...通过荧光强度来检测扩增产物的变化。 扩增效率：一个DNA分子扩增为2个DNA分子，这种情况下的扩增效率为100%。实际上会出现偏高和偏低的情况，90-110%之间。 溶解曲线：Melting curve，是指扩增反应结束后，对双链DNA进行...
...，可以进行生存分析。 # 表达信息和生存数据整合到 exprSet, 如下： bcr_patient_barcode time status LINC01587 XXbac_B461K10.4 1 TCGA-2W-A8YY 148 0 3.981761 23.89057 2 TCGA-4J-AA1J 226 0 37.491171 19.63823 3 TCGA-BI-A0VR 1505 ...
使用方法: $Rscript DEG_limma.R -h usage: DEG_limma.R [-h] -e filepath -m filepath -t treatname --control CONTROL --case CASE [-f fdr] [-c fc] [-s size] [-a alpha] [-X x.lab] [-Y y.lab] [-T title] [-H height] [-W width] [-o path] [-p prefi...
...分析的在线工具，通过TIMER算法估计六种免疫浸润细胞（B细胞，CD4+T细胞，CD8+T细胞，中性粒细胞，巨噬细胞和树突状细胞）的丰度，其中： Gene 模块探索基因表达 与免疫浸润丰度之间的相关性 ； 选择癌症类型，免疫细胞类...
...患者的临床信息，并与铁死亡基因相交，最终筛选得到45个差异表达基因（DEGs），其中大部分涉及TNF信号通路和氧化应激反应。随后，作者通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析筛选与TNF信号通路相关的基因模块，确认了以下...
...越来越多的研究者开始利用全基因组重测序技术来分析一个物种的遗传多样性，并进行GWAS关联分析。但是要做好一篇GWAS文章，其投入也是不菲的，少则几十万，多则上百万。有人就说了，这么大的投入能得到与之匹配的产出么...
命令： /public/software/singularity/bin/singularity exec /public/home/huangyou/docker-images/reseq-v2.0.sif gatk --java-options HaplotypeCaller -R /public/home/wangyongsheng/PepsiCo_OT3098_V2_panoat_nomenclature.fasta \ -I /public/home/wangyongsheng/oats/text/picard-bam/${i}.sorted.dedup.bam \...
输入文件 运行代码 #go 富集分析 Rscript $scriptdir/go_enrich.r -l gene.list -n $scriptdir/go2name.tsv \ -g go2gene.tsv -o go 输出文件 咱们的课程是输出很多文件，但是我只能输出一个
Rscript $scriptdir/var_density.R -i RR96SNP.unknown_multianno.vcf -b 500000 -c "darkgreen,yellow,red" -t "SNP Density" --> Q&A for bioinformatics, please visit the website: https://www.omicsclass.com/ --> R beginners ? I suggest your learning R language: https://study.omicsclass.co...
...安装“谷歌访问助手”，这个插件安装成功之后可以让你更好的使用谷歌浏览器，同时可以正常的使用谷歌学术搜索文献。安装方法可以参考我们之前的文章《谷歌学术搜索可以用了！》（此处可以点击）；3、打开谷歌浏览器...
10x的数据可以使用 cellranger mkfastq 产生，下面的例子是两个样本同一个lane测序拆分后分析；第二个例子是同一个样本两个lane测序，需要合并一起分析； 大家注意文件命名方式，蓝色和红色部分； cellranger命名规则 : https://supp...
...达量，还是单纯的删除这些无法得出FC值，因为注意到有p值出现
...ONE，一款软件聚合多种功能 , 全流程帮助各大企业管理整个项目生命周期。 “如果一个工具突然变得流行起来，但是如果它没有建立起强烈的用户满意度，那么在几个周期后就会过时。但这并不意味着它消失了。许多工具...
...认安装一些低版本的包。有些包更新频繁，例如：clusterprofile，如果你的R版本太低就只能安装低版本的，或者有些包根本安装不上去，所以必须更新一下自己linux 上的R版本了，这里我源码安装了一下R最新版本，分享一下。一、...
命令如下： sudo java family_circle_plotter -g /home/manager/ERFfamily/MCScanX1/mcscan/Ib.gff -s /home/manager/ERFfamily/MCScanX1/mcscan/Ib1.collinearity -c /home/manager/ERFfamily/MCScanX1/family.ctl -f /home/manager/ERFfamily/MCScanX1/AP2_family.txt -o /home/manager/ERFfamily/...