10 非模式物种eggnog 批量注释,输出的pep.fa没有内容

非模式物种eggnog 批量注释教程做绵羊的同源注释

具体过程如下:

wget https://ftp.ensembl.org/pub/release-109/gff3/ovis_aries_rambouillet/Ovis_aries_rambouillet.Oar_rambouillet_v1.0.109.gff3.gz

wget https://ftp.ensembl.org/pub/release-109/fasta/ovis_aries_rambouillet/pep/Ovis_aries_rambouillet.Oar_rambouillet_v1.0.pep.all.fa.gz

gunzip *gz

sed 's#gene:##' Ovis_aries_rambouillet.Oar_rambouillet_v1.0.109.gff3 |sed  's#transcript:##' |sed 's#CDS:##' >Ovis_aries_rambouillet.Oar_rambouillet_v1.0.109.gff31

mv Ovis_aries_rambouillet.Oar_rambouillet_v1.0.109.gff31 Ovis_aries_rambouillet.Oar_rambouillet_v1.0.109.gff3

python $scriptdir/get_gene_fa.py \

--gff Ovis_aries_rambouillet.Oar_rambouillet_v1.0.109.gff3 \

-f Ovis_aries_rambouillet.Oar_rambouillet_v1.0.pep.all.fa \

-p pep


但是输出的pep.fa里面没有内容。


使用/usr/bin/Rscript $scriptdir/enrichGO_pip.R这个脚本用来做非模式物种,使用R 语言获得的org.Oar.eg.db如何才能加载到脚本中,或者说这个文件应该存放在什么地方?

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  • 提出于 2023-04-05 15:06

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