问题 请问如何根据已有转录组预测转录因子的靶基因？

问题 老师您好，我有个问题想请教您，就是以您看的文献来说，您觉得有转录因子调控CDPK激酶的文献，就是说转录因子可以和CDPK激酶的启动子结合的例子吗？因为我用某个CDPK酵母双杂交筛到了一个转录因子，现在不确定到底是这个转录因子结合了CDPK的启动子，还是这个CDPK激酶对这个转录因子磷酸化，对于它们的上下游关系我还不是太明白，是不是用CDPK筛到的转录因子就说明了什么关系呢它们之间

问题 有个问题想请教一下大家，从数据库中下载的原始数据的gff文件，他们是怎么得到这些基因的注释信息的的，测完序后根据序列比对吗？

问题 大麦基因家族分析时，进行基因结构分析时，hmmer提不到外显子gff文件是为什么？手动可以搜到

问题 GFF文件解释

问题 具有两个结构域的基因家族的分析

文献中NBS-LRR基因家族有NBS-ARC和LRR两个结构域（个别的前面还有TIR结构域），我现在下了NBS-ACR和LRR1的HMM模型（LRR有好几个模型），用hmmsearch命令分别搜索结构域，得到了两个结果文件，我想问下老师这两个结果文件是合并起来...

问题 各位老师，想问一下关于LAI评估基因组 组装质量的问题

我用ltr-finder 找ltr，然后用ltr-retriever 计算LAI，基本跑通了，但是遇到点问题如下： 1 有个小警告，但是可以继续运行 2 最后结果总是ltr太少，我想知道是我的运行的命令问题还是我输入的基因组有问题呢？   3 我输入的是全...

问题 老师您好，我想请问一下用TBtools提取的gff文件做基因结构分析时某个基因显示有13个外显子，但是将这个基因序列提交到NCBI时却显示有12个外显子。请问这是什么情况啊

问题 如何将不同样品SNP整合及过滤？

目前有很多样品SNP calling的单个vcf文件，我想对SNP位点进行过滤，查阅文献，需要对缺失率和MAF的标准过滤。第一步，我是不是要把这些单个vcf文件整合成一个大的文件，然后再过滤？这种整合需要自己写脚本还是用vcftools软件...

问题 如何用荧光定量数据绘制热图？

这是看到的一篇文献中Fig. 6. Expression profiles of PtSAUR genes in different tissues as determined by qRT-PCR. There were three biological and three technicalreplicates performed for each sample. The relative expression levelswere evaluated by 2-ΔΔCT. GraphPad software was used for the ...

问题 老师，请问您一下，我出现了不能改变工作路径的情况，找不到原因，麻烦老师帮忙

问题 运行echo "dup_gene_paired.fa dup_gene_paired.aln dup_gene_paired.dnd\nX\n\n\nX\n" |clustalw时，速度太快，无法在Your choice:后面选择数字

需要在your choice后面选择数字9

问题 mac上如何安装和使用mcscan做共线性分析？

我是想在mac上做两个基因组共线性图吗？想请教下您！我倒腾了很久不知道怎么做！

问题 十折交叉验证是啥意思

问题 老师您好，这两天在ensembl上下大豆整个的注释文件之后，打开发现转录本ID不是基因名而是KRH.....这种的名字，这样的话课上给的那些文本处理脚本很多用不了请问该咋办呀。