文章 拿到转录组分析结果后还应该干点什么？

...己只要几分钟就能搞定了。 3. 制作各个样品或者多个比较组之间的韦恩图（venn图），公司通常只给了几个比较组间的韦恩图，但是我们还会需要各个样品间，以及自己筛选出来的几个基因集之间的韦恩图，同样的找公司做要...

文章 转录因子研究方法！

... molecular interactions (MITOMI) MITOMI是少数可以测量TF与DNA解离系数Kd的实验技术，它具有中等通量，但却不适合用于denovo的TFBS鉴定。MITOMI具体流程图4： 1. 将感兴趣的TF固定在玻璃上，接通微流管，倒入DNA； 2. DNA结合到固定的TF上...

文章 哪种生物信息学习方式最适合你？

...习的积极影响也是不可忽略的。 直播没有明显的缺点，比较均衡，可能会是今后的主流方式。 适合人群建议 好了，上面就是小编对4种学习方式的优劣势总结，下面针对各类人群给出我们的选择建议：  如果您时间特别充足...

文章 VIP-转录组数据鉴定病毒

...新病毒：这个模式是将转录组的序列与病毒的核酸库进行比较，再与病毒的蛋白库进行比较，这样能发现一些蛋白序列保守，但是核酸序列可能差别较大的病毒。 VIP的分析策略图如下： 使用该软件一个几个问题需要说明： 1...

文章 正选择分析之 Site Models

...下正选择基因。通常的做法是计算Ka/Ks，但是这种方法是比较严格的，因为正选择通常在短时间内作用于基因的几个位点，并且会被其余位点上的负选择抵消。因此，会使用其它一些方法来计算正选择基因，比如今天小编要说的S...

问题 拟时分析筛选出的差异基因数量太少，有没有可以调整的参数去增加筛选数量

文章 如何设置EditPlus/notepad++的默认编码utf-8方式 避免中文乱码

最近在调试代码的时候，发现总是有问题，最后才发现是windows当中用记事本编辑过这个文件，导致换行符与linux当中不同，导致脚本出错。因此建议统一编码格式utf-8；避免由于换行符导致错误： 小知识windows中的换行符：\r\nlin...

问题 conet构建网络图参数设置

...;0.0001, 9999 permutations) ” 文章还列出个元素之间的spearson 系数，如下图。我想问一下，在制图过程中，怎么设置这个ρ和p的范围呢，是在conet 的method mean这个菜单中填入相应的值吗，还有permutations和bootstrap这个值是怎么设置的呢...

问题 老师您好，MEGAX构建进化树的时候弹出这个窗口是什么意思，要怎么调整我的序列？

问题 泛基因组核心基因和可变基因长度比较core_pan_gene_compare.r报错

运行core_pan_gene_compare.r ，报错Error in contrasts<-(*tmp*, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : contrasts can be applied only to factors with 2 or more levels Calls: aov ... model.matrix.terms -> model.matrix.default -> contrasts<- Execution halted。我在泛基因组分类的...

文章 NCBI检索叶绿体基因并快速下载

...基因。 有时候需要检索的物种很多，如果分别下载就会比较麻烦。其实在NCBI检索结果页面的检索框下方会有个不起眼的"send to"按钮，这是快速下载检索基因序列的关键。 这个send to 可以理解为保存检索结果，有很多种方法可...

文章 使用R包(VennDiagram)进行韦恩图绘制时相关参数调整

...恩图时较为常用的一个R包，通过对其中的相关参数进行调整可以达到不同的个性化效果，今天我给大家介绍一些常用的绘图参数： ###venn.plot <- venn.diagram(gene_list，#输入的基因数据scaled = FALSE，#不根据数据的大小来自动调节圆...

文章 微生物与环境因子，代谢物，功能等相关性分析linkET

...8:44) ,                      mantel_fun = 'mantel')#根据相关系数和显著性设置标签，以便作图时定义线宽和颜色mantel <- mutate(mantel,                 rd = cut(r, breaks = c(-Inf, 0.2, 0.4, Inf), labels = c('< 0.2', '0.2 - 0.4', '>= 0.4')),     ...

文章 基因家族共线性分析，利用python 版本的MCScanX分析物种之间分共线性

        近年来，基因组测序爆炸性增长，比较基因组学已逐渐成为每个物种尤其是首次被破译基因组的物种的必备研究内容之一。那么什么是比较基因组学呢？比较基因组学是通过对系统发育中的代表性物种之间的基因和基因...

问题 在QTL-seq分析的时候的vcf文件中双亲在后面，而子代双池在前面，这种怎么把顺序调整过来？有没有影响

老师在课程中使用的示例文件中vcf文件中四个样本的顺序是双亲，然后子代。但是我发现我的vcf文件的顺序是双亲在后面，两个子代池在前面，这种怎么调整顺序呢，或者会不会影响qtlseq的运行