文章 stack的利用

...数据。下面是一个使用栈来判断一个字符串中的括号是否匹配的例子： def is_matching_parentheses(string): stack = [] for char in string: if char == '(': stack.append(char) elif char == ')': if len(stack) == 0 or stack.pop() !=...

问题 python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性时，运行里面的例子时，出现报错信息

文章 fastq文件查看指定序列

..." -C 4 >xm8-2.txt & 其中zcat可以查看fastq压缩文件，grep 匹配序列ID，参数 -C 4 可以输出匹配行的前后四行。

文章 对水稻做GO和KEGG富集分析，如何获取水稻的数据库？

...是下载不到的，有两种解决办法： 一种是利用AnnotationHub在线检索抓取OrgDb, 但是这些包是用ENTREZID，需要先将RAP-DB或者MSU转为ENTREZID才行 library(AnnotationHub) hub <- AnnotationHub() # 检索水稻相关 OrgDb query(hub, c("Oryza sativa", "OrgDb")...

问题 重测序分析

老师您好，我的重测序数据是NCBI上下载的，数据质控的时候没有reads1和reads2之分， 因此代码总是报错，请问老师：网上下载的数据如何进行数据质控？

文章 python版本MCScanX分析方法

python版本MCScanX分析方法，仅供参考： Genomic synteny among C. annuum, C.chinenese and C.baccatum The genomes of C. annuum, C.chinenese and C.baccatum were retrieved from PGP (http://peppergenome.snu.ac.kr/download.php).The C. annuum genome was compared to C.chinenese and C.baccatum...

文章 正则常见技巧

1. 非贪婪匹配 默认情况下，正则表达式是“贪婪”的，这意味着它们会尽可能匹配更多的字符。 示例： <div>这是内容1</div><div>这是内容2</div> 贪婪匹配：使用<div>.*</div>将匹配整个文本，因为.和*...

文章 群体遗传进化分析用MEGA

...他很多种分析，例如核苷酸序列和蛋白质序列相互转换，在线blast等等，相关的使用说明可以在MEGA官方网站获得，目前MEGA版本已经更新至7.0，能满足分子遗传进行化绝大部分分析的需求。 小贴士 给出一个小贴士：出现在MEGA...

文章 silva做菌种鉴定

...NA基因序列（简称LSU，即23S和28SrRNA）。目前其最新数据库版本为SILVA SSU andLSU databases 128，更新时间为2016年9月29日，最新版本数据库包含的数据信息见下表1所示。 表1 SILVA SSU andLSU databases 128数据库基本参数信息  SSU参考序列SSU...

问题 求老师帮助，在docker里下载镜像时报错

下载镜像时报错Error response from daemon: Get "https://registry-1.docker.io/v2/": net/http: TLS handshake timeout 昨天下载过一次，那次没有报错，只是下载时间过长，一晚上了还没有好，就关掉了，今天再下载就报错了，该怎么办呢老师

文章 linux行列互换

...上执行正常，在Mac上执行无效，原因是因为Mac上的sed是BSD版本，Linux上的是Gnu版本，在Mac上需要使用sed -e 's/ /\'$'\n/g' file.txt 5、awk '{for(i=1;i<=NF;i++)print $i}' file.txt 列转行 样例文件如下 cat file.txt a b c d e f 1、cat file.txt | tr "\n" ...

问题 python版本mcscan出错

我在运行python -m jcvi.graphics.karyotype seqids layout时报错，不知道该怎么解决

文章 如何鉴定长距离运输的mRNA?

...接接穗和根转录组合并而来的reads进行blastn比对，不完美匹配的reads（至少存在2个及以上SNP）再次和重建后的南瓜基因组进行比对，比对上的reads用于后续分析； （3）经过以上多次比对，在步骤2中的再次和南瓜基因组匹配的read...

文章 GATK4

...提供了完整的分析流程，叫做GATK Best Practices。目前最新版本文为4.1.2.0, 叫做GATK4。 和之前的版本相比，GATK4在算法上进行了优化，运行速率有所提高，而且整合了picard 软件的功能。GATK4基于java 语言开发的，需要java 1.8 版本。下...

文章 SignalP：信号肽预测工具

...物都可以进行预测。目前服务器提供的是SignalP 5.0版本。在线服务器网址：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ A．序列输入方式： 有两种方式：一种是直接输入FASTA格式的氨基酸序列，可以是一条也可以是多条；另一种是本地上传...