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问题 非模式物种eggnog 批量注释，输出的pep.fa没有内容

...批量注释教程做绵羊的同源注释 具体过程如下： wget https://ftp.ensembl.org/pub/release-109/gff3/ovis_aries_rambouillet/Ovis_aries_rambouillet.Oar_rambouillet_v1.0.109.gff3.gz wget https://ftp.ensembl.org/pub/release-109/fasta/ovis_aries_rambouillet/pep/Ovis_aries_rambouillet.Oa...

文章 Linux重定向以及nohup不输出的方法

...他文件和设备： 比如，重定向标准错误输出到log文件: program 2>log 此时，程序的报错信息被log文件接收，而标准输出还是输出在屏幕上。 同样，我们可以把标准错误输出直接重定向到标准输出： program 2>&1 如果我们不...

文章 提取 VCF 文件中的基因型信息

...因型信息可以用不同的方式表示，常见的有基于基因型（genotype）的表示和基于等位基因（allele）的表示。基于基因型的表示方式使用字母和数字的组合表示不同的基因型，如AA、AT、CC、0/1、1/2 等。基于等位基因的表示方式使用...

文章 qiime2自己建立分类器 greengene

...于一些大家常用的引物组合，可直接在仓库中下载（ http://kronos.pharmacology.dal.ca/public_files/taxa_classifiers/qiime2-2020.2_classifiers/ ），没有的话则需要自己手动建立分类器： •16S V4/V5 region (classifier_silva_132_99_16S_V4.V5_515F_926R.qza) 16S V3/V4...

文章 Pacbio三代全长转录组(Iso-Seq ) 可变剪切分析软件lr2rmats

...刑毅课题组开发的软件， 最近该软件发表了一个能支持pacbio 数据的版本lr2rmats，结合二代和三代数据，进行可变剪切分析。 1.  lr2rmats的安装 ： 安装比较简单，直接git 克隆代码， 设置好PATH的环境变量即可 git clone https://git...

问题 单细胞高级分析代码的报错求助

...的Idents，并添加细胞类型信息到metadata中，并增加mycelltype列 Rscript $scripts/seurat_add_celltype.r -i ../03.seurat_cluster/suture.rds \ -c celltype.tsv -p suture.added.celltype -n mycelltype > obj=readRDS("~/single-cell/1_suture_stem_cell_analysis/04.cell_type_ann/suture...

文章 linux命令之mv

...件进行复制，文件个数增加了。语法mv(选项)(参数)选项--backup=<备份模式&gt;：若需覆盖文件，则覆盖前先行备份； -b：当文件存在时，覆盖前，为其创建一个备份； -f：若目标文件或目录与现有的文件或目录重复，则直接覆盖...

问题 我在call snp,使用GATK导入db,得到的结果中没有callset.json文件，我一共15条染色体，db文件夹里只有两个染色体的文件夹内容，麻烦老师解答

这是我的命令gatk  --java-options "-Xmx60g" GenomicsDBImport  \ -L chrB6 -L chrB1 -L chrA1 -L chrA4 -L chrA7 -L chrB7 -L chrA2 -L chrB2 -L chrA3 -L chrA5 -L chrB5 -L ScaffoldUN -L chrA6 -L chrB4 -L chrB3 --tmp-dir $tmpdir  -R $REF --batch-size 5 \ --reader-threads 5 --max-num-intervals-to-...

问题 RNA-seq的转录水平表达分析HISAT, StringTie and Ballgown 中R语言的疑问。

你好。关于这篇文章https://www.jianshu.com/p/0e48facb3786，我试着用自己的数据去跑这个流程，前面都很顺利，就是在比较男女之间基因表达差异那里出了错误，因为我的数据是从小米的根，茎，叶三个不同组织里得到的，所以我想比...

文章 组学大讲堂QIIME2(v1.5)镜像更新说明

...命性的全新扩增子微生物组分析流程。QIIME2不是QIIME1的一个简单升级，它是一次采用python3完全的重写，不仅支持聚类方法生成OTUtable，还支持最新的降噪方法生成feature table。QIIME2是一个综合的分析工具，它将是未来扩增子分析...

问题 用linux系统做gwas时运行脚本报错[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0

/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/jcommon-1.0.23.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/phg.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/commons-math3-3.4.1.jar:/public/cau/lintao_group/yangjunwei/software/tassel-5/lib/biojava-alignment...

文章 转录组扫盲篇

...应该学着从整体上对转录组研究思路加以认识，这样才能更好的进行实验设计以及样品准备。 拿到转录组数据，你还是只关注差异表达基因码？你可知可变剪接、转录组因子才是待挖掘的“黑产”！ 今天给大家分享一个福利-...

问题 老师，做all_sample_qc时候python: can't open file '/qc_stat.py': [Errno 2] No such file or directory

[root@73d64505fa22  22:26:35 /work/my_rnaseq/2.data_qc]# python $scriptdir/qc_stat.py -d $workdir/2.data_qc/ -o $workdir/2.data_qc/ -p all_sample_qc python: can't open file '/qc_stat.py': [Errno 2] No such file or directory

文章 Beta多样性分析

...PCoA在内的缺点，即线性模型。NMDS的模型是非线性的，能更好地反映生态学数据的非线性结构，有的研究认为NMDS的效果优于PCA/PCoA。检验NMDS结果的优劣用胁迫系数（stress）来衡量，此值越小越好，当小于0.2是可以用NMDS的二维点...

文章 外源插入位置查找好方法

...想的结果，在插入位点左右两侧找到junction reads cluster； B：由于外源插入导致插入位点大片段缺失，导致两侧junction reads cluster 距离较远； C：表示只找到单侧的junction reads cluster，可能是由于外源插入而导致染色体异位或者重...