%的置信区间具体是怎么计算的？（2）候选基因是在超出阈值线的区域吗？如果都没有超出，该如何解决，能否适当降低阈值，比如设90%置信区间，该怎么计算。（3）能否给出上面这个图的代码呢，大部分论...
...设置端口为880， 输入自己的用户名和密码 git clone http://192.168.1.100:880/root/rna_seq.git 2. 拉取master 分支 git pull master 3. 创建新分支，用于更新代码 git branch newissue git checkout newissue 4. 修改代码，并递交 git add . git commit -m '修改记录...
...该基因转录活性的一段DNA顺序称为增强子（enhancer）。 2. 终止子位于基因编码区下游，能够终止RNA转录合成的特殊DNA序列称为终止子（terminator）。 3. 沉默子位于结构基因附近，能抑制该基因转录表达，称为沉默子（silencer）；...
1. 先筛选GS＞0.2，MM>0.8的基因，然后将其中的连通性高的基因选做hub gene可以吗？ 2. MM大于0.8是指在自身所在的模块MM值吗？那此基因在其他模块中的MM值有什么意义吗？ 3. 怎么看一个基因与其他模块中基因的连通性？（举个...
...问这是什么原因？ 还有个问题是map运行过程中提示如图2，但是我查看了fai文件（图3），染色体名称似乎没有问题，请问这是怎么回事？