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问题 我遇到了相同的问题,我用的就是组学大讲堂的biolinux,知道怎么办,输入的脚本什么的都是正确的,知道怎么解决

文章 Nature | 获得学术成功的3个技巧——享受社交生活很重要!

...迫自己花时间进行此类活动。因为你的大脑需要休息,在分析了三个小时的数据之后,你的大脑会再清晰思考,并开始犯错,这个时候站起来去活动一下,工作会更高效。通往成功的道路上只是苦,还有甜古话说“吃得苦中...

文章 seurat 读入10X spaceranger 细胞分割的结果并显示

...ation.png", p2, width = 6, height = 6, dpi = 300)print(p2) python 版本: #!/usr/bin/env python3  ############################################################################  # 读取 10x Visium HD 细胞分割结果(geojson)并展示分割多边形  # 依赖: numpy, matplotlib  #...

文章 IF=13.8 | 饮食调节山羊肠道微生物的纤维素利用效率

...icroorganisms drives fiber utilization dynamics in goats ”的宏基因组分析文章。” 01 — 研究背景 整个生物界的生物资源是有限的, 反刍动物(如羊)能够利用人类无法利用的生物质,如植物细胞壁纤维转化为高质量的动物产品,因此,了...

文章 Python 学习(一)

...a=1dir(a) 3、查看数据类型 4、a+=1等于a=a+1 a-=1等于a=a-a5、列表li=[1,2,3,4,5]litype(li) 6、元组 tu=(1,2,3)或tu=1,2,3

问题 MEME motif 统计每条序列中motif的种类

老师,您好。我在做基因家族motif分析时,除了以图片形式直观展示motif分布以外,还想统计一下每条序列中motif的分布情况。请问该如何批量操作? 在得到的结果文件中,有看到下图所示的motif信息。[ ]之间的括号以外的数字...

文章 pheatmap返回的结果解释(获得新的排序信息)

...CK-tdr1-2   CK-tdr1-3AT1G01010    3.741490    7.3618000    5.8173400   5.7113100   7.9705400  10.3762000AT1G01030    5.235280    2.7707000    2.6685900   3.2263200   1.3210500   1.9672600AT1G01040    2.821317    1.5633947    1.9316282   3.19...

文章 利用Hiplot网站进行热图绘制

在生信分析的过程中绘制热图可以直观呈现多样本多基因的全局表达量变化,也可以呈现多样本或多基因表达量的聚类关系。 而绘制生信热图的方法有很多,常用的有MeV软件、Excel、R语言ggplots绘图等等,今天给大家介绍如何在...

问题 circos基因位置正确

老师您好,就是我在绘制circos图时就是每个基因的位置都是在染色体的最头上,我看了下课程上的文件格式和我的也是一样的,知道是什么原因,请老师解答。

文章 免疫疫微环境(TIME)

...TIMER2.0 TIMER2.0 (http://timer.cistrome.org/) 是TIMER软件的更新版本,作为一个可交互式web工具,能够全面、灵活的分析肿瘤免疫浸润免疫细胞并可视化。另外相关文章也是发表在了Nucleic Acids Research(IF=11.1)杂志上。 现有用于...

问题 circos圈图内部线显示

我看了下染色体对应问题,都是对应的,知道为什么报错,请老师指点,谢谢

问题 在01.phylo_tree ,文件格式转换这步,用您的docke或自安装 tassel-5 ,给vcf(23G)文件排序,排成tassel认可的序列,错误如下:Use -Xmx option in start_tassel.pl or start_tassel.batto increase heap size. Included with tassel standalone zip.

文章 组学大讲堂云服务器conda环境配置:

... conda init 3.conda环境加速,添加清华镜像,并设置默认进入base环境: cat > ~/.condarc << 'EOF' channels: - defaults - bioconda - conda-forge show_channel_urls: true default_channels: - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main - https:/...

问题 mcmctree和cafe显示分化时间

请问各位,我的mcmctree和cafe一起的图只显示家族的信息,显示分化时间是怎么回事啊?

问题 win10无法正常启动大于1G内存的GSEA

...8g,虚拟内存12G左右;我已经安装乐JAVA8,是java网站推荐的版本,32位,但我的计算机是64位)