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文章 紧扣前沿热点--多种研究培训，总有你需要的！

后基因组时代，生物科研圈最大的矛盾是：与日俱增的数据量和科研人员处理数据的能力不足之间的矛盾。所以，谁会生物信息分析，谁能处理基因数据谁就是课题组最靓的仔！ 今年暑期（7月底开始）组学大讲堂为大家准备了...

文章 TCGA 拷贝数变异下载 CNA

#Masked Copy Number Segment, 此表是在上面数据上过滤掉了一些与生殖和性染色体相关的数据。#Copy Number Segmentation， 得到一个基因区间和此区间的拷贝数的表，共6列。最后一列Segment_Mean值就是 log2(copy_number/ 2), 正常来说人是二倍...

文章 小麦TCP基因家族分析文献解读及原文献下载

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，...

问题 老师，我的文本矩阵中已经全部是数值型数据了，没有NA的形式，在运行简单热图代码pheatmap(ORFs)时可以成功；但是在标准化后在运行热图代码pheatmap（ORFs,scale = "row"）时就显示了和之前同样的下列错误，这是为什么呢？麻烦老师，多谢啦。

新：Species_ORFs_heatmap.R                Perl_result5_revise              旧： Perl_result5_revise     genus_ORFs_heatmap.R

文章 2022年基因家族第1篇—大型动物基因家族分析怎么写？！

...动物进行了全基因组水平鉴定和进化分析，并利用转录组数据和qPCR分析了牛脂肪细胞分化过程中不同组织和阶段的表达谱为进一步阐明Wnt蛋白在脂肪细胞分化中的潜在功能奠定基础。 文章内容 1. 牛科Wnt蛋白家族家族鉴定 作...

问题 GWAS分析绘制QQ图时，Observed值与Expected值相差较大

老师您好，想请教您个问题，我有两年数据，两年合在一起的数据和20220年数据分析正常，但是2025年的数据分析异常，用tassel分析了一般线性模型和混合线性模型，用GEMMA做了一般线性模型，结果都如图所示，运算脚本 tassel GLM...

文章 6个转录组发了BMC genomics，人家是怎么写的？

...，共测序18个转录组。该部分写作也很套路，介绍了测序数据及unigenes组装、功能注释情况。 3. 橡胶树转录组差异表达分析 作者比较了不同发育阶段愈伤组织及不同状态的愈伤组织的差异基因。 进一步又按照上调和下调分析...

文章 TCGAbiolinks 错误 Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later

 在采用TCGAbiolinks 下载TCGA数据时，有时候会出现“Error in value[[3L]](cond) :    GDC server down, try to use this package later”的错误。 这个错误一般不会出现，除非GDC的网站有问题，检测方法有两种： 1.  在R中运行如下命令： > Genom...

问题 tassel报错，[Thread-9] ERROR net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - 0，软件运行有些表型数据时无问题，但大部分表型数据运行时出现该错误

[Thread-9] INFO net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin - Starting net.maizegenetics.analysis.filter.FilterTaxaBuilderPlugin: time: Feb 16, 2024 15:09:50 [Thread-9] INFO net.maizegenetics.plugindef.AbstractPlugin -  FilterTaxaBuilderPlugin Parameters filterName: Filter minNotMissing: 0.0 mi...

文章 linux下替换文件中的换行符

...却发现没有任何效果，百度之后发现 sed是按行处理文本数据的，每次处理一行数据后，都会在行尾自动添加trailing newline。 如果非要使用sed命令，实现替换file文本内容的换行符为空的话，那么就要了解sed的分支条件命令，以及...

问题 生存分析报错

重复一次 我再到r里重复了两次，这次还出现直接报错它说什么外接函数不能有NA，难道是临床数据的两个days下面有NA的原因我用课件里提供的数据也仍然会报错 意思好像就是迭代次数不对还是怎么的，求求老师解答

问题 illumina芯片矫正

...问怎么矫正？不知道老师有没有发现这个问题  我选的数据 课上的例子数据

文章 awk批量输出不同分类内容至不同文件

一次性 利用 awk 将文件内分属不同类型的数据输入到不同的文件中。结合分类命名文件，批量完成。 以下方数据为例：数据以tab分隔，基于第二列新型分属不同类别，基于这些分类将数据拆分  写入不同文件。 Sme2.5_00225.1_g0000...

文章 monocle3分析结果解读

...经过了重新设计，使之可以用于分析大型、复杂的单细胞数据集。Monocle 3的核心算法具有高度可扩展性，可以处理数百万个细胞。软件主要可以执行三类分析：1）细胞降维聚类、分群和计数，当然，Monocle3也可以直接导入Seurat的...

问题 老师您好，我这个是双通道芯片，我把read.maimages的所有source都试了一遍，还是不能把原始文件读进来

我还想问一下，双通道芯片的数据可以只把处理组的单通道数据提取出来和其他平台的芯片数据合并分析嘛？