...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...
...令行（Command line tools）工具，datasets可以下载ncbi上的生物数据，dataformat可以将metadata数据从json格式转化成其他格式类型。 1. 下载工具 curl -o datasets 'https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/datasets/command-line/v2/linux-amd64/datasets'chmod -R 777 ./dataset...
...ile name prefix [default demo] 参数说明： -i 输入要取子集的数据， ID TCGA-D7-A74A-01A-11R-A32D-31 TCGA-BR-7704-01A-11R-2055-13 TCGA-VQ-A91N-01A-11R-A414-31 TCGA-CD-A4MH-01A-11R-A251-31 TCGA-BR-7715-11A-01R-2055-13 TCGA-EQ-8122-01A-11R-2343-13 TCGA-BR-7704-11A-01R-20...
...（NMDS）。这些排序方法均属于非约束排序，只涉及一个数据矩阵，并在低维空间中尽可能呈现原始的数据结构。非约束排序方法中不存在解释变量（对于物种多度数据而言，解释变量通常指代环境因素），尽管可以通过相关性...
...图参数： ###venn.plot <- venn.diagram(gene_list，#输入的基因数据scaled = FALSE，#不根据数据的大小来自动调节圆的大小fill = c(“green”, “yellow”)， # 区域填充色(以两组数据为例，下同)filename = NULL， #指定不输出到屏幕lwd = 2，#圆形...
老师您好，最近读到一篇论文，里面说到：在NCBI数据库检索油棕的基因组数据库，共找到37个被标记为MADS-box基因。请问在NCBI上怎么操作才能有这样的结果呢？谢谢老师
我把微生物数据以txt的形式输入进去，然后把环境数据也输入进去，但是运行的时候总是报错，无论怎么更改参数都是报错的状态
...imap2 是一个通用的序列比对程序，同时适用于二代和三代数据，可将 DNA 或 mRNA 序列与大型参考数据库进行比对。 典型用例包括： 1、将 PacBio 或 Oxford Nanopore 基因组读数映射到基因组 2、发现长读(long reads)之间的重叠，错误...
10x的数据可以使用 cellranger mkfastq 产生，下面的例子是两个样本同一个lane测序拆分后分析；第二个例子是同一个样本两个lane测序，需要合并一起分析； 大家注意文件命名方式，蓝色和红色部分； cellranger命名规则 [Sample Name]_...
...家都不陌生，很多老师也都做过这种实验，但利用转录组数据发高分论文的并不多，假如您对转录组数据深度分析感觉无从下手，文章思路毫无头绪，那么就一起来看看下面这篇今年4月份发表在plant physiology（IF 6.8）的一篇研究...
一、BugBase数据库介绍 1、Bugbase用于预测人体或环境样本中原核微生物的表型，主要包含以下几个方面：革兰氏阴性、革兰氏阳性、耐氧性、生物膜合成、致病潜力、移动元件含量、氧化胁迫耐受等。文章于17年发表在预印本杂...
...的基因， 需要测序数多少才合适呢？ 这个问题可以采用数据来说话。 以人类的Universal Human Reference RNA（来自10个细胞系，增加样本内基因的多样性）为例，分别统计在不同测序量1cell 到 10个cell的情况下，基因和转录本的覆盖情...
我们通过全基因组重测序对2个亲本和多个子代进行了测序，想通过该数据构建遗传图谱，但是看文章发现要先对亲本中缺失和杂合的SNP过滤，这个是如何过滤的？能不能和子代数据一起过滤？