问题 基因家族分析中基因家族成员的筛选与取舍如何判断？

...章中的利用hmm文件也就是对应基因家族的隐马尔科夫模型筛选得到一个蛋白序列，另外我又采取blast的方式将我要研究的这个物种和其他几个物种的该基因家族序列信息进行比对，获得另一个蛋白序列文件，现在想将二者进行合...

问题 手动筛选100kb以内的串联重复，两条染色体的起始位置有点重复

请问老师这该怎么解决

问题 如何通过GWAS的曼哈顿图结果筛选基因？

目前已经知道了p值显著的位点信息（几号染色体及位置），下一步该如何做呢？是要去参考基因组的gff文件中找到snp位点附近是否有基因吗，获得基因编号后要去什么文件中进行检索，不知道文章中曼哈顿图上标注的基因都是...

问题 基因家族鉴定中时，linux操作中蛋白结构域value值筛选蛋白的脚本生成的？

问题 转录组筛选差异表达基因时的Log2FC和FDR值是什么意思？可以自己调吗？

转录组筛选差异表达基因时的Log2FC和FDR值是什么意思？可以自己调吗？

问题 请问差异代谢物数量过多能否调高筛选条件？最大能提高多少？

利用VIP>1；p<0.05筛选出的差异代谢物数量太多了，能不能吧VIP的阈值提高至1.3或者1.5呢？

文章 判断GEO芯片数据是双通道还是单通道

基因芯片分双通道芯片和单通道芯片，GEO数据库上的芯片多数是寡聚核苷酸芯片 对应单通道芯片，但是也有部分芯片数据是属于双通道芯片（cDNA芯片），二者分析方法具有差异，进行数据下载之前要对数据进行了解。 1、搜索...

问题 拟时分析筛选出的差异基因数量太少，有没有可以调整的参数去增加筛选数量

问题 wgcna得到模块后如何根据目的基因有关的tom值排序筛选候选基因呢

看到的教程里都是直接选模块中连接值top,想知道具体如何通过已知的目的基因得到比如tom值排序前30的候选基因。希望老师能贴一下代码

问题 老师，我在重新描述一下问题，mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对，数目不一样，是不同算法的不同结果是吗？做CIRCOS时， 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗？我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。

问题 老师，我在重新描述一下问题，mascanx方法和BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对，数目不一样，是不同算法的不同结果是吗？做CIRCOS圈图时， 可以用BLAST计算KAKS时筛选到的Segmental和Tandom加倍基因对来做吗？我BLAST方法筛出来的串联重复等数目更多一些。

问题 如何从已知的基因组里对特定通路上的基因进行筛选鉴定？

目前想研究果实上一条代谢通路上的两个关键基因，想鉴定一下这两个基因，找出这两个基因的所有成员有哪些再进行荧光定量观察其表达模式。果实有已知的基因组，但是怎么从基因组里鉴定这两个基因的成员不会操作？

文章 利用Hiplot网站进行热图绘制

...介绍如何在Hiplot网站中绘制热图，只需要导入固定格式的数据文件，就可快速输出聚类热图。 绘制热图是Hiplot的基础模块功能之一，除此之外，也可以绘制转录组数据分析中常用的主成分分析图、气泡图、基因聚类图、火山图...

文章 vcf格式文件基础知识与编辑操作详解

...示缺失；AD 两种碱基各自支持的碱基数量，用","分开两个数据，分别代表两个等位基因的深度；DP 该样品该变异位点的测序深度总和，也就是AD两个数字的和；PL 归一化后各基因型的可能性，通常有三个数字用','隔开，顺序对应A...

问题 您好，我想问下如果我的基因家族有两个结构域，两个pfam号，我应该怎么筛选呢？？