文章 GeneDoc绘制漂亮的多重序列比对图

由于软件的功能限制，一些比对软件生成的比对文件，如Clustalx的*.aln文件，可读性差，无法满足高质量期刊的要求。因此，在实际操作过程中，需要对一些多重序列比对的文件进行着色美化。 GeneDoc简介 GeneDoc是蛋白质和DNA序...

文章 做韦恩图？自己搞定！

...下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）...

问题 按照 08.R语言数据reshape-长型数据与宽型数据转换-方便数据后续分析 课中的代码敲，报错了

是我哪个包没安装吗？

问题 你好老师，我是首次接触家族基因分析，数据从ncbi下载，想要转换一下格式，使用你的脚本，出现这个情况，该怎么办呀？

文章 SNP不能转化成CAPS标记？来试试dCAPS吧！

...下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）...

文章 基因别名alias转换成官方symbol

...程： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件...

文章 IF=4.9 | 多倍体割手密IAA基因家族分析鉴定

...中鉴定出92个IAA家族成员，分布在32条（4n）染色体上，并基于系统发育和motif分为三个组，进行基因家族扩张分析。通过顺式作用元件预测了参与植物激素调节和应激反应的启动子，以及q-PCR实验室功能验证中，在盐胁迫和冷胁...

问题 GWAS分析转换hapmap格式报错

问题 请问老师怎么将NCBI里的gbff文件转化为gff格式的文件，因为里面找不到gff文件

文章 植物代谢通路注释+基因表达可视化神器--Mapman

你可以对基因进行功能注释，分析其功能分类以及相关的通路信息，你也能分析基因的表达谱数据，但是你知道如何将二者进行结合吗？在功能分类或者通路图上显示出基因的表达数据？有一个工具可以做到——Mapman！ (官方网...

文章 Linux批量修改文件名

...me命令 rename命令用字符串替换的方式批量改变文件名。 格式：rename  原名  替换名  要改的文件  原字符串：将文件名需要替换的字符串； 目标字符串：将文件名中含有的原字符替换成目标字符串； 文件：指定要改变文件名...

文章 notepad++显示所有字符（隐藏的回车换行空格）转换CRLF

...定也没有改变）。在C语言中，运行库会在显示时把LF自动转换为CR+LF（注意是运行库，而不是编译器，所以即使打开EXE文件，找到对应的位置，只能找到一个0x0A的LF，而没有CRUNIX/Linux使用的是LF（0x0A）DOS/Windows一直使用的是CRLF（0...

文章 如何预测CpG岛

...核苷酸的区域，通常位于基因的启动子附近。其定义主要基于以下几个特征：高CpG含量、高于预期的CpG观察值与期望值比、相对较长的长度以及通常处于未甲基化状态。这些特征使得CpG岛成为基因启动子区域和调控元件的常见位...

文章 IF=13.80 | 岗巴羊胃肠道微生物群落动态变化及其在植物生物量降解中的功能分析

...污染率<10%）。将上述MAGs与以往研究的MAGs合并注释，并基于dbCAN和CAZy数据库进行功能注释，聚焦于纤维素酶、半纤维素酶及果胶酶的功能类别。该研究为解析岗巴羊肠道微生物在高海拔环境中的功能特性提供了重要数据支撑，...

文章 如何下载TCGA中指定Primary Site的样本数据

...采用TCGAbiolinks 去下载GDC上的TCGA数据。但是最近有学员想基于“Primary Site” 筛选一下样本，只对其中的一种类型进行分析。 如下图所示： 我查看了一下TCGAbiolinks的文档，发现该软件包不支持对Primary Site的筛选。既然GDC官方网...