...nity：是由Broad Institute 开发的转录组de novo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。 trinity的下载与安装 trinity最新版本是v2.8.5 下载官网在：https://github.com/tri...
...标准化除了基于相关的软件外，也可以利用bioconductor的几个包，不过需要注意介于R版本的问题，包的安装基于install.packages可能安装不成功。 具体安装方法最好去网站查找R包和对应R版本，新老版本的R差别可能会很大。 下面...
...人来说不仅听不懂还打消了学习的积极性。 现在你有更好的选择 组学大讲堂专注于生物信息培训，已有超过20000的网络课程学员和超过1000人的线下培训学员，在充分总结了生物信息学习的规律之后，定于19年8月举办为期两个...
...们可以把上传的命令，写到sh里面然后批量运行。这里有个技巧，就是把上传命令多copy几遍保存，一旦链接中断下一条命令还可以再运行； windows解决办法 在windows的dos命令当中其实也可以批量运行命令，如下： 将要上传用到...
R语言在读取数据 例如read.table 添加check.names=F 参数可以保证数据种特殊的字符正常读取： 如数据表头 “-”被认为是“." > A=read.table("F:/test/WGCNA/data/fpkm/All.DEG_final_3000.xls",sep="\t",check.names=T,header=T)> head(A,2) ID ...
...在这一具有挑战性的系统发育场景中，建议采用其他能够更好地解释基因复制的方法，例如OrthoFinder，OMA，PhylomeDB。 无论选择哪个软件，包含旁系同源序列都可能会导致不同的结果。在某些情况下，如在浅层的系统发育中 (例如...
...文件路径和物种拉丁名，并运行species=Zea_maysgenome=Zea_mays.B73_RefGen_v4.dna.toplevel.fagff=Zea_mays.B73_RefGen_v4.44.gff3 #以下代码不用修改，可直接运行 #保留蛋白编码基因agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff $gff --attribute biotype --value protei...
...区而组成的结构性嵌合体。当开发治疗性单克隆抗体（mAb）时，嵌合抗体是降低免疫原性和增加血清半衰期的必要过程。 研究人员可以将一个物种的恒定区换成另一个物种的，并且可以在同一个物种内将一个亚型换成另一个...
..._weizhi，得到gene_weizhi.txt文件，如下图 一共得到了2万多个结果，我的基因一共才六十几个，我查看了一下GFF文件（下图），发现这2万多个结果（就是NW开头这一栏）是GFF里面所有注释的gene，也就是说不是按照我的基因ID来提取...
...件和其经过比对得到的模板文件protein sequences.txt 4mla.pdb。 利用黄老师讲的方法，从PDB数据库中下载经过PSI-BLAST比对获得的模板的PDB格式文件，在swiss-model中，使用自己模板的方法进行三维结构预测，结果在上传文件的时候...
...eZilla指明本机私钥位置。 在FileZilla中，导航栏FileZilla->Settings->Connection->SFTP->Add key file，会调用操作系统的Finder，一般来说SSH的公钥私钥在"~/.ssh"目录下。但是调用操作系统的Finder没有直接访问“~”目录的方式。 可...
...置最多的目标序列匹配数 -num_threads：线程数，指定多少个cpu运行任务 等等 另一种情况，序列本身进行比对，也就是序列自己和自己比，可以发现内部的一些重复 blastn -query aaa.fasta -subject aaa.fasta -out out -evalue 1e-5 -outfmt 6 ...
有时候我们使用R expression（）函数写公式的时候，需要在其中加入变量，例如： 如果"P.value"是以字符串的形式代入的话，expression（）函数是没办法做到的，这个时候我们可以使用另一个函数来替代——bquote（），对于变量的读...
...做的从头预测，因此这一步比对不上，env整合用上了stringtie和三个从头组装的结果进行整合，是否可以直接用env.gff3进行基因过滤后，作为最后的结果？ Launch_PASA_pipeline.pl \ -c annotCompare.config \ -g contig.fa \ -t ../04.PASA_assembly/all_...
...这里给大家一些方法 1.如果gi号较少的话（通常少于1000个），可以用在线的方法转换，例如，将你需要转换的gi号放在id后面，多个用，隔开： https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nuccore&id=663070995,568815587&rettype=ac...