文章 DevOps 从理论到实践指南

... and operations professionals.It seeks to automate the process of software integration, testing, deployment, and infrastructure changes by establishing a culture and environment where building, testing, and releasing software can happen rapidly, frequently, and more reliably. 归纳成三点： De...

文章 R批量读取文件

...，批量读取同一文件夹下的文件 例如针对目录下的三个txt文件进行读取： > tem = list.files(pattern = "*txt")> ABC = lapply (tem,function(x)read.table(x,sep="\t")) ABC 是一个列表数据,可以通过下面的方式获得每个文件内的内容，例如第一个...

文章 Orthology 定义

...oteins be homologous. [. . . ] there should be two subclasses of homology. Where the homology is the result of gene duplication so that both copies have descended side by side during the history of an organism (for example, α- and β- hemoglobin) the genes should be called paralogous (para = in par...

文章 华大stereo-seq 添加上底片转换成10X格式方便scanpy和seurat读入分析

示例数据： https://en.stomics.tech/col1241/index.html 0.SAW流程： saw count \    --id=Demo_Mouse_Brain \    --sn=C04042E3 \    --output ./ \    --omics=transcriptomics \    --kit-version="Stereo-seq T FF V1.3" \    --sequencing-type="PE75_50+100" \    --chip-mask=./C04...

文章 boxplot绘图中的离群值Outliers 如何去除

箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用，常见于品质管理。它主要用于反映原始数据分布的特征，还可以进行多组...

问题 Error response from daemon: Get "https://index.docker.io/v1/search?q=omicsclass&n=25": unable to connect to 199.59.149.205:443. Do you need an HTTP proxy?

老师，请问一下我docker安装成功，怎么无法search镜像

文章 RDA CCA 分析Hellinger转化问题

..., scale = FALSE)      #使用 Hellinger 转化前的数据pca_sp2 <- rda(otu_hel, scale = FALSE)        #使用 Hellinger 转化后的数据pca_sp3 <- rda(otu, scale = TRUE)        #使用 Hellinger 转化前的数据，但执行标准化 #特征值提...

文章 python版本xpclr报错

报错内容： ImportError: cannot import name 'romberg' from 'scipy.integrate' 可以看一下，基本上是这个脚本的第六行存在调用： ~/biosoft/conda/miniconda3/lib/python3.12/site-packages/xpclr/methods.py 报错原因：scipy高于1.14版本的话romberg函数被删除 https:...

问题 R中apply同时计算行和列使用c(1,2)，为什么不起作用

> ma=matrix(c(1:4,1,6:8),nrow=2) > ma      [,1] [,2] [,3] [,4] [1,]    1    3    1    7 [2,]    2    4    6    8 > apply(ma, MARGIN =c(1,2),mean)      [,1] [,2] [,3] [,4] [1,]    1    3    1    7 [2,]    2    4    6    8 question：上述使用...

文章 proteusTMT 分析蛋白质组数据时，meta文件的格式是怎么样的？

...condition replicate Reporter intensity 0 1 A-1 A 1 Reporter intensity 0 2     A-2     A     2 Reporter intensity 0 3     A-3     A     3 Reporter intensity 1 1 B-1 B     1 Reporter intensity 1 2     B-2     B     2 Reporter intensity 1 ...

文章 IF=6.68| HCC肝癌单细胞数据挖掘实践

...下shell代码快速实现。 zcat GSE149614_HCC.scRNAseq.S71915.count.txt.gz|head -1|sed 's#\t#\n#g'|perl -e 'while(<>){chomp;/^(HCC\d+)(\w)_([ATCGN]+)$/;print "$_\t$1\t$2\t$3\t$1$2\n"}' |sed '1ibarcode\tPATIENT_ID\tTissue\tcellID\tsample' >metadata.tsv 3. 利用脚本快速...

问题 这种报错怎么解决Error in simple_vs_index(x, lazy_eval(args[[1]]), na_ok) : Unknown vertex selected

文章 ggbio绘制基因结构图​

...BiocManager或者是devtools安装R包 install.packages(c("ggplot2", "ggh4x"))if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install(c("ggbio", "GenomicRanges")) 数据准备 需要准备gff文件，保留自己想要展示的元件及其位置信...

问题 Raw-mode is unavailable courtesy of Hyper-V. (VERR_SUPDRV_NO_RAW_MODE_HYPER_V_ROOT).

...导致VirtualBox 虚拟机无法启动 Raw-mode is unavailable courtesy of Hyper-V. (VERR_SUPDRV_NO_RAW_MODE_HYPER_V_ROOT). 返回 代码:E_FAIL (0x80004005)组件:ConsoleWrap界面:IConsole {872da645-4a9b-1727-bee2-5585105b9eed}

文章 MySQL报错：ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock'

错误信息： ERROR 2002 (HY000): Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock' (2) 出现问题原因： 有可能是 my.cnf 配置文件中设置了 [mysqld] 的参数 socket ，而没有设置[client]的参数socket mysql.sock 文件有什么用： mysql 支持 socke...