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问题 病毒感染动物后进行皮肤组织二代测序,抽提质检发现28S/18S以及RIN都不合格,是什么原因?

...还是由于病毒感染导致的组织rna断裂或者产生vsRNA片段过无法检测得到?

问题 两个群体的snp-index怎么算?

老师您好,我的snp数据有两个性状差异比较大的群体,每个群体有30个个体,现在我想算snp-index,问题是测序的时候是单个测序的,也就是说一共测了60个个体的重测序,我想使用BSA类似的方法可是BSA都是要求混池测序,请问怎...

文章 cellphoneDB|单细胞分析之细胞间通讯分析

...值以及配体表达水平的均值。两种细胞类型之间每个成对比较中的每个受体-配体对会产生空分布。通过计算等于或高于实际平均值的均值的比例,我们获得了给定受体-配体复合物的细胞类型特异性可能性的P值。换言之,如果观...

文章 Python虚拟环境解决不兼容问题

...env是什么? Virtualenv 是Python中的虚拟环境管理工具。 2. 如何安装Virtualenv?  安装Vitualenv 非常的简单,使用pip 安装即可: $ pip install virtualenv 3. 如何使用Virtualenv ?  # 创建虚拟环境 $ pwd /Users/zhangqiuxue # 查看一下当前的python...

问题 kegg通路热图是要展示所有差异基因还是部分差异基因

我是有两个品种,三个处理时间点,做kegg注释热图时差异基因太多,是需要挑选fpkm值差异大的基因做热图吗?用log2fc值做两个品种比较的热图可以吗

文章 pfamscan程序-translate和python的translate冲突问题

...te 解决办法: 把hmm里面的translate写到PATH里面并且居于比较优先调用的位置: export PATH=/share/work/biosoft/hmmer/hmmer-2.3.2/squid:$PATH

问题 VCF文件按照指定的染色体排序

...种质的g.vcf文件生成vcf文件,但是vcf文件中染色体的排序比较乱。我用了如下的命令来改变vcf文件中染色体的排序(java -jar picard.jar SortVcf \      I=my_input.vcf \ O=my_sorted_output.vcf \    SD=sequence_dictitionary.dict)。运行后,出现了Una...

文章 RDA CCA 分析Hellinger转化问题

...种组成数据较少使用PCA这种线性模型去做,PCoA或NMDS等是比较推荐的。 如果仍要使用PCA的话,事实上,并不是说物种多度数据一定要作转化才行。如果物种多度数据比较均匀,且含有很少的0值(这是最关键的,避开了欧几里得...

文章 超大基因组,超长染色体,凤丹牡丹基因组怎一个难字了得!

...“高亚油酸含量”的奥秘;最后通过与栽培牡丹基因组的比较分析揭示了花瓣状雄蕊的形成机制,从而为牡丹的基因组进化与育种研究提供了新见解。 图1 文章发表信息 凤丹牡丹基因组组装注释 通过近3Tb的Illumina测序、643.67...

文章 文献图片检索工具-Openi,用图片检索文献!

...表,做好高级个性化分析发表高分1区不是梦!T2T基因组/比较基因组/泛基因组分析学习链接:T2T基因组组装与注释分析;动植物泛基因组分析 ;比较基因组分析 4. 群体重测序遗传进化分析+GWAS文章,篇篇10+分,缩短分析周期,...

文章 Win10家庭版也可以装Docker桌面版了!

...能选择安装步骤繁琐的Toolbox版本。为了解决这个问题,编测试并运行成功了一个可以在win10家庭版系统上安装Docker Desktop版本的方法。请接着往下看。 1. 开启虚拟化 切记,安装Docker必须在主板BIOS中打开一下CPU的虚拟化功能...

文章 perl中q,qq,qw的区别

perl 中q,qq,qw是比较相似的标识符。他们分别表示: q就是相当于单引号,如: $word = q(World); 其相当于: $word = 'World' ;  而qq相当于双引号,可内插变量 $word = qq(World); 相当于 $word = "World";  qw代表用空格来分隔元素,得到...

文章 重磅:全球科学家排行榜出炉!中国科学家排名最高的是......

...你已经成为了一名顶级的科学家, 还是逃脱不了各种被比较、被排名的“恐惧”。 当然,能排上名号也是一种荣幸,我们普通白,怕是永远排不上了。。。。 全球前10万科学家排名出炉! 注意,真的是前10万名! 目前全...

文章 不会用管理工具,怎么做项目经理?

...执行和监测阶段,管理尤其复杂,因此项目进度的把控是比较难做处理的。一个好的项目管理软件,可以让你对项目进度一目了然,帮你在管理各项事务方面做到游刃有余。 5、可视化项目管理全貌 数据报表是掌握业务全局...

问题 老师您好,想咨询GEO问题

...配对样本,有的是非配对样本,这些GSE系列可以放在一起比较吗?