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文章 clusterProfiler做非模式物种的功能注释

转录组数据分析基因的差异表达，找到差异表达基因之后，一般都需要看看一看基因的功能。比较常见方法就是查看基因的GO，KEGG注释和富集情况。 我在《转录组数据分析》课程中推荐大家采用clusterProfiler。这个软件目前能支...

文章 SNP 过滤标准保证数据质量及参考文献：

最近有审稿人问我们的SNP过滤标准的合理解释，这里总结一下相关的参考文献和标准的出处； 1.深度过滤depth：     测序量低建议最低4X，测序量大建议10X以上保证质量；最高深度不要超过1000X     例如：1）猪这篇文章报道...

文章 施一公：如何提高英文的科研写作能力

...．写科研论文，最重要的是逻辑。逻辑的形成来自对实验数据的总体分析。必须先讨论出一套清晰的思路，然后按照思路来做图(Figures)，最后才能执笔。 3．具体写作时，先按照思路（即Figures）写一个以subheading为主的框架，...

问题 GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol。

GEO数据库下载的表达矩阵转换成genesymbol时报错。perl脚本。请问perl脚本的问题出在哪？需要怎么修改。 脚本如下： use strict;use warnings;print STDERR "gene symbol column number: ";my $geneSymbolCol=<STDIN>;chomp($geneSymbolCol);$geneSymbolCol--;my $expF...

问题 基因结构

..._info.gff 生成的文件，但是在Gene Structure Display Server中整个数据选中文件后生成的图案是这样的 但是单独选中几个数据是可以做出正常图片的， 但是他们的bp大小不同，所以不能一个一个这样弄，麻烦老师看一下是哪里的问题...

问题 R语言分析GEO数据，您好老师，19年参加培训的时候就是用的R3.6.1，自己运行出现如下报错

> boxplot(AffyBatch,col = cols,xaxt="n") Error in getCdfInfo(object) : Could not obtain CDF environment, problems encountered: Specified environment does not contain HuRSTA-2a520709 Library - package hursta2a520709cdf not installed Bioconductor - hursta2a520709cdf not available > options(Bi...

文章 Windows远程桌面设置及使用方法

...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 blastall 参数详细说明

...-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称-d: 搜索的数据库名称-i : 要查询的序列文件名(Query File)-e:(数学)期望值(Expectation value)，E值是个统计阈值，缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越小...

文章 紧扣前沿热点--多种研究培训，总有你需要的！

后基因组时代，生物科研圈最大的矛盾是：与日俱增的数据量和科研人员处理数据的能力不足之间的矛盾。所以，谁会生物信息分析，谁能处理基因数据谁就是课题组最靓的仔！ 今年暑期（7月底开始）组学大讲堂为大家准备了...

文章 deepseek绘图之--系统发育树

...模型的介入彻底改变了这一局面。只需提供您的群体遗传数据（如Newick/NEXUS格式的树文件），并用自然语言描述定制需求（如标注群体分组），AI即可自动生成"端到端"绘图脚本：从数据解析（处理缺失数据、优化分支布局）、...

文章 TCGA 拷贝数变异下载 CNA

#Masked Copy Number Segment, 此表是在上面数据上过滤掉了一些与生殖和性染色体相关的数据。#Copy Number Segmentation， 得到一个基因区间和此区间的拷贝数的表，共6列。最后一列Segment_Mean值就是 log2(copy_number/ 2), 正常来说人是二倍...

文章 蛋白质组和转录组相关性图绘制

...tein_id # 共有ID common_id <- intersect(gene_ids,protein_id) # 提取数据列表 dep_common = dep[dep$protein_id %in% common_id,c('protein_id','logFC','P.Value')] colnames(dep_common) <- c('protein_id','logFC_p','FDR_p') dep_common$regulate_p = as.factor(ifelse(dep_common$FDR_p < dep_f...

文章 小麦TCP基因家族分析文献解读及原文献下载

... 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，...

问题 老师，我的文本矩阵中已经全部是数值型数据了，没有NA的形式，在运行简单热图代码pheatmap(ORFs)时可以成功；但是在标准化后在运行热图代码pheatmap（ORFs,scale = "row"）时就显示了和之前同样的下列错误，这是为什么呢？麻烦老师，多谢啦。

新：Species_ORFs_heatmap.R                Perl_result5_revise              旧： Perl_result5_revise     genus_ORFs_heatmap.R

文章 2022年基因家族第1篇—大型动物基因家族分析怎么写？！

...动物进行了全基因组水平鉴定和进化分析，并利用转录组数据和qPCR分析了牛脂肪细胞分化过程中不同组织和阶段的表达谱为进一步阐明Wnt蛋白在脂肪细胞分化中的潜在功能奠定基础。 文章内容 1. 牛科Wnt蛋白家族家族鉴定 作...