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文章 lncRNA调控预测

...,输入miRNA和lncRNA的 ID编号即可预测。支持基于实验验证数据的预测,也支持基于算法的电子预测如果有大量的miRNA或lncRNA需要进行批量的预测,也可以下载该数据库里的数据,进行本地的预测。 2. lncRNA-RNA互作预测分析:LncTar ...

文章 z-Transform数据得到z-score方法公式

z-Transform Sometimes one has the problem to make two samples comparable, i.e. to compare measured values of a sample with respect to their (relative) position in the distribution. An often used aid is the z-transform which converts the values of a sample into z-scores: with zi ... z-transfo...

问题 建立进化树

建树的时候会有很多支持值为0的分支,这个应该怎么处理数据呢? 而且我怀疑这个出现的原因是我删除了gap的原因,一开始没删除gap的数据无法建树,然后我就删除了全部gap。

文章 如何鉴定长距离运输的mRNA?

...与参考基因对应材料之间存在差异,所以作者利用重测序数据(120x)替换原参考基因上的SNP、Indel等变异信息,重新构建优化了基因组。转运mRNA识别:如下图,以南瓜接穗黄瓜砧木为列,识别有接穗南瓜向下运输至黄瓜砧木的mR...

文章 关于miRNA你知道多少?

...胞生长和发育过程的调节过程中起多种作用。 二、miRNA数据库 1.miRBase序列数据库是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一,提供公布的miRNA序列及注释信息。 2.miRanda数据库提供了关于人类、果蝇和斑马鱼基因组的microRNA靶目标...

问题 老师好,我在使用samtools进行染色体长度获取时出现了这种报错。此物种的gff3文件没有具体的染色体长度注释,以及使用基因组染色体的fasta文件进行统计的话数据很多,工作量很大,麻烦老师帮忙看看怎么解决这个问题。谢谢老师!

文章 转录组扫盲篇

...样才能更好的进行实验设计以及样品准备。 拿到转录组数据,你还是只关注差异表达基因码?你可知可变剪接、转录组因子才是待挖掘的“黑产”! 今天给大家分享一个福利-《转录组文献解读》视频课程,本课程主要针对高...

文章 提取合并基因家族的domain序列

...章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,提...

文章 STAMP使用(组间差异)

用FAPROTAX数据库注释得到的功能表,可以在STAMP内进行组间差异分析,且软件绘制出的图片精美,可直接用于文章发表。 一.STAMP软件简介 1.STAMP软件是分析微生物物种与功能组成的可视化软件,提供了多种假设检验方法以及不同...

文章 Sci-hub一键下载文献-真香!内有详细设置教程!

...因家族分析实操课程、基因家族文献思路解读 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 课程“微生物OTU网络图绘制(Cytoscape)”中,CoNet构建网络时的问题

...,按软件要求应该是至少两种计算方法显著才会留下这组数据,但在Cytoscape中展示网络中依旧留有只有一个方法计算显著,请问原因是什么?如何解决? 再一个问题就是用Gephi可视化的,导出的边的数据中显示关系强弱的就是...

文章 Mfuzz做时间聚类分析

... R 语言中的一个用于聚类分析的包,专为时间序列或条件数据的基因表达分析而设计。它广泛应用于生物信息学和基因组学研究中,尤其适用于处理具有时间序列的数据集,比如基因表达时间序列。 Mfuzz 使用模糊 C均值聚类算...

问题 构建WGCNA

各位老师,就是我有一个芯片,里面含有lncRNA,miRNA和mRNA的数据集。我在构建WGCNA的时候,可以把差异的这些都一起扔进去分析吗?亦或者把lncRNA和miRNA的数据都拿出来,只用mRNA的来构建。

问题 work.sh.o

我在联系重测序数据的时候,解压玩数据出现了work.sh.o, 而且data 没有权限进去。1.jpg

问题 WGCNA运行代码问题sft

按照课程运行数据,用的是课程数据。到这一步出现报错,麻烦老师解答一下!