老师，您好，我进行了组织微生物16sv34区测序，为什么测序结果的峰值在250bp左右呢，v34区不是应该有400bp多吗
...两个数据集的变量必须相同，顺序可以不一致。合并后，结果会按照第一个数据集的变量次序展示。
bedtools 软件可以统计每个窗口内SNP变异位点数量，具体命令如下： bedtools coverage -a window.bed -b raw.filtered.snp.vcf.gz -counts >result.txt 其中bed文件格式如下： 结果文件如下： 最后一列为每个窗口内SNP数量。
因为我想根据基因在染色体上位置获得基因序列，但是发现有一个基因搜索不到序列。其它都可以搜到。 但是这个基因的CDS序列又能通过命令获得。
...转换成富集分数矩阵，然后再通过差异表达分析筛选富集结果，设置这个参数则不对富集结果进行筛选 使用举例： Rscript ../scripts/ssgsea_enrich_diff.r -g enrich/c2.cp.kegg.v6.2.symbols.gmt \ -i ../02.sample_select/TCGA-KIRC_gene_expression_TPM_immu....
跑出来的结果如这样，反正黑黢黢的一坨
老师，我在分析两个物种间的共线性时在下游分析时报错，报错结果见图，数据截图也给出，麻烦帮我看看，谢谢！ 报错截图 gff文件 控制文件 生成的共线文件
...至一个目标目录中。源文件被移至目标文件有两种不同的结果：如果目标文件是到某一目录文件的路径，源文件会被移到此目录下，且文件名不变。如果目标文件不是目录文件，则源文件名（只能有一个）会变为此目标文件名，...
老师您好，最近读到一篇论文，里面说到：在NCBI数据库检索油棕的基因组数据库，共找到37个被标记为MADS-box基因。请问在NCBI上怎么操作才能有这样的结果呢？谢谢老师
...因组数据库没有基因在哪条染色体上的信息，所以这里的结果就没有第二列出现基因ID的染色体位置，图中应该是基因在某个片段上的信息，我猜想不管是在染色体上还是在染色体片段上，应该都能找到上游1500位置的序列，所以...
...，请问如果能在蛋白网站上能找到的话还有必要用hmmsearch搜索吗？ 另外，用这58个序列做进化树，失败了，其中两个序列明显与其它不同（图中12和25号），请问我应该怎么筛掉呢（写到文章里）？我手动把E-value卡在0.00000001以...
...20% 。最近，免疫检查点阻断疗法在食鳞状细胞癌患者中显示出好的疗效。然而，与大多数实体瘤一样，只有少数ESCC患者（20-30%）受益于抗 PD-1治疗，强调免疫疗法可用于ESCC的临床益处。免疫检查点阻断疗法的治疗效果差异与个...
为什么在视频教程中，结果输出两个snp.refGene.fa和snp.unknown_multianno.txt，自己跑程序的时候则生成了snp.refGene.exonic_variant_function.orig、snp.refGene.variant_function、snp.refGene.log。同时，会出现外显子格式不正确或者是输出文件格式不正常...
请问老师，我已经成功安装了HiC-Pro, -h会有帮助信息出来，但是运行HiC-Pro -c config-hicpro.txt -i rawdata/ -o results，缺没有任何提示自动停止了，生成了仅包含链接的rawdata和config文件的结果文件夹，请问应该如何成功运行这个软件
... 分析中的 nomial p-value (名义 p 值) 这是最常见的xQTL 的cis结果的分析,使用的mode为cis_nominal 命令为 python3 -m tensorqtl \ Genotype \ # Genotype文件,需要plink转化 Phenotype.bed.gz \ # Phenotype文件,一般要标准化 cis_nominal \ ...