问题 老师您好！lumi包读取文件出错。Error in gregexpr("\t", dataLine1)[[1]] : 下标出界

老师您好！我购买了不同芯片平台数据处理的课题。但是之前读取安捷伦双色通道的时候，自己的数据读取不出（格式不对）。今天读illumina的文件，又读取不出。 课堂提供的代码和例子是没有问题的。下面分别是报错、例子...

问题 差异蛋白的挑选

想请教下，我获取的质谱数据处理出来的蛋白counts数据，能不能用edger包作差异，我没有再对他标准化，因为已经处理好多遍了。理论上转录组和蛋白组不会差那么多吧。

问题 如何查找某一种功能基因，比如所有的热激蛋白基因，并确定基因数目？

刚刚开始分析我的转录组数据，菜鸟一枚。我用hsp和heat shock protein这两个词搜索过我的注释的差异基因数据，得到了一些热激蛋白基因。但是许多gene-id都注释为同一个基因名称，而且gene-id比对到同一个NR ID，那请问在分析转录...

问题 老师您好，群体结构分析自己的数据时，进行到文件格式转换那一步遇到了问题，报错写的是要将vcf文件正常排序，我自己在网上找到了相应的脚本，却不能正常运行，报错写的是不能生成JAVA虚拟机，我的脚本是不是有什么问题呀，这个应该怎么解决呀

文章 cytoscape软件安装与使用-绘制蛋白互作网络图

...使用，网络图绘制，分析等等 2.1 网络导入 导入网络数据，为txt文件两列数据就可以，如果是蛋白互作网络关系，可以从STRING数据库得到：https://www.omicsclass.com/article/1126 文件准备好之后可以导入网络了，方法： 设置网络的...

文章 clusterProfiler做非模式物种的功能注释

转录组数据分析基因的差异表达，找到差异表达基因之后，一般都需要看看一看基因的功能。比较常见方法就是查看基因的GO，KEGG注释和富集情况。 我在《转录组数据分析》课程中推荐大家采用clusterProfiler。这个软件目前能支...

文章 蛋白质组和转录组相关性图绘制

...tein_id # 共有ID common_id <- intersect(gene_ids,protein_id) # 提取数据列表 dep_common = dep[dep$protein_id %in% common_id,c('protein_id','logFC','P.Value')] colnames(dep_common) <- c('protein_id','logFC_p','FDR_p') dep_common$regulate_p = as.factor(ifelse(dep_common$FDR_p < dep_f...

文章 SNP 过滤标准保证数据质量及参考文献：

最近有审稿人问我们的SNP过滤标准的合理解释，这里总结一下相关的参考文献和标准的出处； 1.深度过滤depth：     测序量低建议最低4X，测序量大建议10X以上保证质量；最高深度不要超过1000X     例如：1）猪这篇文章报道...

文章 施一公：如何提高英文的科研写作能力

...．写科研论文，最重要的是逻辑。逻辑的形成来自对实验数据的总体分析。必须先讨论出一套清晰的思路，然后按照思路来做图(Figures)，最后才能执笔。 3．具体写作时，先按照思路（即Figures）写一个以subheading为主的框架，...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol。

GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。 脚本如下： use strict;use warnings;print STDERR "gene symbol column number: ";my $geneSymbolCol=<STDIN>;chomp($geneSymbolCol);$geneSymbolCol--;my $expF...

问题 R语言分析GEO数据，您好老师，19年参加培训的时候就是用的R3.6.1，自己运行出现如下报错

> boxplot(AffyBatch,col = cols,xaxt="n") Error in getCdfInfo(object) : Could not obtain CDF environment, problems encountered: Specified environment does not contain HuRSTA-2a520709 Library - package hursta2a520709cdf not installed Bioconductor - hursta2a520709cdf not available > options(Bi...

文章 Windows远程桌面设置及使用方法

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 blastall 参数详细说明

...-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称-d: 搜索的数据库名称-i : 要查询的序列文件名(Query File)-e:(数学)期望值(Expectation value)，E值是个统计阈值，缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越小...

问题 基因结构

..._info.gff 生成的文件，但是在Gene Structure Display Server中整个数据选中文件后生成的图案是这样的 但是单独选中几个数据是可以做出正常图片的， 但是他们的bp大小不同，所以不能一个一个这样弄，麻烦老师看一下是哪里的问题...

文章 deepseek绘图之--系统发育树

...模型的介入彻底改变了这一局面。只需提供您的群体遗传数据（如Newick/NEXUS格式的树文件），并用自然语言描述定制需求（如标注群体分组），AI即可自动生成"端到端"绘图脚本：从数据解析（处理缺失数据、优化分支布局）、...