找到约 15 条结果

文章 LeafCutter可变剪切注释

...缺陷 01 — 数据准备 首先需要做一个标准的leafcutter分析,得到每个样本的内含子表达量信息 perind_numers.counts.gz这个文件 MPC14L sample1 sample2 sample3 sample4 ...Chr04:71053:71791:clu_1_NA 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0...

文章 Cox生存分析中Risk Score 的计算

针对有不少学员问起《TCGA-生存分析》课程中的Risk Score 到底是如何计算的。现进行简单的介绍： cox生存分析模型  Cox比例风险回归模型，是用  作为因变量，模型的基本形式为：                              ...

问题 做基因家族分析中的染色体定位图，发现有基因定位在contig上，怎么办？

做基因家族分析中的染色体定位图，发现有一个基因定位在contig上，这种情况下怎么做mapchart前准备文件？直接不做这个基因的染色体定位图可以吗？

文章 deepseek绘图之--系统发育树

...构和演化历史的核心手段。无论是单核苷酸多态性（SNP）分析、单倍型网络构建，还是群体分化研究，研究者常面临一个挑战：如何将复杂的群体遗传关系（如分支拓扑结构、节点支持率、遗传距离）以专业且直观的方式呈现？...

问题 基因家族分析发现染色体以外的成员

...因，应该不是在染色体上的，因为我做的是藻的基因家族分析，而藻的基因组文件中除了33条染色体以外，还有很多其他的序列如下图： 这是藻的基因组gff3文件的前面一部分，可以看出前面应该是染色体，后面还有很多既不...

文章 生物信息学分析，Skill推荐清单

...前整理数据，还是在为论文和报告反复打磨，生物信息学分析的底色就是一个字：多。数据多、工具多、要查证核实的细节多，每一步都不能糊弄。 上一篇文章介绍了通用的装机必备Skill清单。这一期，聚焦于生物信息学分析...

问题 Use of uninitialized value $id in lc at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/OmniscientI.pm会影响结果吗

...ges: Use of uninitialized value $id in lc at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/OmniscientI.pm line 1198, <$fh> line 3385475. 1 warning messages: Use of uninitialized value $id in lc at /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/AGAT/OmniscientI.pm...

文章 从技术雷达看​DevOps的十年——容器技术和微服务

...部用户群的痛点：重和慢。此外，Docker 又借鉴了 Github 的版本化分享机制和面向对象“继承”的思想，提升了 Docker 镜像的复用性。将基础设施即代码作为“源代码”，镜像作为编译后的类，容器作为运行时的实例，完整的定义...

文章 华科一教授论文抄袭：篮球论文抄足球论文，踢“篮球”你见过没？

...常在网上冲浪， 那么你什么奇葩的事情都会见到， 这不，这两天，就有一个很奇葩的新闻， 事情是这样的： 华中科技大学某副教授万某， 在2009年6月获得了湖北大学教育学硕士学位， 这位教授当时的硕士学位论文题目...

文章 tensorQTL ：最高效的QTL 分析工具

众所周知，xQTL 分析需要测试转录组中每个基因与一组变异的关联。通常，对于顺式 xQTL 分析，一个基因或其他的基因型数据可能有数千个变异需要测试。反式 xQTL 分析则更复杂, MatrixeQTL 为 eQTL 识别创建计算负担较小的分析。...

文章 R脚本绘制多层环形饼图

...算得到。 3. 数据处理  #按照Category 的字母顺序排序（不区分大小写） data <- data %>% arrange(tolower(Category)) #提取第1列和第3列 lbls<-(paste(data[,1],data[,3])) #通过第二列数值计算每个ID的百分比 values <- data.frame(Percentage = round(da...

文章 一文教你绘制GO富集分析弦图，简单又好看

一文教你绘制GO富集分析弦图，简单又好看 做生物信息学研究的小伙伴，是不是常被 “基因功能关联可视化” 难住？比如分析差异表达基因后，想直观展示基因与 GO 术语（生物过程、细胞组分、分子功能）的关联强度，普通...

文章 当了项目经理,你才知道的10件事！

..."，谁当谁知道啊，可是没当过项目经理的你们，永远也不知道"坑"在哪里。 1、当了项目经理，你才知道，还是做技术的时候最简单。 因为技术的不确定性最小，业务和管理的不确定性太多，不确定性就意味着复杂，需要更多...

文章 picrust1 16S 微生物功能预测

...z \   -l COG0001,COG0002 #利用qiime软件 汇总统计并可视化分析 echo summarize_taxa:md_identifier "KEGG_Pathways" >sum_taxa_picrust.txt echo summarize_taxa:absolute_abundance True >> sum_taxa_picrust.txt  #注释掉即为相对丰度 echo summarize_taxa:level 1,2,3 >...

问题 基因家族分析中基因家族成员的筛选与取舍如何判断？

老师，我在按照课程方法学习基因家族分析课程，用到老师教授的木薯的NBS文章中的利用hmm文件也就是对应基因家族的隐马尔科夫模型筛选得到一个蛋白序列，另外我又采取blast的方式将我要研究的这个物种和其他几个物种的该...