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问题 关于genecode的ID提取

...常与老师提供的对应上 对于mRNA的信息有点出入,不知道如何择选的,因为genecode上面没有单独mRNA这个数据包 也根据视频下载的是核染色体的基因注释,这就使得非编码和编码的都包含了,这个从我打开文本也可以看出是这样...

问题 网络分析中在MENA中做出环境因子和OTU之间的联系之后,怎么在Cytoscape中可视化呢?谢谢老师

就是这些步骤完成之后如何可视化,https://www.omicsclass.com/article/558

问题 WGCNA分析中cluster dendrogram图上的module colors只能显示一种颜色,但在代码中table(moduleColors)显示已分19个模块19种颜色,想问下是哪里出现问题了,谢谢!

做WGCNA分析,数据量比较大,有45783个基因,但样本数只有12个。运行后得到的cluster dendrogram图中的module colors的颜色只能显示出蓝色,但我table(moduleColors)后得到的颜色模块还是很多的。想问下我这个操作是哪里出现问题了呢?万...

文章 欢迎加入组学大讲堂问答社区

...定会遇到很多问题,如:转录组中基因表达定量怎么做?如何筛选感兴趣的功能基因?候选基因如何验证?等等。不管是实验的、数据分析的还是结果解读的问题您都可以到问答社区中提问,总会有牛人为您解答;目前社区已经...

文章 linux下解压命令

...缩文件,种类较多,这里就介绍一下各种常见类型的文件如何压缩以及解压缩。 .tar  解包:tar xvf FileName.tar 打包:tar cvf FileName.tar DirName 要注意  tar 是打包,而不是压缩哦! .gz 解压1:gunzip FileName.gz 解压2:gzip -d FileNam...

文章 进生物实验室之前,这本生存指南请拿好!

每一个萌新对于进实验室应该都是非常期待的, 想到那些形形色色的实验仪器, 想到自己就要养各种细胞什么的, 是不是感觉马上要大展身手了! 先别急, 这个时候有些同学可能会好奇:进入实验室之后,首先要学会...

文章 最好用的测试管理工具是什么?

...型的工作台,使用者可根据实际使用场景对版块进行拖拽调整,模块选择灵活,可满足不同用户的日常使用习惯。 二、测试用例模板设置 作为一名测试人员,这个功能我要疯狂打call!!你们知道的,测试员写用例是必不可少的...

问题 关于RNAseq的docker分析中获取基因长度报错问题

...t_id'] in geneL[kvs['gene_id']]:KeyError: 'gene_id'gtf如下:请教老师如何解决这个问题,不胜感激!

文章 fastqc质控报告查看

...象,如果原始数据很大(事实往往如此),对所有序列的比较将会需要很大内存,所以FastQC只用前100,000条reads来进行统计,以反映全部数据中序列重复度情况。而且,大于75bp的reads只取前50bp进行比较,由于reads越长越不容易完全...

文章 blast在linux上的用法

...对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越结果越可靠 -o:查询结果输出文件名 -m:比对结果显示格式选项,缺省值为0,即pairwise格式。另外还可以根据不同的需要选择1~6等不同的格式。 I:在描述行中显示...

文章 双通道芯片MA和density

...mma包可以对芯片数据进行处理,读取的原始数据格式的也比较多,包括gpr、txt等,这些文件格式和芯片图片处理软件有关。 而经过数据读取之后,获得RGList或者EList,前者对应双色芯片,后者对应单色芯片。 一般双色芯片RGList...

文章 cBioPortal数据库使用教程

...可以可视化一个癌症研究中多样本间基因改变的模式,并比较点多癌症研究中基因改变频率,或者在一个个体肿瘤样本中总结概括所有的相关的基因组改变。这个网站也支持生物通路探索,生存分析,基因改变间的相互独特性分...

文章 近期常用命令记录——比对并提取fq,ncbi下载并转化为fq,序列提取等

...grep -f list.txt assembly.fasta >reads.fasta2.序列截取 EMBOSS下的工具extractseqextractseq -sequence C.fa -region 5-6117 -outseq in.fa三、NCBI下载SRR并转换为fastq文件  获取下载链接之后进行下载,以ERR6054995为例     fasterq-dump工具wget -c https://...

问题 Rstudio进行WGCNA分析时无法输出GS和MM值表格,无法输出cytoscape nodes edges文件

...输出结果如图所示。请老师帮忙查看,是什么原因,应该如何修改?十分感谢!

问题 基因家族分析circos时显示基因基因数目超出最大值怎么办

...n image that is too busy and uninterpretable. 请问出现如上提示如何解决?会影响最后的图吗?我的基因家族间link文件中的基因未完全在最后的图中显示出来 是受到这个的影响吗