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问题 老师您好,我在使用组学大讲堂docker镜像进行转录组分析时遇到问题

使用get_gene_length_from_gtf.py这脚本生成gene_length文件时,发生以下错误: raceback (most recent call last):  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 50, in <module&gt;    kvs=get_value(tmp[8])  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 37, in get_value    k=g.group(...

文章 教你轻松搞定各种柱状图

...柱状图和图形类型,如下图所示: 2.创建之后会弹出一表格,将数据输入表格即可,例如我的数据如下: 数据填入表格: 3.最后只需要点击下图红框中Data 1,就会显示出我们想要的柱状图了,软件会自动计算平均值和...

文章 二叉树算法介绍

...着广泛的应用。本文将对二叉树进行简要介绍,并给出几实际应用的例子。 一、二叉树简介 二叉树是一种树形数据结构,其中每节点最多只有两子节点,通常称为左子节点和右子节点。二叉树具有以下特点: 每节点...

文章 SignalP:信号肽预测工具

...务器提供的是SignalP 5.0版本。在线服务器网址:http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ A.序列输入方式: 有两种方式:一种是直接输入FASTA格式的氨基酸序列,可以是一条也可以是多条;另一种是本地上传包含含有FASTA格式序列的文...

文章 r绘图0不在原点的问题

使用plot画图的时候,只是设定xy轴范围仍然在0之前会有一小段多出来的范围 例如:plot(runif(10,0,10),type="l",xlim=c(0,10),ylim=c(0,10)) 使用:xaxs/yaxs="i" 代码即可解决 例如:plot(runif(10,0,10),type="l",xlim=c(0,10),ylim=c(0,10),yaxs="i",xaxs="i") 同...

文章 COX 生存分析模型

基本概念 在介绍Cox回归模型之前,先介绍几有关的概念。 1.生存函数 具有变量                                     的观察对象的生存时间 大于某时刻  的概率,                                    称为生存函...

文章 MCScanX 安装报错,支持64位系统

 MCScanX 安装问题: make报错: g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanXmsa.cc: In function ‘void msa_main(const char*)’:msa.cc:289:22: error: ‘chdir’ was not declared in this scope     if (chdir(html_fn)<0)    ...

文章 脱发、失眠、焦虑、不敢玩、不敢休息......考研人太南了!

...直就是最焦虑的一群人,   头发一抓掉一把不说,过双11都是提心吊胆的,不敢玩儿命刷淘宝、不敢休息、不敢浪,稍微放松玩一下,心中又满满的罪恶感。   颜值、发量、体重.....全面崩盘   之前有谣言说一旦开...

问题 转录组自主分析map出现问题

...rts[] array: 1010748, 1017096Error: Encountered internal HISAT2 exception (#1)Command: /biosoft/hisat2-2.1.0/hisat2-align-s --wrapper basic-0 -p 1 --rg-id=SRR5710698 --rg SM:SRR5710698 --rg LB:SRR5710698 --rg PL:ILLUMINA -x /work/ref/Bamboo.HIC.genome --dta --rna-strandness ...

文章 如何用R语言绘制进化树+热图

...、准备文件: 树文件:nwk格式:tree.nwk 脚本:tree_heatmap_plot.r 脚本代码: #!/usr/bin/env Rscript library(getopt) library(ggtree) library(EBImage) library(ggplot2) library(stringr) library(reshape2) spec <- matrix(c( 'help', 'h', 0, "logi...

问题 蛋白序列ID和cds序列ID不一致

... 下面是cds序列 下面是gff文件 获取基因与mRNA的对应关系perl script/mRNAid_to_geneid.pl Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 mRNA2geneID.txt,提取到的ID=Zm00001d027240_T001,而在hmm搜索的结果ID=Zm00001d027240_P001,在去除重复的hmmer搜索的转录本ID时,ID...

文章 非小细胞肺癌(GSE148071)

数据下载: wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE148071&amp;format=file" -O GSE148071_RAW.tartar xvf GSE148071_RAW.tar 数据map.txt 准备: GSM4453576 P1 71 female LUSC advanced GSM4453577 P2 62 male LUAD advanced GSM4453578 P3 67 male LUSC advanced GSM4453579...

问题 宏基因组单独组装后的contigs需要注明来源以构建基因丰度表,混合组装呢

for i in tail -n+2 $datafile/metadata_WRGB.txt|cut -f1 unmap;do sed -r "s/&gt;([^ ]*)/&gt;${i}_\1/g" $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_full.fa &gt; $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa mv -f $workdir/5.pred_cluster/pred_result/${i}_renamed.fa $workdir/5.pred_cluster/pred_resul...

文章 Scanpy数据结构:AnnData

AnnData是python中存储单细胞数据的一种格式 1. AnnData数据结构: 主要包含四slots:X(数据矩阵): 存储单细胞数据的核心矩阵,通常是一二维数组,其中行表示细胞,列表示特征(基因或其他测量值)。obs(观测信息): ...

文章 华科研究生跳楼自杀!导师的压榨有多可怕?

今日,学霸姐姐在刷微博的时候,看到了一热搜“华中科技大学研究生”,本以为又是开学季新学年新气象,然而没想到,这是一沉重的悲剧。事情是这样的:9月2日,华中科技大学计算机专业的一名2016级研究生陈某跳楼自...