WGCNA分析进行模块和性状相关性分析时，trait文件如何做？ 例如以下面paper中的图为例 实验设计是：选取了两个大豆品种做转录组分析，分别是：大籽粒Wandou 28 (V1)，小籽粒Peixian Layanghuang (V2)，取样时期为三个时期：seed set (S1), ...
...，在取样时样品的处理很重要，处理之间（或者表型差异比较大）对差异基因的数量影响很大。 第二：生物学重复之间的相关性（也就是重复性），生物学重复之间的相关性越高，样品间的相似性就越高，组内的差异小于组...
...南瓜CDS序列进行blast比对得到转运mRNA基因ID。 两种方法比较 综合来看，两种方法思路类似，但也各有千秋，在基因组重建过程中，第一篇方法中多了物种特异基因组装过程这一步，而本篇文章在RNA数据比对时引入SNP概念也是...
... 1 M，一些裸子植物超过 4 M）。细胞器基因组序列本身就比较短，重复序列也比较简单，分类方式不像核基因组那么复杂。一、细胞器基因组重复序列分类串联重复序列（tandem repeats），由重复单元首尾相连、成簇排列而成。简...
...体内两种不同的调控功能的生物学功能的观点。进而通过比较基因组学的方法，深入研究了HKT基因家族的分组分类和保守特性，发掘了该基因家族的功能特征。本研究为HKT在植物生长发育中相关胁迫应答和培育改良抗性品种奠定...
...到两个相关性较高的模块，模块1（基因数量20932 相关系数0.91，p值0.002），模块2（基因数量539 相关系数-0.89，p值0.003）.。 1、相关性高的模块基因数量占了三分之二，这个合理么？是不是低丰度的基因多，所以...
SMART（http://smart.embl.de/）是我们常用来进行domain搜索和蛋白质注释的数据库，它集成了很多蛋白结构预测和功能分析的工具，比如可以预测蛋白的一些二级结构：跨膜区（Transmembrane segments）、复合螺旋区（coiled coil regions）、信...
老师您好，之前我问过出现找不到基因的原因，您让我简化一下ID，https://www.omicsclass.com/question/5477。我简化后还是出现如下报错： 后来我先画了2个物种，可以出来图，再画了3个物种，也可以出来，，增加到4个物种时就又开...
...enn(Sets=StemCell[1:2])plot(w, type="squares") 组别标签位置进行调整 可以基于VennGetSetLabels 和VennSetSetLabels 进行，前者获取当前绘图对象的Set标签的位置，进行修改后，利用后者整合到绘图对象中，重新绘图 获取组别标签的位置信息...
...过R包“randomForest”建立肠道菌群与婴儿年龄的随机森林回归模型(random forest regression model)，最终找到了20个与婴儿年龄相关的重要OTU。上图a，通过交叉验证筛选了20个显著的OTU。上图b，热图展示这20个物种平均相对丰度随着婴儿...
...都是轻链？ 答：因为抗体重链在抗结合活性和结构方面比较重要，所以链置换策略常采用轻链替换，以尽量避免链替换后抗体结合特异性发生变化。 2、抗体库技术与单、多抗技术相比，有何优劣？ 答：优势：抗体库技术...