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问题 我有一组数据想做个heapmapper热力图,您能帮我处理一下吗,我打开网址不会用,1为想关性,2为显著性

                   Mn Zn Cu Pb Cd As Hg 1 -0.661 -0.675 -0.227 -0.67 -0.623 0.072 0.027 2 0.004 0.003 0.381 0.003 0.008 0.784 0.919 3 -0.662 -0.685 -0.327 -0.721 -0.612 0.286 -0.081 4 0.004 0.002 0.2 0.001 0.009 0.265 ...

问题 老师,用GLM模型跑Gwas时将数据替换成自己的后,出现了报错,分别截图了基因型文件,表型文件和报错信息,请老师解答。文件是用的tsv格式,只是用excel打开了,命令就是将脚本提供的命令中的文件改成了自己的文件

run_pipeline.pl -Xmx200G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt     -fork2 -importGuess GZ.tsv      -combine3 -input1 -input2  -intersect -FixedEffectLMPlugin    -endPlugin -export hd 检查了表型,都是数据,表型也更改为下划线了,依然是同样的报错

文章 鲈鱼MAPK基因家族分析文献下载及解读

...简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入?图表看不懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)结果解读;转录组(无参)结果解读 3. 转录组数据深入挖掘技能-WGCNA,...

问题 如果geo下载的矩阵是标准化的但没有去log,那我利用这个矩阵用Excel计算出log值以后再用lima包进行差异分析吗?还是说需要重新下载原始数据用r进行标准化处理呢?

问题 让公司给构建好的图形泛基因组,只有vcf格式文件,要拿它作为参考去基于二代重测序的数据call snp,需要将vcf 文件转化成啥格式呢?转化后用什么软件去call snp 呢?

文章 什么是MD5

...件一样MD5值一定一样,反之MD5值一样并不能保证压缩前的数据是一样的。在密码学上发生这样的概率是很小的,所以MD5在密码加密领域有一席之地。但是专业的黑客甚至普通黑客也可以利用MD5值实际是有损压缩技术这一原理,将...

文章 geo_gene_exp_download.r GEO数据自动下载与整理

...ene_exp_download.r -g GSE43488 -G GPL13667-15572.txt 结果输出: 数据整理说明 探针与基因对应: 1.一个基因对应多个探针: 取均值,最大值,等 2.一个探针多个基因,取第一个基因名字 表达量是否需要重新标准化: 可以通过boxpl...

问题 如何下载国际千人基因组计划完整vcf文件

大家好,请问去哪里下载国际千人基因组计划完整的vcf文件呢?我找到了这个数据连接,ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/,但人数好像不太完整;这个网址的数据是分染色体的,如何合并数据呢?

文章 解决Rstudio Server卡顿问题

...如果之前运行R代码使用了大量运行内存Rstudio会缓存大量数据,下次登录Rstudio加载缓存可能导致卡顿。 建议每次分析完数据保存好结果后,重启rstudio: 清除 缓存, 避免下次加载缓存数据导致卡顿: 如果卡死,后台...

文章 2020年-基因家族分析文章怎么发!

...因表达量热图 文章使用网上已发表文章的转录组表达量数据,绘制了TLP家族基因的表达量热图。 qRT-PCR定量分析 分析的最后,作者处理了一批甜瓜,并分不同的时间取样,针对鉴定到的28个TLP家族基因进行了定量分析。 到...

问题 检查数据是否正确时 出现以下错误:> exprSize = checkSets(multiExpr) Error in checkSets(multiExpr) : data does not appear to have the correct format. Consider using fixDataStructureor setting checkStructure = TRUE when calling this function.

您好!就是在检查数据是否正确时 出现以下错误> exprSize = checkSets(multiExpr),我看过您的回答:checkSets设置一下参数(checkStructure=T),能否详细点,在哪里设置参数呢?> multiExpr[[1]]$data[1:5,1:5]这个问题该怎么样解决?谢谢您...

文章 教你画多物种基因家族局部共线性分析图

数据准备 ​1. 下载数据绘制图片之前,我们需要下载数据,这里我们以文章中黑麦,大麦,小麦,节节麦(Aegilops tauschii)数据(下载的数据为:gff和cds文件)为例进行下载。黑麦的数据来自中国国家基因组数据中心网站(https://ngd...

文章 TCGA癌症和正常组织中的基因表达差异图

TCGA数据,做完差异表达分析,获得差异表达的基因之后,可以将差异表达的基因在癌症和癌旁中的数据拿出来进行比较一下,看看两者差别是否显著。 # 绘制差异表达基因在比对样本中的表达情况 # 将表达量进行log2 转换 normDat...

文章 兰花发育中器官发生的时空图谱数据下载示例

兰花空转文章: 数据空转GEO数据下载: wget -c "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE198128&format=file" -O GSE198128_RAW.tar 样本信息 #series_sample_iddevelopmental_stagetissuecodeSRRslideGSM5939574bud1-6FlowerAM559-ST-010001SRR18292617slide1GSM5939575bu...

文章 组学大讲堂携手网易,所有线上课程折上折

...毕业的要求了么?如果没有,你还不抓紧时间做实验、看数据、挖结果、整理文章,以求毕业不要那么遥遥无期。 当然,说起来简单,做起来有点难。各种问题摆在眼前,都是“怎么办?”: 1、看不懂数据怎么办? 2、没有...