找到约 15 条结果

问题 Tassel进行自己的GWAS分析中，自动分析pca时，不生成pca1~3文件（使用的是服务器）

...问题。但是实际上并不生成任何文件。 run_pipeline.pl -Xmx30G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt \     -PrincipalComponentsPlugin  -ncomponents 3  -covariance true -endPlugin \     -export pca -runfork1

问题 怎么利用perl，根据gene_id的配对关系，批量替换gene_id.

有idlist.txt (包括gene_id 列（A列），和其对应的配对关系B列 ), 另还有一个sequence_fasta.fa文件（含基因gene_id），现想利用idlist配对关系，批量替换sequece_fasta文件中的gene_id. 请问怎么写perl脚本批量替换， 实现 perl  ？？.pl  idlist  se...

问题 ggplot2画图

我的脚本 library('ggplot2') ##工作目录ã€æ–‡ä»¶è®¾ç½? getwd() workdir="D:/ggplot2/enrich" gofile="D:/ggplot2/enrich/GO.Enrichment.txt" setwd(workdir) ##相关阈值ã€æ ‡ç­¾è®¾ç½? enrich=0.05 minFDR = 1e-15 xlab="GO_N...

文章 使用bcftools文件提取vcf文件子集

...0028805Chr1    54966087Chr1    57228272 2. 要处理的vcf文件（snp/indel）。注意bcftools处理的vcf文件要用gbzip压缩并构建索引才行。snp.vcf文件示例如下： 3. 处理命令： bgzip snp.vcf    #压缩tabix -p vcf snp.vcf.gz    #建索引bcftools view -R ...

问题 老师您好，我在使用组学大讲堂docker镜像进行转录组分析时遇到问题

使用get_gene_length_from_gtf.py这个脚本生成gene_length文件时，发生以下错误： raceback (most recent call last):  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 50, in <module&gt;    kvs=get_value(tmp[8])  File "get_gene_length_from_gtf.py", line 37, in get_value    k=g.group(...

文章 如何预测CpG岛

...域，通常位于基因的启动子附近。其定义主要基于以下几个特征：高CpG含量、高于预期的CpG观察值与期望值比、相对较长的长度以及通常处于未甲基化状态。这些特征使得CpG岛成为基因启动子区域和调控元件的常见位置。 CpGplot...

文章 多序列比对-蛋白序列保守结构域比对图绘制 genedoc

...序列间的保守性；看到别人分析的蛋白保守结构域都有一个漂亮的多序列比对结果；今天我们就来介绍绘制这种氨基酸比对图： 1. 获得蛋白质序列 这里我直接在NCBI上搜索一下WRKY基因家族基因的蛋白质序列来进行后续的分析...

文章 MCScanX 安装报错，支持64位系统

 MCScanX 安装问题： make报错： g++ struct.cc mcscan.cc read_data.cc out_utils.cc dagchainer.cc msa.cc permutation.cc -o MCScanXmsa.cc: In function ‘void msa_main(const char*)’:msa.cc:289:22: error: ‘chdir’ was not declared in this scope     if (chdir(html_fn)<0)    ...

文章 perl程序文件中的第一行:#!/usr/bin/perl

perl中#!/usr/bin/perl意义： '#!'这个符号源自于unix。'#!/usr/bin/perl'-其实是个具有特殊意义的注释，实际上它是告诉操作系统，这个文件中的内容，应该由存放在/usr/bin/下的perl程序执行。而在Windows下这个是不需要的，而大家习惯于...

文章 r绘图0不在原点的问题

使用plot画图的时候，只是设定xy轴范围仍然在0之前会有一小段多出来的范围 例如：plot(runif(10,0,10),type="l",xlim=c(0,10),ylim=c(0,10)) 使用：xaxs/yaxs="i" 代码即可解决 例如：plot(runif(10,0,10),type="l",xlim=c(0,10),ylim=c(0,10),yaxs="i",xaxs="i") 同...

文章 热图竟然还能用Excel来画？

...在利用数据绘制热图的需求。如果你会编程，利用R、MATLAB 等，完成热图的绘制轻轻松松没烦恼，其次你还可以利用热图绘制软件完成目标，但是你知道怎么利用Excel画热图吗？ 众所周知，Excel是一款强大的电子表格软件。直...

文章 Clustal Omega多序列比对使用方法（命令行及在线网站）

...序列比对在保守区域鉴定，系统发育分析，motif识别等多个领域发挥重要作用，是生物信息数据分析必备的基础技能之一。Clustal是一款经典的多序列比对工具，支持DNA, RNA, 蛋白质的比对。官网如下http://www.clustal.org/        Clust...

文章 去除文件中的空行

测试文件如下： $ cat tmp.txt a b c d e sed $ sed '/^$/d' tmp.txt grep $ grep . tmp.txt or $ grep -Ev "^$" tmp.txt or $ grep -v -e '^$' tmp.txt awk $ awk NF tmp.txt or $ awk '!/^$/' tmp.txt or $ awk '/./' tmp.txt tr $ cat tmp.txt | tr -s '\n' 此外，我们在网易云课堂上...

文章 二叉树算法介绍

...着广泛的应用。本文将对二叉树进行简要介绍，并给出几个实际应用的例子。 一、二叉树简介 二叉树是一种树形数据结构，其中每个节点最多只有两个子节点，通常称为左子节点和右子节点。二叉树具有以下特点： 每个节点...

文章 COX 生存分析模型

基本概念 在介绍Cox回归模型之前，先介绍几个有关的概念。 1.生存函数 具有变量                                     的观察对象的生存时间 大于某时刻  的概率，                                    称为生存函...