文章 TCGA数据进行多因素生存分析

...因素进行多因素的分析。 # 构建多因素分析的公式 multi_var <- paste0(sign_rbsure_gene_names, collapse = '+') fml <- as.formula(paste0('mysurv~', multi_var)) # 进行多因素分析 Multi_cox <- coxph(fml, data=exprSet) # 汇总多因素分析结果 Multi_sum <- summary...

问题 蛋白比对结果构建进化树_合并成supergene报错

合并成supergene时报错，是因为我的序列过多吗，应该是5000多个片段，而且有时会卡死。

文章 vscode更新导致低版本系统无法登陆的问题

...r/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX # 看一下 libstdc++版本 GLIBCXX_3.4 GLIBCXX_3.4.1 GLIBCXX_3.4.2 GLIBCXX_3.4.3 GLIBCXX_3.4.4 GLIBCXX_3.4.5 GLIBCXX_3.4.6 GLIBCXX_3.4.7 GLIBCXX_3.4.8 GLIBCXX_3.4.9 GLIBCXX_DEBUG_MESSAGE_LENGTH 发现不够,下载一个新的gcc,我下了12.2 然后进去...

问题 flexbar2.2版本去接头的过程中format不正确，报错文件格式不正确【课程RNAseq有参转录组数据分析】

...ap 7  --adapter-trim-end RIGHT  --adapters /var/data/work/refs/illumina_multiplex.fa  --pre-trim-left 13  --max-uncalled 300  --min-read-length 25  --threads 8   --reads /var/data/demo/data/UHR_Rep1_ERCC-Mix1_Build37-ErccTranscripts-chr22.read1.fastq.gz  --reads2 /var/data/demo/data...

问题 老师，我从文献查找到了基因ID，类型是这样的：LOC_Os01gll200.1，然后到“Myb_DNA-bind_4_domain.fa”文件中去查询，而domain的ID类型是这样的，我该怎么做才能对应起来？

问题 $python2 -m jcvi.compara.catalog ortholog ath rapa --cscore=0.7这一步报错

...ome/spider/soft/miniconda3/envs/py27/lib/python2.7/runpy.py", line 174, in _run_module_as_main     "__main__", fname, loader, pkg_name)   File "/home/spider/soft/miniconda3/envs/py27/lib/python2.7/runpy.py", line 72, in _run_code     exec code in run_globals   File "/home/spider/soft/minic...

问题 有多个时期的转录组数据每个时期都有三个重复，如何进行基因注释

老师好，想问下有三个重复的转录组数据，是需要将三个重复都cat到一起吗？例如1_1.fq、2_1.fq和3_1.fq合并，1_2.fq、2_2.fq和3_2.fq合并再用hisat2比对后输入braker吗？还是直接将这六个fq文件cat到一起进行比对呀？

问题 泛基因组基因家族_PAV分析，核心和可变基因富集分析问题

文章 安装gdal报错

...n 2023 07:28:50 AM CST.Error: Problem 1: package gdal-libs-3.4.0-2.el9.x86_64 requires libarmadillo.so.10()(64bit), but none of the providers can be installed  - package gdal-3.4.0-2.el9.x86_64 requires libgdal.so.30()(64bit), but none of the providers can be installed  - package gdal-3.4.0-2.el9...

文章 hisat2-build报错：Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)

...sat2-build --wrapper basic-0 -p 8 --ss splicesites.tsv --exon exons.tsv Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevel.fa Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevelDeleting "Mus_musculus_c57bl6nj.C57BL_6NJ_v1.dna.toplevel.1.ht2" file written during aborted indexing attempt.Deleting "Mus_muscul...

问题 蛋白比对结果构建进化树_合并成supergene报错

明明文件大小不大，为何到了#合并成supergene seqkit concat aln_out/*.pep_aln.renamed  >  single_copy.pep_msa.fasta这一步的时候总是被Killed

文章 gdal 报错dnf安装包错

...24 06:52:12 AM CST. Error:  Problem 1: package gdal-libs-3.4.3-2.el9.x86_64 from epel requires libarmadillo.so.12()(64bit), but none of the providers can be installed   - package gdal-3.4.3-2.el9.x86_64 from epel requires libgdal.so.30()(64bit), but none of the providers can be installed   - ...

文章 MCscan报错——kpsewhich命令缺失

...python2.7/site-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 357, in dotplot_main    title=opts.title, stdpf=(not opts.nostdpf))  File "/biosoft/python/Python-v2.7.11/lib/python2.7/site-packages/jcvi/graphics/dotplot.py", line 235, in dotplot    sepcolor=sepcolor, minfont=minfont, ...

问题 老师我在构建泛基因列表，合成last.txt文件，结果只有两列

老师，按照您给的指令（for i in `find ../01.jcvi -name "pangene_filter.*.last"`;do     name=`basename ${i} | cut -d "." -f2`;     grep -v "^#" ${i} > ${name}.last;     python3 $script/find_1vs1_v2.py ${name}.last ${name}.txt && /bin/rm ${name}.last; Done cat *....

文章 clinvar数据库人类疾病数据库ANNOVAR数据库使用

...越高。 数据库地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/clinvar/vcf_GRCh37/ 安装了ANNOVAR就可以直接下载： perl  annotate_variation.pl --downdb --buildver hg19  -downdb -webfrom annovar clinvar_20180603 ./ 下载之后，得到一些注释信息，其中ANNOVAR包含5个注释...