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文章 idealTree:lib: sill idealTree buildDeps 安装JupyterHub 卡住

参考：https://www.reddit.com/r/node/comments/z9hsdw/npm_install_stuck_on_idealtree_builddeps/ npm config set registry http://registry.npmjs.org/ --globalnpm cache clear --forcenpm install -g configurable-http-proxy

问题 VCF文件按照指定的染色体排序

合并不同种质的g.vcf文件生成vcf文件，但是vcf文件中染色体的排序比较乱。我用了如下的命令来改变vcf文件中染色体的排序（java -jar picard.jar SortVcf \      I=my_input.vcf \ O=my_sorted_output.vcf \    SD=sequence_dictitionary.dict）。运行后，...

问题 NGS数据分析时，使用ANNOVAR的table_annovar.pl报错。

使用自建数据库。用ANNOVAR的annotate_variation.pl进行注释时，没有报错。 [*****@head ****]$ perl ../tessDSS/annovar/annotate_variation.pl -geneanno -buildver HP ./bin/M5-31.avinput HPdb/NOTICE: Output files are written to ./bin/M5-31.avinput.variant_function, ./bin/M5-31.avinput....

问题 没有 easySFS.py

[root@53aa1cb44822  07:53:50 /work/3.map/dadi]# easySFS.py -i snp.vcf -p group -a --proj=74,56,60 -o./ bash: easySFS.py: command not found

文章 samtools | 提取部分染色体的bam信息

01. samtools提取bam文件中某部分染色体相关信息 samtools view -b -h XX.bam chr1 chr4 >XX2.bam 02. samtools构建bam文件的索引 samtools index XX2.bam 03. samtools查看bam文件内容 samtools view XX2.bam |ee

文章 部分基础绘图函数隐藏坐标轴（并重绘）

...度位置显示的标签                 LETTERS是R内置的一个常量，此处取其中24个元素（https://www.omicsclass.com/article/549） 对y轴进行隐藏后，同样可以利用axis进行重绘。 其他的一些基础绘图函数 譬如barplot等也涉及相同的坐标轴...

文章 perl输出基因的位置信息按照基因所在染色体，和位置信息排序

...以及对应的多个转录本信息： perl代码如下： #!/usr/bin/perl -wuse strict;use Cwd qw(abs_path getcwd);use Getopt::Long;use Data::Dumper;die "perl $0 <gff&gt; <outfile&gt;" unless(@ARGV==2);my$gff=$ARGV[0];my%gene=();my%gene_region=();my%mRNA2Gene=();my%Gene2mRNA=();open ...

问题 老师您好，我在用plantcare分析启动子时，提交序列之后报错，具体情况如下图

我看了一下序列里面有出现M、G字母，而其他正常序列出现了几个N字母也可以正常出结果。

文章 mirDeep2的使用

1、安装 下载链接：https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2/archive/v0.1.3.zip 参考说明：https://github.com/rajewsky-lab/mirdeep2 2、分析流程 第一步：建立索引（Myzus_persicae_O_v2.0.scaffolds.fa为参考基因组序列） bowtie-build Myzus_persicae_O_v2.0.scaffo...

问题 关于课程中TCGA差异基因表达代码-问题

...准设置为：至少有25% 的样本，基因表达量大于2quant <- apply(rawdata,1,quantile,0.75)    keep <- which((quant &gt;= 2) == 1)rawdata <- rawdata[keep,]dim(rawdata)#基于样本的编号，判定是癌症还是正常样本，第14位1为癌症，0为正常组织。group <...

文章 TCGA数据库中癌症最新缩写中英文对照表获取方法 Project号 与癌种之间对应关系

如果想获得最新的信息，可以通过R包TCGAbiolinks中的getGDCprojects()方法得到： if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE)){    install.packages("BiocManager")}BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)getGDCprojects() 截止2019.10.17，TCGA数据库中...

问题 GWAS筛选阈值设置

For SNPs, we set the thresholds as −log10(P value) = 6, 6, and 4 for litter size, numbers of horns and nipples, respectively. 请问，这种自选的阈值，怎么选择呢？为什么有的是6有的是4呢？

问题 老师，这行命令出来的结果是空的，怎么解决呀

运行“ls aln_out/*.cds_aln.fasta |while read a;do sed  -r 's/([A-Za-z]+_[A-Za-z]+)_.*/\1/g'  $a &gt; $a.renamed;done”后得到的结果single_copy.cds_msa.fasta是空的文件夹

文章 从老板到项目成员,如何从燃尽图中洞悉团队工作?

...因素，只有掌握了更多关于时间和工作的数据，我们才能更好地执行计划，在预算范围内按时完成项目。 燃尽图就是用来反映此类项目数据的工具，常用于敏捷软件开发中，如Scrum。它可以呈现剩余工作量和可用剩余时间，并...

文章 trinity的下载与安装

...nity：是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。 trinity的下载与安装 trinity最新版本是v2.8.5 下载官网在：https://github.com/tri...