...方法： [1]. 新建一个项目，使用新的进化树“(A:0.1,(B:0.2,(C:0.3,D:0.4)100:0.05)100:0.1)90:0.43;”。 [2]. 点击Annotation upload → upload data for leaf label decorations，在data文本框输入“A triangle,red”并提交。 [3]. 结果展示如下 命令...
...的是水稻的转录组。在整个分析的过程中，我是从Ensembl Plants数据中下载的基因组文件（Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.toplevel.fa）和基因组注释文件（Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.gff3），然后利用命令：gffread Oryza_sativa.IRGSP-1.0.46.gff3 -T -o Oryza_sativa.g...
命令行： gffread -w classcode.fa -g Genome.fa classcode.gtf 报错：Error: sequence lines in a FASTA record must have the same length! 输入的参考基因组：
在Windows中文件的换行符与linux中是不同的，其在linux中显示为^M，在使用脚本处理时并不希望有这个符号，所以需要去掉此符号，其方法如下： sed -i 's/^M//g' test.txt ^M 是回车换行符,输入方法是按住CTRL+v,松开v,按m
bedtools 软件可以统计每个窗口内SNP变异位点数量，具体命令如下： bedtools coverage -a window.bed -b raw.filtered.snp.vcf.gz -counts >result.txt 其中bed文件格式如下： 结果文件如下： 最后一列为每个窗口内SNP数量。
1、首先GEO数据库是个什么鬼呢？ GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前...
使用stringtie merge -G参考注释，得到合并的gtf文件后，用这个gtf去算fpkm，结果里有的trans id 是MSTRG。有人说是参考注释有问题，我是在ensembl plant上下载的gtf文件，好像没什么问题。 还有请问lncRNA分析，注释文件的gene id和trans id是...
在文件中包含>字符的行尾添加-mRNA。 sed -i '/>/ s/$/-mRNA/' pep.fa 将文件中mRMA和；之间的字符删除。 sed 's/mRNA\(.*;\)/mRNA;/g' gene.gff >gene_new.gff
...化关系，不仅直观地展现了物种的进化发育系统，还把每个基因的表达量信息也展现出来，是不是很漂亮！今天我就教大家绘制上面这个图，让你的图成为进化树中最靓的仔！ 1. 数据准备 （1） 拟南芥基因的氨基酸序列 (2...
安装R包报错： * installing *source* package ‘later’ ... ** package ‘later’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** using staged installation Running configure script -latomic linker flag not needed. ** libs g++ -std=gnu++11 -I"/share/work/biosoft/R/R-v3.6.1/lib64/R/include...
计算OTU间两两相关系数矩阵 ，数据量大时，可应用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要借助其他函数（the Benjamini and Hochberg false discovery rate (FDR)）矫正。具体如何实现呢，望大神赐教！！
老师请教一下在10.function_picrust这里出图之后发现大量的图数值重叠，p值显示不全，能不能进行调整或者出图代码添加美化的修饰，请老师指教
my @array = ( 'a', 'b', 'c', 'a', 'd', 1, 2, 5, 1, 5 ); my %saw; @saw{ @array } = ( ); my @uniq_array = sort keys %saw; #@array 是要去重复的数组，@uniq_array是去重复后的数组
你好，我遇到了跟你一样的问题Downloading genome information (try:0) Using: Human genes (GRCh38.p13) 错误: $ operator is invalid for atomic vectors 请问怎么更新R包解决呢？
老师您好！在做变异组的时候有如下问题 命令：gatk --java-options -Xmx2g HaplotypeCaller -R genome.fasta -I test.bam -O test.g.vcf.gz -ERC GVCF 报错：A USER ERROR has occurred: Bad input: We encountered a non-standard non-IUPAC base in the provided input sequence: '13' 请...