文章 qiime2 couldn't connect to display "localhost:12.0"

...qiime2-2020.8/lib/python3.6/site-packages/q2cli/commands.py", line 329, in __call__ results = action(**arguments) File "<decorator-gen-545>", line 2, in summarize File "/share/work/biosoft/conda/Miniconda3.8/envs/qiime2-2020.8/lib/python3.6/site-packages/qiime2/sdk/action.py", line 245...

问题 进行16S分析时，对样品按照分组进行分类汇总出现问题。

...#我想对样品按照分组进行分类汇总，现在使用命令collapse_samples.py，对样本进行组间差异比较，具体的组别为group和type，现在出现的问题是代码无法读取我的 metadata的head line，试过很多方法无法解决。###代码如下： mkdir taxa_summar...

问题 GWAS分析绘制QQ图时，Observed值与Expected值相差较大

...模型，结果都如图所示，运算脚本 tassel GLM模型：ohup run_pipeline.pl -Xmx60G -fork1 -h hapmap_2025.ordered.hmp.txt \ -fork2 -importGuess $tassel_trait_2025   \ -combine3 -input1 -input2  -intersect -FixedEffectLMPlugin \ -endPlugin -export CitralP_GLM_2025& 输入文件...

问题 重测问题

...at $workdir/data/data.txt); do echo "RUN CMD: fastp --thread 50 --qualified_quality_phred 10 \    --unqualified_percent_limit 50 \    --n_base_limit 10 \    -i $datadir/${i}_1.fastq.gz \    -I $datadir/${i}_2.fastq.gz \    -o ${i}_1.clean.fastq.gz \    -O ${i}_2.clean.fastq.gz \ ...

用户 sias7015_Beï

问题 Geneflow

我用命令（python3   $scriptdir/dfoiliator-main/dfoiliator_modify.py  -i subsample.reheader.min4.fasta -t test_set1.tsv）进行分析的出现了错误，但是也出现了结果。最后运行的结果如下：这是说明结果是没有检测到基因渗入吗？运行命令出现的错误...

问题 jcvi报错'LayoutLine' object has no attribute 'sizes'

... "/share/work/biosoft/python/Python3/lib/python3.9/runpy.py", line 197, in _run_module_as_main     return _run_code(code, main_globals, None,   File "/share/work/biosoft/python/Python3/lib/python3.9/runpy.py", line 87, in _run_code     exec(code, run_globals)   File "/share/work/biosoft/py...

文章 BSA分析中MutMap 分析：95% 99%阈值置信区间是如何计算的

...########################genotype<-function(){count<-0 if (population_structure=="RIL"){x<-runif(1) if (x<=0.5){count<-1}else{count<-0} }else{for(i in 1:2){x<-runif(1) if (x<=0.5){number<-0.5}else{number<-0} if(number == 0.5){count<- count+0.5}}}return(count)}###...

文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

...如何对fastq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz  --trim_front1  15  --trim_front2 15  --correction --thread 8 参数： --in1    read1输...

文章 Linux join命令合并文件

... 连接两个文件，默认以第一列作为连接字段 $ cat testfile_1 #testfile_1文件中的内容  Hello 95         #例如，本例中第一列为姓名，第二列为数额  Linux 85  test 30  $ cat testfile_2 #testfile_2文件中的内容  Hello 2005       #例如，...

问题 麻烦求助，在使用ncbi_gff_2_Ensembl_gff.pl这个脚本的时出现报错显示：cant find the string terminator "Usage end"...in line 10

问题 重测序

我用的指令是nohup sh 2.data_qc.sh >2.data_qc.sh.o& ， 现在显示的错误是cat: /data/data.txt: No such file or directory 但是我把这个命令粘贴到屏幕上就可以运行，在sh里面怎么说找不到文件那。命令如下 for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do ec...

文章 使用fastp软件对fastq文件进行剪切

...绍如何对fastq文件进行剪切。 其命令如下: fastp --in1 data_yuanshi/Tres_2_1.clean.fq.gz --out1 Tres_2_1.clean.fq.gz --in2 data_yuanshi/Tres_2_2.clean.fq.gz --out2 Tres_2_2.clean.fq.gz --disable_adapter_trimming --trim_tail1 100 --thread 4 参数： --in1    read1输入文件 ...

文章 淡黄的长裙，蓬松的头发？拿什么拯救你，我的项目

...mg-blog.csdnimg.cn/20200330142121131.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L3FxXzQxMTM3NDkz,size_16,color_FFFFFF,t_70) 没听之前我也是不当回事的看过一个视频之后满脑子嗡嗡的一直在反复循环播放...... ...

问题 最新qiime2教程16S注释报错

...iime diversity core-metrics-phylogenetic \   --i-phylogeny $workdir/3.asv_taxonomy/rooted-tree.qza \   --i-table $workdir/3.asv_taxonomy/feature-table-final.qza \   --p-sampling-depth 16900 \   --m-metadata-file $fastmap \   --output-dir core-metrics-results 运行过后出现下面的报...