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问题 GWAS分析绘制QQ图时,Observed值与Expected值相差较大

老师您好,想请教您个问题,我有两年数据,两年合在一起的数据和20220年数据分析正常,但是2025年的数据分析异常,用tassel分析了一般线性模型和混合线性模型,用GEMMA做了一般线性模型,结果都如图所示,运算脚本 tassel GLM...

文章 6个转录组发了BMC genomics,人家是怎么写的?

...,共测序18个转录组。该部分写作也很套路,介绍了测序数据及unigenes组装、功能注释情况。 3. 橡胶树转录组差异表达分析 作者比较了不同发育阶段愈伤组织及不同状态的愈伤组织的差异基因。 进一步又按照上调和下调分析...

文章 TCGAbiolinks 错误 Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later

 在采用TCGAbiolinks 下载TCGA数据时,有时候会出现“Error in value[[3L]](cond) :    GDC server down, try to use this package later”的错误。 这个错误一般不会出现,除非GDC的网站有问题,检测方法有两种: 1.  在R中运行如下命令: > Genom...

文章 linux下替换文件中的换行符

...却发现没有任何效果,百度之后发现 sed是按行处理文本数据的,每次处理一行数据后,都会在行尾自动添加trailing newline。 如果非要使用sed命令,实现替换file文本内容的换行符为空的话,那么就要了解sed的分支条件命令,以及...

问题 生存分析报错

重复一次 我再到r里重复了两次,这次还出现直接报错它说什么外接函数不能有NA,难道是临床数据的两个days下面有NA的原因我用课件里提供的数据也仍然会报错 意思好像就是迭代次数不对还是怎么的,求求老师解答

问题 illumina芯片矫正

...问怎么矫正?不知道老师有没有发现这个问题  我选的数据 课上的例子数据

问题 tassel报错,[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0,软件运行有些表型数据时无问题,但大部分表型数据运行时出现该错误

[Thread-9] INFO net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Starting net.maizegenetics.analysis.filter.FilterTaxaBuilderPlugin: time: Feb 16, 2024 15:09:50 [Thread-9] INFO net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin -  FilterTaxaBuilderPlugin Parameters filterName: Filter minNotMissing: 0.0 mi...

文章 awk批量输出不同分类内容至不同文件

一次性 利用 awk 将文件内分属不同类型的数据输入到不同的文件中。结合分类命名文件,批量完成。 以下方数据为例:数据以tab分隔,基于第二列新型分属不同类别,基于这些分类将数据拆分  写入不同文件。 Sme2.5_00225.1_g0000...

问题 老师您好,我这个是双通道芯片,我把read.maimages的所有source都试了一遍,还是不能把原始文件读进来

我还想问一下,双通道芯片的数据可以只把处理组的单通道数据提取出来和其他平台的芯片数据合并分析嘛?

文章 monocle3分析结果解读

...经过了重新设计,使之可以用于分析大型、复杂的单细胞数据集。Monocle 3的核心算法具有高度可扩展性,可以处理数百万个细胞。软件主要可以执行三类分析:1)细胞降维聚类、分群和计数,当然,Monocle3也可以直接导入Seurat的...

文章 Evolview绘制进化树时添加热图

...树“(A:0.1,(B:0.2,(C:0.3,D:0.4)100:0.05)100:0.1)90:0.43;”。 [2].   数据集格式如下: #heatmap !legendTitle Example of heatmap #图例说明 !showLegends 1                       #是否显示图例 0:隐藏,1:显示 #!defaultStrokeColor pink #!default...

文章 SNP不能转化成CAPS标记?来试试dCAPS吧!

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

文章 项目管理软件的应用现状与发展趋势

...件以企业管理需求为基础,以IT技术为支撑,为企业提供数据信息的综合管理办法。随着项目管理思想逐步被接受,市面上涌现出越来越多的管理软件出现在公众的面前,如雨后春笋般层出不穷,一时间“管理软件”名声大噪。...

文章 怎样画一张曼哈顿图CMplot

...w.githubusercontent.com/YinLiLin/R-CMplot/master/R/CMplot.r") 加载示例数据 > data(pig60K)   #calculated p-values by MLM> head(pig60K)          SNP Chromosome Position    trait1     trait2     trait31 ALGA0000009          1    52297 0.77...

问题 老师,我提取cds ,pep用基因的ID,作为序列的ID命令。运行出来"No such file or directory; can't open file ./.longest_isoform.gff3"但是我打开输出文件看是有数据的。是不是不用管No such file or direc...提示

下面是运行图和输出文件