问题 基因组注释中重复序列注释

老师好。在重复序列注释同源预测这一步中，数据库没有我想注释的近缘物种的数据，怎么办？植物都可以用拟南芥的吗？

文章 Evolview绘制进化树时添加热图

...树“(A:0.1,(B:0.2,(C:0.3,D:0.4)100:0.05)100:0.1)90:0.43;”。 [2].   数据集格式如下： #heatmap !legendTitle Example of heatmap #图例说明 !showLegends 1                       #是否显示图例 0：隐藏，1：显示 #!defaultStrokeColor pink #!default...

文章 怎样画一张曼哈顿图CMplot

...w.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r") 加载示例数据 > data(pig60K)   #calculated p-values by MLM> head(pig60K)          SNP Chromosome Position    trait1     trait2     trait31 ALGA0000009          1    52297 0.77...

文章 R语言按列合并文件，并保持其中一个文件的原有顺序

...欣","小明","小红"),english=c(95,77,59,42)) 用merge()函数将两个数据框合并，最终生成结果顺序发生了变化，且无论math和english顺序是否变化，得到的是一样的结果 c <- merge(math,english)c name math english 1 小亮 64 95 2 小明 76 59 3...

文章 IGV可视化使用

...么    Integrative Genomics Viewer(IGV) 是一款针对高通量测序数据进行可视化的专业软件。如转录组测序Reads与参考基因组序列比对结果，物种参考基因组序列和注释文件，都可使用IGV进行可视化浏览。 它支持各种数据类型，包括基...

问题 老师好，我可以用windows桌面版的docker在powershell上利用ssh命令链接到服务器进行重测序数据分析嘛，之前直接用笔记本不连服务器感觉电脑要炸了烫的，在服务器安装docker几次都失败了，买了安装课程可是只有windows的安装教程，还是没搞定

文章 SNP不能转化成CAPS标记？来试试dCAPS吧！

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

问题 多序列比对

我想要将实验测序得到的数据与数据库中两千七百余个基因组进行序列比对、之后再构建进化树。使用Clustal W 但是五六天都只运行了一半..使用MUSCLE方法报错“MUSCLE Log file did not end properly, suggesting an unhandled exception”,请问报错的...

问题 热图绘制需要做几次转换

老师您好，通过分析我现在得到了log2(process/ck)的数据，在绘制热图时，这批数据是否还可以再做一次归一化（scale=row）呢？ 谢谢老师！

问题 群体sv分析

用三代数据sv结果对二代数据进行基因分型，合并两个结果时出现问题，bcftools merge合并的结果，缺失率太大，导致用plink进行pca分析时因缺失率太高无法进行，survivor merge 1000 1 1 0 0 50，合并后样本名减少，并且计算Fst为几个固定...

问题 如何让热图不聚类

老师您好，在基因家族分析转录组数据制成热图这一部分，我希望结果热图不要自动聚类，而是呈现我所输入的数据的默认顺序，请问该如何修改命令呢？谢谢老师解答 如图，我希望每组的CK和A是挨着的，而不是被聚类分开

文章 R语言绘制维恩图空值NA处理

绘制venn图的时候，我们数据的ID中有缺失值，也就是不同的ID行数不一样，需要绘制韦恩图，那么空值就读成了NA，需要去除才行； 数据如下，不同比较组的得到的差异基因ID，需要用R绘制韦恩图： 代码及注意事项如下： l...

问题 第一张图是geo直接下载的矩阵文件，是经校准的log数值，而在按照大讲堂标准化处理的课程，我标准化处理后形成的文件不是矩阵类型，而且每个基因的值是 “一串数字；个位数”的格式（如图二所示），请老师解释一下这种数值是什么意思，我应该如何转化成矩阵那样的数据呢？

问题 老师好，在基因家族分析课程视频里，鉴定基因家族成员时，里面实操用的是基因组的蛋白质序列（pep文件），然而我自己的实验数据是无参转录组，我想问下，我应该用什么文件来鉴定基因家族成员呢？我看到之前有类似问题的答案是unigene或者蛋白质序列，两者有什么区别呢？

基因家族成员鉴定

文章 plink 软件core dumped报错

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...