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文章 华为是如何绝地反击,强势崛起的?(1)

...首先说明吸引力大如前,消费者认为其品质和体验能匹配高昂的定价;其次对苹果品牌也是个极大的损伤,溢价能力削弱;再次,这说明苹果对市场的把握和预判出现了严重的偏差,对以全价预购,首日就入手的消费者也是...

问题 重测序BWA比对率低

...基因组为同一物种,是因为污染太严重吗,这样会对后续分析有影响吗? 38280780 + 0 primary 616640 + 0 secondary 0 + 0 supplementary 4716288 + 0 duplicates 4716288 + 0 primary duplicates 20943404 + 0 mapped (53.84% : N/A) 20326764 + 0 primary mapped (53.10% : N/A) 3...

问题 提取vcf文件中的信息

老师您好,我购买了咱们重测序的课程,在实际分析的时候,发现vcf文件中存在多行scaffold,影响后续的分析,我在网上查找了一些资料,比如plink提取指定的染色体,但是最后的bed文件或者vcf文件的一些snp信息都被plink简化了,...

问题 https://snp-seek.irri.org/_download.zul从这个网站下全基因组测序文件,进行GWAS分析,下哪几个啊

愁死了可,知道下哪几个文件

问题 TCGAcount数据处理

...使用,请问我能否使用edgeR的TMM方法标准化,进行差异分析,用标准化后的文件进行GSEA以及基因相关性等分析?TMM标准化时是否一定需要设置过滤标准去除表达量很低的基因,把表达为0的基因也留下对标准化计算有什么影响...

文章 非肿瘤文章集锦

...进行功能和途径富集分析。为了筛选hub基因,应用了STRING版本11.0数据库,Cytoscape和MCODE。 hub基因之间的相关性使用Pearson相关分析进行评估。 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32982206/    生物信息学分析构建COPD血浆中潜在的miRNA-mRN...

文章 空间转录组数据预处理

...到细胞层级或者更低的rna碎片层级,而进行sc RNA或者Bulk RNA分析,但是我们知道,组织中细胞的分布是有位置结构的,例如小肠、视网膜、大脑等等,都是有细胞分区的,此外,对于免疫细胞,可能涉及到迁移等等。那么做空间转...

文章 桑基图绘制

...is$Petal.Width>1.2,"A","B")iris$price <- ifelse(iris$Sepal.Length>5,"expensive","cheap") 数据预览 head(iris) Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species Class     price1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa     B expensive...

文章 singularity 利用docker 镜像压缩包构建 sif文件

第一种方法:直接在线转换 singularity pull rnaseq.sif docker://rnaseq:latest 第二种方法:有时候网速好,可以用本地docker文件转换 #导出docker镜像 docker save omicsclass/rnaseq:latest | gzip > rnaseq.tar.gz #镜像保存 #如果导出的镜像是gz压...

文章 课题组如何降低测序成本,加快成果产出

...进一步降低成本,以实现大样品量的测序?如何缩短数据分析、写作周期、加快成果转化?? 对于初步尝试测序,还明数据利用方法的老师来说,如何解读数据,理解其中的生物学意义?如何将分析结果与研究目的相联系并...

问题 绘制circos图,途中显示共线性基因

绘制circos图,途中显示共线性基因 绘制命令: manager@bl8vbox[cir] /biosoft/circos/circos-0.69-6/bin/circos -conf /home/manager/GeneFA/sharegb/cir/config1.txt -outputdir  /home/manager/GeneFA/sharegb/cir/result1 -outputfile test1 debuggroup summary 0.94s welcome to circos v0.6...

文章 计算lncRNA 与基因的表达相关性

...相互调控,可以学习我的ceRNA课程。 《TCGA-ceRNA调控网络分析

问题 关于wgcna模块内基因数目的问题

在进行WGCNA分析时,全部分析完之后。 table(moduleColors) 显示模块里面的数目 我的兴趣模块有600来个基因数 之后我在cytoscape那个文本里面,node文本里面,我发现只有400来个。 之后检查了下,cytoscape里面的node数目全都少于table...

文章 单细胞转录组数据挖掘流程记录-LUAD(GSE123902)

数据介绍: 来自谷歌翻译: 通过转录分析跨肺腺癌同进展阶段患者的单细胞,我们提供了未治疗原发肿瘤上皮再生的证据,以及跨越胚胎发育关键阶段和转移中肺形态发生的表型连续体。我们通过转录分析分析了 41,384 个来...

文章 TCGA数据进行多因素生存分析

分析完单因素的生成分析之后,可以对最显著性的N个单因素进行多因素的分析。 # 构建多因素分析的公式 multi_var <- paste0(sign_rbsure_gene_names, collapse = '+') fml <- as.formula(paste0('mysurv~', multi_var)) # 进行多因素分析 Multi_cox <- co...