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问题 想请教一下,我是基于windows+docker做的宏基因组注释,然后在去宿主这一步,卡住了 知道为啥 一直

文章 怎么得到基因组之间的结构变异结果?​

...enome1.fa > genome1_standard.fa 注意事项:确保比较的基因组版本一致,染色体数量和质量可控。 基因组比对 1.1 同种基因组比较(使用MUMmer) # 生成全局比对nucmer --maxmatch -g 1000 -c 90 -l 40 -t 10 -p 前缀 ref.fa genome1_standard.fa 1.2 同属...

问题 到底选哪些样品构建WGCNA

各位老师,就构建WGCNA共表达网络,我有一个疑问:我分析了一个芯片27例癌旁,30例癌(这些癌和癌旁有些事配对的,有些又配对)。我筛选出癌和癌旁的DEGs之后,准备构建加权网络。但是这里用于构建加权网络的差异基因...

文章 iTOL修改进化树的标签基因ID名称

...下: 1. 文章越来越难发?是你没发现新思路,基因家族分析发2-4分文章简单快速,学习链接:基因家族分析实操课程 2. 转录组数据理解深入?图表看懂?点击链接学习深入解读数据结果文件,学习链接:转录组(有参)...

问题 利用单拷贝直系同源基因蛋白序列做分歧时间树mcmctree

...错,我觉得可能是软件安装的问题,请问我需要安装哪个版本的软件呢? 比如我跑mcmctree mcmctree1.ctl时总报错:running codeml tmp0001.ctl  sh: codeml: 未找到命令

问题 老师,我的结构域搜出来全都是这种显示我的家族GASA这种字母的,是是就说明我的这个结构域存在?

文章 计算Kaks时批量提取多对基因的序列

基因家族分析中,在计算kaks时需要将每组串联重复基因序列提取出,然后分别进行多序列比对。 我们给大家提供的脚本只能一对一对的提取序列,那数量少还可以,可如果串联重复基因太多就有些麻烦了。这里提供一个批量提...

问题 扩增子分析:qiime 聚类生成OTU-denovo方法分析报错

...0:42 5.5Gb   84.3% Reading lib, 141613 seeds 用的ampliseq-q1:v1.2的版本

问题 我想问一下,我这个表格读进去,知道是为什么?有没有解决办法。表格内容就是24个样,20个家族成员的fpkm值的表格

文章 选生物专业怎么样?就业前景好吗?

...看, 家长们也要视孩子具体的情况而定,具体情况具体分析。 譬如说,孩子如果是亲生的,就建议选这个专业了。 生物女学霸,一个自称学霸其实很渣的生物汪,努力将有趣的、有用的、有血有肉的科研那些事儿呈现给...

文章 R语言-Cox比例风险模型

...归模型。该模型以生存结局和生存时间为应变量,可同时分析众多因素对生存期的影响,能分析带有截尾生存时间的资料,且要求估计资料的生存分布类型 Cox模型的基本假设为: 在任意一个时间点,两组人群发生时间的风...

文章 叶绿体/线粒体散在重复序列注释——REPuter

...everse (R),互补 Complement (C),回文Palindromic (P)。 REPuter 是在线注释的网站, 详情可参考文献  REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale 一、操作 REPuter网站 https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/reputer 1.进入网站后...

问题 我遇到了相同的问题,我用的就是组学大讲堂的biolinux,知道怎么办,输入的脚本什么的都是正确的,知道怎么解决

文章 Nature | 获得学术成功的3个技巧——享受社交生活很重要!

...迫自己花时间进行此类活动。因为你的大脑需要休息,在分析了三个小时的数据之后,你的大脑会再清晰思考,并开始犯错,这个时候站起来去活动一下,工作会更高效。通往成功的道路上只是苦,还有甜古话说“吃得苦中...

文章 IF=13.8 | 饮食调节山羊肠道微生物的纤维素利用效率

...icroorganisms drives fiber utilization dynamics in goats ”的宏基因组分析文章。” 01 — 研究背景 整个生物界的生物资源是有限的, 反刍动物(如羊)能够利用人类无法利用的生物质,如植物细胞壁纤维转化为高质量的动物产品,因此,了...