问题 请问各位老师，E-value（e值）设定的根据是什么？对结构域筛选影响很大吗？

问题 请问筛选结构域之后进行的三大网站鉴定那，SMART能出结果，NCBI上筛不出来是怎么回事

问题 老师，想用ka/ks值画一个热图，而不是筛选大于1的基因做热图，请问如何修改代码及脚本？

文章 TCGA数据下载—TCGAbiolinks包参数详解

...建立的癌症研究项目，通过收集整理癌症相关的各种组学数据，提供了一个大型的，免费的癌症研究参考数据库。 官方提供了对应的下载工具Genomic Data Commons Datga Portal,  简称GDC, 网址如下:https://portal.gdc.cancer.gov/，挖掘里面的数...

问题 老师我在做KAKS分析时，生成的.axt文件对比序列不是三的倍数，我按操作手册的方法，提高的筛选条件，

... -in2 WRKY_cds_confirmed_blast.out -out duplication_gene.out，中提高的筛选条件，甚至我调高到90，输出的结果中还是包括不是三的倍数的比对序列，这种情况应该怎么办呢， 还有，同样的问题，由于基因组注释的问题，我的CDS序列没有起...

问题 我想问的是关于我鉴定到的基因家族，怎样筛选，怎样判断该基因家族拥有那个特定的结构域

文章 芯片原始数据标准化的几个包的安装

芯片原始数据下载后进行质控标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。 具体安装方法最好去网站查找R包和对应R版本，新老版本...

问题 用CoNet进行OTU互作网络分析时如何筛选去网络中的关键节点、枢纽或者物种（network hubs）？

问题 使用基因家族特异的隐马尔科夫模型筛选过蛋白质组库以后，发现含有该保守结构域的

文章 20个转录组基本知识点-你必须知道！

...物、病原菌等逆境胁迫处理。 4、转录组测序推荐的测序数据量？ 转录组测序所需数据量与所研究物种的基因组大小有关，基因组越大，则所需数据量越大。按照我们的经验来说： 常规物种一般建议6G数据即可； 基因组较大...

问题 老师您好，做基因家族鉴定分析时如何将网站上筛选的基因家族与自己的转录组鉴定得到的基因家族融合在一起？

问题 想问一下，为什么我用pfam筛选，结果出来是这样的，没有能看结果的地方，也没有能下载的地方

文章 一条命令筛选基因组指定区域内的所有基因

linux中的awk命令可以非常简单的实现搜索基因组指定区域的所有基因。具体方法如下。 首先要准备基因组gff文件，如下： 然后运行如下命令： awk '$1 == "1" && $3 == "gene" && $4 >= 10000 && $5 <= 200000 {print $0} '...

问题 老师您好，请问plantcare软件预测出来的顺式作用元件进行筛选绘图的时候需要区分正负链么，是只选择其一呢，还是都选？

文章 mysql 查询select语句汇总

mysql 查询select语句汇总 数据准备： 创建表： create table students( id int unsigned primary key auto_increment not null, name varchar(20) default '', age tinyint unsigned default 0, height decimal(5,2), gender enum('男...