问题 老师好，我可以用windows桌面版的docker在powershell上利用ssh命令链接到服务器进行重测序数据分析嘛，之前直接用笔记本不连服务器感觉电脑要炸了烫的，在服务器安装docker几次都失败了，买了安装课程可是只有windows的安装教程，还是没搞定

问题 基因组注释中重复序列注释

老师好。在重复序列注释同源预测这一步中，数据库没有我想注释的近缘物种的数据，怎么办？植物都可以用拟南芥的吗？

文章 当潜规则遇见科技服务，都是套路

...司分析不行。他们不知道方法可以模仿，结果得尊重客观数据么？人家这样做可以，并不代表你这样做就行。希望这类客户在提售后分析时，请多考虑考虑客观事实，多结合一下自己的实验目的。 5、客户的承诺 说到这一点，...

问题 泛基因家族分析

老师好，我正在进行PAV分析，公司帮我整理的这几个数据和shell中的数据对应不上，我应该怎么处理。具体问题如下：1.两个tsv文件有啥差异。2.shell中的26Pan-genes.list文件对应哪一个文件？是last.gene.pair文件，但是我看内容格...

文章 plink 软件core dumped报错

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 基因/蛋白序列结构图绘制-IBS的使用

...因/蛋白的结构及位置信息，查询网站可以选择以下三个数据库：Ensembl：http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Info/IndexNCBI：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Uniprot：https://www.uniprot.org/有了序列结构信息就可以登录IBS网站绘图了，线上版IBS有三种绘...

问题 多序列比对

我想要将实验测序得到的数据与数据库中两千七百余个基因组进行序列比对、之后再构建进化树。使用Clustal W 但是五六天都只运行了一半..使用MUSCLE方法报错“MUSCLE Log file did not end properly, suggesting an unhandled exception”,请问报错的...

问题 热图绘制需要做几次转换

老师您好，通过分析我现在得到了log2(process/ck)的数据，在绘制热图时，这批数据是否还可以再做一次归一化（scale=row）呢？ 谢谢老师！

问题 群体sv分析

用三代数据sv结果对二代数据进行基因分型，合并两个结果时出现问题，bcftools merge合并的结果，缺失率太大，导致用plink进行pca分析时因缺失率太高无法进行，survivor merge 1000 1 1 0 0 50，合并后样本名减少，并且计算Fst为几个固定...

文章 muscle软件介绍

...章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提...

问题 如何让热图不聚类

老师您好，在基因家族分析转录组数据制成热图这一部分，我希望结果热图不要自动聚类，而是呈现我所输入的数据的默认顺序，请问该如何修改命令呢？谢谢老师解答 如图，我希望每组的CK和A是挨着的，而不是被聚类分开

问题 第一张图是geo直接下载的矩阵文件，是经校准的log数值，而在按照大讲堂标准化处理的课程，我标准化处理后形成的文件不是矩阵类型，而且每个基因的值是 “一串数字；个位数”的格式（如图二所示），请老师解释一下这种数值是什么意思，我应该如何转化成矩阵那样的数据呢？

文章 R语言绘制维恩图空值NA处理

绘制venn图的时候，我们数据的ID中有缺失值，也就是不同的ID行数不一样，需要绘制韦恩图，那么空值就读成了NA，需要去除才行； 数据如下，不同比较组的得到的差异基因ID，需要用R绘制韦恩图： 代码及注意事项如下： l...

问题 基因单倍型分析报错

我想对一个基因进行单倍型分析，但是我没有表型数据以及分组数据。用的课程服务器跑代码之后出现了报错，请问这种情况怎么处理？我需要修改R的代码吗？

文章 好实验从一个好的样本命名开始！

...样本都应遵循同一个命名规则，这样易于排查样品及理解数据结果。4. 不要有特殊字符由于生信分析系统和程序的要求，样品名称中不能有汉字，只能包含字母、数字和“-”，且不能以数字开头，名字长度不能超过8个字符；名...