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文章 从fasta基因组中提取反向互补序列

...【.】【.】【正负链】 -so 结果序列 如果基因正负链显示+链,则根据基因位置正常提取基因序列;如果基因正负链显示-链,则先根据基因位置提取区间序列,在对序列进行反向互补。

文章 graphpad prism绘图时,Y轴的缺口设置

...图像: 高表达量的基因太高,导致低表达量的基因几乎显示不出来: 这里我们可以利用graphpad的,Y轴断裂方法来使低表达量的基因也能显示高低变化如下所示: 具体的操作方法: 1、双击Y轴,选择“Two segments”;2、“R...

文章 python代码到pubmed上搜索关键字,统计每年发文章数量

... '{keyword}' by Year (2016–2025)")plt.xlabel('Year')plt.ylabel('Count')# 显示网格线plt.grid(axis='y', linestyle='--', alpha=0.7)# 确保所有年份都显示出来plt.xticks(df['Year'], rotation=45)  # 横轴标签倾斜角度为45度,防止重叠# 显示数值在柱子上方for bar in bar...

文章 IGV可视化使用

...果如图:         可右击track区选择Expanded更换详细显示模式         软件可选择基因集对指定基因进行可视化:点击Regions选项,选择Gene List,也可通过My lists 导入自己的基因集  四. 转录组比对bam文件查看 1.对bam文...

文章 GEO数据芯片数据挖掘-在线工具分析GDS数据

...录号:GDS6010(下图),点击Search就可以进入数据页面,搜索结果如上图内容。 差异分析 点击分析页面左下角Compare 2 sets of samples,第一步,选择检验方法和阈值(见下图A);第二步,选择差异对比组,点击Select which Samples to ...

文章 教你轻松搞定各种柱状图

...据填入表格: 3.最后只需要点击下图红框中Data 1,就会显示出我们想要的柱状图了,软件会自动计算平均值和标准差,是不是比Excel方便很多啊! 分组柱状图绘制 上面的柱状图分组只有一个,如果有多个分组就需要绘制分...

文章 转录组测序分析水稻旱作的重要基因

...膜结合囊泡(GO:0016023)出现了明显富集。 KEGG富集分析显示,旱作条件下,根部组织的DETs明显富集于代谢以及二级代谢合成等相关途径,嫩芽组织则主要涉及脂肪酸水解、乙醛酸盐和二羧酸盐代谢等。 此外,利用MapMan对这些DE...

问题 tree_tax出错

...o,by="label")点击tree_tax,发现其中的data为0×0 而课程视频显示的为:34×4请教,是哪里出问题,该如何解决?

文章 两分钟做一张让人羡慕的系统进化树图!

...枝类型equal、cladogram、proportional,选中你要的树枝类型。显示树根就在绿色框的Show Root打对勾。 “equal”类型树枝的树图: “proportional”类型树枝的树图: “cladogram”类型树枝的树图: 第二步:美化ID 选择好整体的树形...

文章 WGCNA筛选Biomarker

...。这些功能都明显和过敏性哮喘有关。 蛋白质互作 为显示四个模块内基因对应的蛋白质是否存在互作网络,利用STRING数据库进行了蛋白质互作网络分析,结果见下图。同时基于基因在模块内连通性的大小确定了6个hub基因:KI...

文章 IF=4.8 | 联合转录组与代谢组分析揭示了硒对百合生长和品质的影响

...达谱差异显著,而组内生物学重复性良好。功能富集分析显示,这些差异基因主要参与“结合”和“催化活性”等分子功能,涉及“细胞过程”和“代谢过程”等生物过程,并定位于细胞部分、膜和细胞器等关键细胞结构。此外...

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

...对应关系(mRNAid_to_geneid/ geneid_to_mRNAid),分析结果不能显示mRNA ID。 于是我在网站搜索到GFF与GTF格式转换(https://www.omicsclass.com/article/355)的方法,并用该命令进行了格式转换,但发现转换后的gff3文件内容不全,第三列凡是gene...

问题 ks计算物种共同祖先WGD事件的问题

同一个物种,物种内的ks比较它们的共同祖先基因组复制时间,物种A3是物种A1和物种A2的共同祖先,计算结果显示物种A1与物种A3的ks值为0.7,物种A2与物种A3的ks值为0.9,结果如何解读?感觉矛盾

文章 Pheatmap绘制多分组热图

...整在默认情况下,生成的热图是含有行列聚类,如果不想显示聚类,可加入参数cluster_row = FALSE, cluster_col = FALSE,样品会按照输入顺序进行绘制。pheatmap(data, cluster_row = TRUE, cluster_col = FALSE,filename = 'test.png')#行聚类,列不聚类绘制...

文章 DNA SequenceLogo

...接拷贝粘贴,或者提供序列文件导入,如下图,设置包括显示坐标轴类型,刻度等。注意:输入的序列一行为一条,文件提交的方式也需保证这一条件。 点击CREATE即可生成对应的图片,点击Save进行图片保存,结果可如下: ...