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文章 一抗二抗怎么选?义翘神州来教你

...抗体均具有特异性,因而使用标记的二抗可以免去对每一一抗进行标记,节省了时间和费用;此外,一一抗分子可以同时结合几二抗分子,从而使信号增强,提高了实验灵敏度。二抗可以偶联有几种不同的标记,可以是酶...

文章 兰花发育中器官发生的时空图谱数据下载示例

兰花空转文章: 数据空转GEO数据下载: wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE198128&format=file" -O GSE198128_RAW.tar 样本信息 #series_sample_iddevelopmental_stagetissuecodeSRRslideGSM5939574bud1-6FlowerAM559-ST-010001SRR18292617slide1GSM5939575bu...

文章 0.1元学习《Docker在Linux系统中安装与使用》

...。但是高通量测序的下机数据往往都很大,动辄几十上百G,这时,笔记本或台式机的内存、CPU以及存储就受到了限制,我们必须借助大型的linux服务器来分析我们的数据。 因此,我们组学大讲堂更新了《Docker生物信息工具安装...

文章 RDA CCA 分析Hellinger转化问题

...。 比方说示例数据“phylum_table.txt”,由于是门水平(一很大的类别)的类群统计,本身0值较少,其实也可以不执行Hellinger转化的。尽管如此,可能高丰度和低丰度种群的丰度差别还是非常大,数据并不“均匀”,此时可以...

文章 火山云 | tos:// 数据下载 | windows/linux下载方式

...载 01-1:在本地电脑下载TOS Browser 软件,安装包网址:https://www.volcengine.com/docs/6349/148777 01-2:双击下载的安装包.exe,即可安装打开。 01-3:在登录页面选择“共享连接登录”,输入 共享连接 ,即可登录下载。 01-4:使用共...

文章 ensembl和NCBI基因组下载,基因序列下载查看

...”。那么该如何获取这笔“财富”呢? 本期将介绍几相关的数据库,并举例演示如何查找和下载到想要的参考基因组及参考基因组得注释信息。 查找参考基因组得常用数据库 1.Ensembl         是由 European Bioinformati...

文章 RNA-seq发文必备技能——GEO数据库上传

...系信息 正常登录NCBI,如果是首次进入GEO,页面会出现两选项,如下图: 对于之前从未上传数据到GEO的同学,请选择第二选项。 按照要求填写相应的信息,包括注册人员信息和上传者信息,其中最重要的是邮箱信息。...

问题 单细胞测序数据FindAllMaker查找不同Cluster的Marker基因

...同亚群再进行不同亚群Marker基因的提取,代码如下:Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \  -p FindAllMarkers --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25 。我执行后报错:Warning: When testing 14 versus all:  ...

文章 R 包安装报错:configure: error: gdal-config not found or not executable.

* installing *source* package ‘sf’ ... ** package ‘sf’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation configure: CC: /share/work/biosoft/gcc/gcc-v6.4.0/bin/gcc configure: CXX: g++ -std=gnu++11 checking for gdal-config... no no configure: error: gdal-config not found ...

问题 GEO boxplot和密度分布图的绘制

利用boxplot(exprSet,col= cols , main ="expression", las =2)得到上图结果,通过加入outline= F,可以纠正错误。 但是我数据整理后,进行密度分布图的时候, 出现上图的问题, 不是很熟悉ggplot2,不知道代码哪里进行修改。 P_density...

问题 老师,这是我的gene.list和其他文件的基因,不是只有一,而且也能对上,但是做domaindomain_final.bed的时候就只有一基因,我试了WRKY和FAE1这两家族,都会出现这种情况

...情况 是list里面的基因格式有问题么?文件里是这种BnaA01G0038300GG BnaA01G0038300GG=476,我把后面那部分去掉了

文章 拨乱反正-下载2019年最新中科院期刊分区+影响因子汇总表-生命科学类

最近2019年中科院期刊分区表让几公众号闹得乌烟瘴气,硬生生将JCR的区分表当做中科院期刊分区表分享出来;一众小号如获至宝地纷纷跟发,估计现在还有很多老师仍蒙在鼓里,赶紧检查下,您是不是也领取了假表! 拨乱反...

文章 R包 CandiHap 进行单倍型分析

...鉴定候选基因的一款友好软件。研究者可通过该软件对单基因,或者对GWAS显著关联位点LD范围内所有基因进行单倍型分析,发现与性状显著关联的单倍型和候选基因。 需要准备4文件,分别为群体变异vcf文件、ANNOVAR软件注...

文章 docker clash 配置

文件说明 客户端,可执行程序:clash项目下载地址:https://github.com/Kuingsmile/clash-core/releases配置文件:config.yaml或者在您当前clash目录下的 config.yaml里面放着clash的借口,控制参数,链接信息等ip数据库Country.mmdb启动程序后会自动下载,或...

问题 非模式物种eggnog 批量注释,输出的pep.fa没有内容

...批量注释教程做绵羊的同源注释 具体过程如下: wget https://ftp.ensembl.org/pub/release-109/gff3/ovis_aries_rambouillet/Ovis_aries_rambouillet.Oar_rambouillet_v1.0.109.gff3.gz wget https://ftp.ensembl.org/pub/release-109/fasta/ovis_aries_rambouillet/pep/Ovis_aries_rambouillet.Oa...