文章 如何计算蛋白序列的长度、分子量、等电点等信息

...族等分析时，有时候我们想知道蛋白质的分子量、等电点信息以及序列长度等信息。今天，小编教大家如何获取这些信息。 ExPASy ProtParam在线获取 ExPASy ProtParam 是一款在线蛋白质分析软件，它可以计算一个蛋白质序列的各种理...

文章 下载TCGA临床信息

下载和处理TCGA的临床信息非常的麻烦，不同的癌症，格式还不一样，处理起来不容易。 采用TCGAbiolinks 包去下载和处理临床信息就非常的方便。 那么我们以下载胃癌病人的临床数据的为例，看看如何下载数据。 # 加载需要的...

问题 老师您好，我用单细胞课程的脚本做轨迹分析，一直报错是怎么回事？报错信息如下：

提示我sample_name那一列有重复的，但我检查了metadata文件，没有重复的啊？

文章 gff文件格式不标准的修改脚本

出现问题 gff文件第三列一般有gene，mRNA，CDS，exon等等信息，但是有时候我们下载的gff文件没有gene信息，只有mRNA等等的信息，比如下图： 之前有用使用awk更改的回答，用awk命令批量添加gene行，把mRNA的ID作为基因ID，并且在mR...

问题 文献给的下载基因组网站下载不了花生基因组数据，ensemble下载的信息又不全，咋整啊，老师?

问题 基因家族分析的过程中对于蛋白结构有没有什么值得描述挖掘的信息呢？

老师： 您好！基因家族分析的过程中对于蛋白结构有没有什么值得写或值得分析的内容；RCSB（https://www.rcsb.org/）这个网站数据蛮全，能搜到相应的蛋白结构，但不知道有没有可以写的东西，有没有相应的参考文献呢？ 例如...

文章 blastp 快速比对注释基因，输出注释信息

blastp -query unknown.pep.fa -db /share/work/database/blastdb/swissprot/uniprot_sprot.fasta -num_threads 10  -evalue 0.000001 -seg yes -soft_masking true -lcase_masking -max_hsps 1 -outfmt "6 qseqid sseqid qlen slen pident length  mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs stit...

问题 请问一下用CoNet构建网络第一步不添加分类信息，应该哪一步加入，具体格式是什么样的？

问题 请问转录本结构图中如果加入domain（如下图红色部分），那么domain的位置信息该从哪里获得呢？求教

问题 请问老师筛选出了基因成员，有注释信息和染色体的dna序列，怎么批量获取家族成员对应的dna序列。

问题 泛基因家族，PAV分析提取id列表，确实一个基因组的信息，只统计了RH10-15，忽略了RH

问题 老师，在初步查看cluster分群信息时，能否使用--cols代码，实现对某个cluster的颜色进行改变，具体代码是什么

问题 biolinux导入虚拟机后启动报错，报错信息返回代码：E_FALL(0x80004005)

老师，我biolinux导入虚拟机后启动报错，这是报错的截图，请问是什么原因啊？

问题 请问老师NCBI和Pfam数据库查找基因家族保守结构域相关信息的问题。

我选择了一个基因在NCBI上面搜索，得到了对应的基因，identity conserved domain 得到  点击进去得到的跟您那个NB-ARC的例子不一样 显示这样的，我搜索的domain 是一个超家族的成员，那么再进去是这个超家族的pfam号，这个号可以用...

文章 blast批量注释输出结果指定需要的列信息

makeblastdb -in PlantTFDB-all_TF_pep.fas  -dbtype prot -title PlantTFDB-all_TF_pep.fas#提取基因列表对应的蛋白序列：python $scriptdir/get_fa_by_id.py  -i ../7.all_enrich/gene.list \  -f ../7.all_enrich/pep.fa -p query#转录因子blastp注释blastp -query query.fa -db Ath_pep.fas  -...