#快速找出所有细胞类型的差异/Marker基因 Rscript $scripts/seurat_FindAllMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \ -p FindAllMarkers --test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25 ，执行此代码后报错：Warning: When testing 20 versus all: every gene...
TCGA数据库中临床数据的TNM分期，及病理分期如下： submitter_idajcc_pathologic_najcc_pathologic_majcc_pathologic_stageajcc_pathologic_tTCGA-3M-AB46N0MXStage IBT2bTCGA-3M-AB47N2MXStage IIIBT3TCGA-B7-5816N0M0Stage IIBT4aTCGA-B7-5818N0M0Stage IBT2TCGA-B7-A5TIN3M0Stage IIICT4TCGA-B7-A5...
...简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）结果解读；转录组（无参）结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA，...
...信分析，在国内，越来越多的科研人也开始尝试自己分析数据。 生信高手自己就抵得上一个团队，尤其在海量数据充盈网络的时代，用别人的数据，发自己的文章，用最少的经费产出最多的科研成果！但没有高手引导，自己入...
...，毋庸置疑是最好的选择。 参考资料 【1】常用生物数据分析软件 【2】muscle使用手册 转自：https://shengxin.ren/article/28 此外，我们在网易云课堂上有各种教学视频，有兴趣可以了解一下： 1. 文章越来越难发？是你没发现...
...，该类需求是很多的；之前给大家分享过一个利用Ensembl数据库网站提供的biomart工具进行基因组特定区间基因及注释信息的提取，详见链接：[原创]-如何下载特定区间内基因及注释信息？但由于ensembl收录基因组数量有限，对于未...
...f 日常科研中你我经会常遇到看不懂的图表，不会挖掘的数据，没有思路的文章，沟通不畅的个性化分析，求人不如求己，一切痛点都能解决： 1. 单细胞/空间转录组正在大火，高分文章必备，0基础学单细胞/空间转录组分析，...
...lncRNA的编号即可，适合少量的miRNA和lncRNA 预测 3. 支持数据库下载：如果分析miRNA或lncRNA较多的话，可以将该数据下载到本地，在本地进行预测分析 如果您对TCGA数据挖掘感兴趣，请学习我的TCGA系列课程： 《TCGA-生存分析...
大家都知道从ncbi下载的基因组数据与正常的基因组数据有所不同，所有的基因转录本CDS的ID都是重新起的，用起来非常不方便，为此写了一perl脚本将其ID转换回来。 用法如下： UsageForced parameter:-gff genoma gff file ...
学生想用SRA数据，像GEO数据那样做差异基因分析，求老师推荐一个课程
老师您好：下面是命令行和输入文件格式 命令行及具体报错信息： 输入文件格式：
密度图是直方图的平滑版本，用于计算并绘制数据的核密度估计，能够更好的界定分布的形状。使用geom_density函数可以绘制密度图。 绘制密度图 使用数据如下： set.seed(1234) df <- data.frame( sex=factor(rep(c("F", "M"), each=200)), weig...
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