老师我在做KAKS分析时,生成的.axt文件对比序列不是三的倍数,我按操作手册的方法,提高的筛选条件,

老师我在做KAKS分析时,cds的fa序列是三的倍数,但生成的.axt文件对比序列不是三的倍数,我按操作手册的方法,perl ../script/KAKS_SHAIXUAN.pl -in1 WRKY_cds_confirmed.fa.fai -in2 WRKY_cds_confirmed_blast.out -out duplication_gene.out,中提高的筛选条件,attachments-2020-03-SqOimekx5e64a37bdd423.png甚至我调高到90,输出的结果中还是包括不是三的倍数的比对序列,这种情况应该怎么办呢,

还有,同样的问题,由于基因组注释的问题,我的CDS序列没有起始密码子,提高筛选条件后并没有筛掉这些序列,这种情况怎么分析呢?还是说直接把这一对丢掉不要了?谢谢老师

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

基因组注释不好丢掉也行。

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  • 苦行僧 提出于 2020-03-08 15:53