如何将不同样品SNP整合及过滤?

目前有很多样品SNP calling的单个vcf文件,我想对SNP位点进行过滤,查阅文献,需要对缺失率和MAF的标准过滤。第一步,我是不是要把这些单个vcf文件整合成一个大的文件,然后再过滤?这种整合需要自己写脚本还是用vcftools软件可以完成?

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1 个回答

安生水
擅长:perl,基因家族,linux,chip-seq

vcf文件合并可参考:https://www.omicsclass.com/article/1089

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  • kuku93 提出于 2019-10-28 16:57

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