文章 关于miRNA你知道多少？

...胞生长和发育过程的调节过程中起多种作用。 二、miRNA数据库 1.miRBase序列数据库是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一，提供公布的miRNA序列及注释信息。 2.miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标...

文章 转录组扫盲篇

...样才能更好的进行实验设计以及样品准备。 拿到转录组数据，你还是只关注差异表达基因码？你可知可变剪接、转录组因子才是待挖掘的“黑产”！ 今天给大家分享一个福利-《转录组文献解读》视频课程，本课程主要针对高...

文章 提取合并基因家族的domain序列

...章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，提...

文章 STAMP使用（组间差异）

用FAPROTAX数据库注释得到的功能表，可以在STAMP内进行组间差异分析，且软件绘制出的图片精美，可直接用于文章发表。 一.STAMP软件简介 1.STAMP软件是分析微生物物种与功能组成的可视化软件，提供了多种假设检验方法以及不同...

问题 课程“微生物OTU网络图绘制(Cytoscape)”中，CoNet构建网络时的问题

...，按软件要求应该是至少两种计算方法显著才会留下这组数据，但在Cytoscape中展示网络中依旧留有只有一个方法计算显著，请问原因是什么？如何解决？ 再一个问题就是用Gephi可视化的，导出的边的数据中显示关系强弱的就是...

问题 构建WGCNA

各位老师，就是我有一个芯片，里面含有lncRNA，miRNA和mRNA的数据集。我在构建WGCNA的时候，可以把差异的这些都一起扔进去分析吗？亦或者把lncRNA和miRNA的数据都拿出来，只用mRNA的来构建。

文章 Sci-hub一键下载文献-真香！内有详细设置教程！

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...

文章 Mfuzz做时间聚类分析

... R 语言中的一个用于聚类分析的包，专为时间序列或条件数据的基因表达分析而设计。它广泛应用于生物信息学和基因组学研究中，尤其适用于处理具有时间序列的数据集，比如基因表达时间序列。 Mfuzz 使用模糊 C均值聚类算...

问题 work.sh.o

我在联系重测序数据的时候，解压玩数据出现了work.sh.o， 而且data 没有权限进去。1.jpg

问题 WGCNA运行代码问题sft

按照课程运行数据，用的是课程数据。到这一步出现报错，麻烦老师解答一下！

问题 老师您好！lumi包读取文件出错。Error in gregexpr("\t", dataLine1)[[1]] : 下标出界

老师您好！我购买了不同芯片平台数据处理的课题。但是之前读取安捷伦双色通道的时候，自己的数据读取不出（格式不对）。今天读illumina的文件，又读取不出。 课堂提供的代码和例子是没有问题的。下面分别是报错、例子...

问题 差异蛋白的挑选

想请教下，我获取的质谱数据处理出来的蛋白counts数据，能不能用edger包作差异，我没有再对他标准化，因为已经处理好多遍了。理论上转录组和蛋白组不会差那么多吧。

问题 如何查找某一种功能基因，比如所有的热激蛋白基因，并确定基因数目？

刚刚开始分析我的转录组数据，菜鸟一枚。我用hsp和heat shock protein这两个词搜索过我的注释的差异基因数据，得到了一些热激蛋白基因。但是许多gene-id都注释为同一个基因名称，而且gene-id比对到同一个NR ID，那请问在分析转录...

问题 老师您好，群体结构分析自己的数据时，进行到文件格式转换那一步遇到了问题，报错写的是要将vcf文件正常排序，我自己在网上找到了相应的脚本，却不能正常运行，报错写的是不能生成JAVA虚拟机，我的脚本是不是有什么问题呀，这个应该怎么解决呀

文章 cytoscape软件安装与使用-绘制蛋白互作网络图

...使用，网络图绘制，分析等等 2.1 网络导入 导入网络数据，为txt文件两列数据就可以，如果是蛋白互作网络关系，可以从STRING数据库得到：https://www.omicsclass.com/article/1126 文件准备好之后可以导入网络了，方法： 设置网络的...