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问题 WGCNA分析生成的单个模块txt文件非常大,请问老师有没有什么好的方法能打开?以及找到的如下代码如何使用?谢谢

找到了一种R的方法,知道对对,如果对,老师是否有代码能够打开或者拆分大的txt文件?大概5G 这段代码,有个问题,就是filename这里是否要改成自己的文件名?eachfile_lines_num这里呢?就这样放着,还是改成一个数值? ...

文章 HMMER ——hmmsearch 用法,参数

...er的操作格式。 hmmer工具箱的内容 以下包含了hmmer最新版本呢的全部工具 hmmbuild: build profile from input multiple alignmenthmmalign: make multiple sequence alignment using a profilehmmsearch: search profile against sequence databasehmmscan: search sequence against ...

问题 monocle2是能用了吗?

官网上已经显示能用了 但是已经下好的旧版本是也用了了TAT linux上的r语言也用了了

文章 如何将GEO芯片注释文件整理成GSEA能使用的芯片注释文件?

在作GSEA分析时,有时候我们会使用GEO数据库中的芯片数据,使用芯片数据分析就必须要有芯片注释文件,下面就跟大家分享如何将GEO数据库中的注释文件整理成GSEA软件可以使用的芯片注释文件。 下图是GSEA分析需要的芯片注释...

文章 vcf过滤时GATK和bcftools的index报错及解决方式

...有效避免索引问题,无需建立索引。 法二:GATK的缺点是能指定线程,运行很慢,考虑到速度方面,也可以先使用bcftools、vcftools等进行过滤,之后使用bgzip输出为vcf.gz压缩文件,再使用bcftools建立 tbi 索引,最后再进行GATK的过...

问题 16S课程 03.asv_taxonomy

...存够   我的设备如何设置参数,保证能够跑下来这个分析

问题 R包安装错误 cp: cannot stat ‘hdf5/src/.libs/libhdf5.a’: No such file or directory make: *** [copying] Error 1 ERROR: compilation failed for package ‘Rhdf5lib’

make: *** [lib] Error 1 configure:    HDF5_INCLUDE=hdf5/src configure:    HDF5_CXX_INCLUDE=hdf5/c++/src configure:    HDF5_HL_INCLUDE=hdf5/hl/src configure:    HDF5_HL_CXX_INCLUDE=hdf5/hl/c++/src configure:    HDF5_LIB=hdf5/src/.libs/libhdf5.a configure:    HDF5_CXX_LIB=hdf5/c++/sr...

文章 claude code 配置 deepseek: 让Linux秒变“最强大脑” ,在组学大讲堂云服务器上,一键部署你的专属科研大模型助手

...估,避免意外写入claude update将 Claude Code 更新到官方最新版本升级工具claude mcp管理模型上下文协议服务器连接外部服务如 GitHub、数据库 2. 核心斜杠命令(交互界面内执行) 在 Claude Code 运行界面中输入 / 即可呼出命令菜单,...

问题 老师请问我想解压.rar文件,然后在网站http://www.rarsoft.com/download.htm下安装RAR 5.80 beta 1 for Linux x64,make后为何报这个错误?

文章 perl报错:symbol lookup error: xxxxx: undefined symbol: Perl_xs_handshake

...shake“ 问题: per调用的lib里面没有相关mysql module或module完整。 解决: 1. 指定个人的lib export PERL5LlB=xxxx/lib/perl5/site_per/5.22.0/ 2. 把trainGlimmerHMM脚本开头的  #!/usr/bin/perl  换成  #!/usr/bin/env perl 参考: 经验总结 | 与perl有关...

文章 高学历真的贬值了吗?中科大博士写外挂、海龟硕士造假车票.....

...微博 这两个新闻下面,都有很多人表示:有这学历干啥好,为什么要做违法的事情? 确实,有才华、高智商、高学历是一回事,但是有没用在正途就是另外一回事了。 这二位有高学历,但是基本素养没有提起来,所以,从...

文章 enrichGO_pip.r GO富集分析

使用说明 Rscript $scriptdir/enrichGO_pip.r  -husage: /work/my_stad_immu/scripts/enrichGO_pip.r [-h] -g gene.list [-d ann.db]                                                 [-t idtype] [-s show.type]                                              ...

文章 eQTL分析之协变量计算

参考文章来源 通过分析 100 多个玉米近交系的转录组数据,文章对基因组中热胁迫表达响应的相关顺式(cis)和反式(trans)作用的 eQTLs进行了鉴定。并在热胁迫差异表达基因以及仅在热胁迫下表达的基因中,发现了引起热胁迫响应...

文章 相关性分析及热图绘制-脚本使用

相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量进行分析,从而衡量变量间的相关程度。变量之间相关程度的量化使用相关系数r,常见的相关系数有Pearson相关系数、Spearman相关系数以及Kendall相关系数。生信分析中常绘制热图直...

问题 老师,在运行WGCNA代码sft = pickSoftThreshold(datExpr0, powerVector = powers, verbose = 5),遇到了这种错误Error in { : task 1 failed - "'x' has a zero dimension.",请问是什么原因呢?