例如omicsclass提供的基因家族分析，转录组分析等整套分析流程，进入run it （ID）后，不记得都有哪些软件了，不想回去看视频的话，有什么方法快速找到软件列表？ 另外，如果不是omicsclass的第三方镜像是否有类似的方法查看...
老师，我是去年上的您的线下培训课，我看从GEO里下载的表达矩阵里基因表达量多是有小数位的，我的那个counts值数据都是整数，如果我只想用limma包的话，老师我需要怎么处理一下呢？是log（）一下，然后用scale（） 吗？麻烦...
路径应该是没问题的 我都检查好几遍了。只是这个错误不知道如何解决
group_list=myLoad$pd$Group myDMP <- champ.DMP(beta = myNorm,pheno=group_list) 这里是怎么确定case组和control组啊，我自己对差异后的探针求和，发现好像反了，也不知道如何调整
...参考代码： cd $workdir/ mkdir 6.enrich cd 6.enrich #GO,KEGG 富集分析以下脚本只支持模式物种见表格：https://www.omicsclass.com/article/1244 #非模式物种参考：http://guangchuangyu.github.io/cn/2017/07/clusterprofiler-maize/ Rscript $scriptdir/enrichKEGG_pip.R --de...
...下： 1. 文章越来越难发？是你没发现新思路，基因家族分析发2-4分文章简单快速，学习链接：基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解不深入？图表看不懂？点击链接学习深入解读数据结果文件，学习链接：转录组（有参）...
想发表一个1-2分的sci，所以想做家族分析，但是需要自己找课题，之前看了基因家族分析的课程，但是还是不知道找基因家族分析的课题需要哪些注意事项，所以在此请教，谢谢
... 2. 针对这些基因进行实时荧光定量PCR 3. 分析这些内参基因的表达稳定性以及变异系数等 4. 确定最优内参基因进行后续实验
...中游。。。 一起来看看这个图片： 这个结论是由arXiv在线数据库上数十万论文数据分析得出的， 数据显示：德国、美国、日本等国论文抄袭率较低， 抄袭率最高的是——伊朗、保加利亚等国。 仔细分析一下，结论其实很...
请问基因组间的共线性分析为什么要对共线性区域进行过滤？用anchors文件而不是anchors.new直接作图不可以吗？因为基因家族的成员有的落在小于30的区域中，所以过滤后就不会在图中显示。 /biosoft/miniconda/miniconda2/bin/python -m jcvi.c...
...叉验证的方法排除共线性严重的基因优化和简化模型。该分析可以使用R包glmnet(Friedman et al. 2010)完成。 注：LASSO为寻找最佳的模型，引入变量λ (lambda 又叫收缩算子、模型系数比、调优系数或惩罚值) 随着λ增加，各变量的回归...
...测每次PCR循环后产物总量的一种方法，是核酸检测和定量分析的“金标准”。 技术原理 实时荧光定量PCR根据所使用的荧光标记方法可分为两种：荧光染料（SYBR Green I染料为主）和荧光探针（TaqMan探针）。 ①SYBR Green I...
...变更的原因 一般来说，软件开发项目的流程是：需求分析—开发部门架构和开发系统—测试部门测试系统—用户测试系统—系统上线。 需求变更在任何时候都有可能产生，产生的原因通常来源于内外部，包括产品经理、开...
想做生物信息分析，但不知道怎么入门？先来搭个环境吧！想分析数据，但是分析不了？先来搭个环境啊！搭建好环境，后面的自然就简单多了。 我们平时大都会使用Windows，而很少使用Linux，然而做生物信息分析是需要用Linux...
关于物种组成数据Hellinger的转化 一般而言，对于物种组成数据较少使用PCA这种线性模型去做，PCoA或NMDS等是比较推荐的。 如果仍要使用PCA的话，事实上，并不是说物种多度数据一定要作转化才行。如果物种多度数据比较均匀，...