如何将不同样品SNP整合及过滤？

目前有很多样品SNP calling的单个vcf文件，我想对SNP位点进行过滤，查阅文献，需要对缺失率和MAF的标准过滤。第一步，我是不是要把这些单个vcf文件整合成一个大的文件，然后再过滤？这种整合需要自己写脚本还是用vcftools软件可以完成？