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文章 教你轻松搞定各种柱状图

...据填入表格: 3.最后只需要点击下图红框中Data 1,就会显示出我们想要的柱状图了,软件会自动计算平均值和标准差,是不是比Excel方便很多啊! 分组柱状图绘制 上面的柱状图分组只有一个,如果有多个分组就需要绘制分...

文章 两分钟做一张让人羡慕的系统进化树图!

...枝类型equal、cladogram、proportional,选中你要的树枝类型。显示树根就在绿色框的Show Root打对勾。 “equal”类型树枝的树图: “proportional”类型树枝的树图: “cladogram”类型树枝的树图: 第二步:美化ID 选择好整体的树形...

文章 WGCNA筛选Biomarker

...。这些功能都明显和过敏性哮喘有关。 蛋白质互作 为显示四个模块内基因对应的蛋白质是否存在互作网络,利用STRING数据库进行了蛋白质互作网络分析,结果见下图。同时基于基因在模块内连通性的大小确定了6个hub基因:KI...

问题 请教用gtf文件获取基因与mRNA的对应关系的问题

...对应关系(mRNAid_to_geneid/ geneid_to_mRNAid),分析结果不能显示mRNA ID。 于是我在网站搜索到GFF与GTF格式转换(https://www.omicsclass.com/article/355)的方法,并用该命令进行了格式转换,但发现转换后的gff3文件内容不全,第三列凡是gene...

文章 qRT-PCR差异分析及P值计算

...   Woman  0.0154 0.015 0.015    *        T-test 绘图显示 install.packages("ggpubr")library(ggpubr)p <- ggboxplot(mydata, x="group", y = "weight", color = "group", palette = "jco", add = "jitter",  short.panel.labs = FALSE)# 添加p值p + stat_compare...

问题 ks计算物种共同祖先WGD事件的问题

同一个物种,物种内的ks比较它们的共同祖先基因组复制时间,物种A3是物种A1和物种A2的共同祖先,计算结果显示物种A1与物种A3的ks值为0.7,物种A2与物种A3的ks值为0.9,结果如何解读?感觉矛盾

文章 Pheatmap绘制多分组热图

...整在默认情况下,生成的热图是含有行列聚类,如果不想显示聚类,可加入参数cluster_row = FALSE, cluster_col = FALSE,样品会按照输入顺序进行绘制。pheatmap(data, cluster_row = TRUE, cluster_col = FALSE,filename = 'test.png')#行聚类,列不聚类绘制...

文章 DNA SequenceLogo

...接拷贝粘贴,或者提供序列文件导入,如下图,设置包括显示坐标轴类型,刻度等。注意:输入的序列一行为一条,文件提交的方式也需保证这一条件。 点击CREATE即可生成对应的图片,点击Save进行图片保存,结果可如下: ...

文章 热图竟然还能用Excel来画?

...式类型,以及最大值最小值类型和颜色设置等,如下两图显示过程: 例如,基于案例数据,选中格式类型:双色阶,设置最小值对应白色,最大值最对应红色,可以获得如下结果: 2、样式调整 基于前一步的结...

文章 grep --color=auto使用用法介绍

...能是匹配的特定字符串加上颜色以区分,并可以进行高亮显示。可以方便我们快速查找相应的文本字符串并进行区分,提高效率。 grep --color=auto的基本命令格式如下: grep --color=auto '字符串' 文件名 其中,字符串为搜索的目标...

文章 利用SNP构建指纹图谱!SNPT的使用教程!

...件。 计算最小SNP集合。 计算完成后右侧文本框会有显示,输出文件也会在这显示。 输出文件如下: 每一行为一个样本,每一列为一个标记,不同颜色代表不同分型。 此外,我们在网易云课堂上有各种教学视频,有...

文章 IF=13.8 | 青藏高原人群肠道微生物生物标志物的荟萃分析及微生物群衍生的丁酸盐在高海拔适应中的功能

...人群,而均匀度的差异较小。进一步的PERMANOVA和PCoA分析显示,不同研究(Study)之间的伪差异在校正后消失或减少,而不同群体(Group)之间的差异则得以保留。Beta多样性分析结果也表明,高低海拔人群的肠道微生物组成存在显...

文章 GEO数据库的搜索下载数据技巧

...platforms,可根据自己的需要选择,最常用的是series数据集显示格式 限定检测平台类型:要注意的是不同的实验检测类型不一样,比如DNA、mRNA、SNP、甲基化等等,在检索时就要结合自己的实验设计选择相应的检测类型。 限定...

文章 群体遗传进化分析用MEGA

...的系统发育树即绘制出来了。 到这一步修改系统树的显示形式就可以了,显示包括了传统类型,放射型还有圆形三大类。选择一个自己比较满意的形式进行保存即可。利用工具栏的image可以将其保存为图片(如果希望获得更...

问题 stringtie定量出现问题

命令如上。 报错信息如下:上面显示成功完成了,但是结果文件却是空的!不知道为什么!